NBA::GWAS Further Readings - 気の向くままに
# 9/20 少し追加 # 9/1 当日のスライドをエントリ最後に追加しました 疾患の研究論文を読み漁ったので、ついでにブログに残してみる。 対象としたのは、GWAS (全ゲノム相関解析)、Missing Heritability (GWAS でつかめなかった遺伝寄与 = Missing heritability) が中心。 Rare variants は Genomic disorders を確立したけれども、多因子疾患ではどうなるのか? 今、疾患研究は GWAS と CNV が期待通りにいかなかったというターニングポイントを回って、aCGH/SNP array が築き上げた Rare variants が期待のバトンを握ったところか。 これに加わると期待されるのが次世代シーケンサーによる Rare variants の発見。 GWAS-identified locus の deep s
Pathway Genomics社の遺伝子テストサービスを受けてみた - 気の向くままに
結論から言うと、現状の遺伝子テストサービスは 疾患に関する遺伝研究の知識、または強い好奇心を持つ科学者 遺伝に興味のある医者 というような人以外には勧められない。 僕が個人的に勧めないってだけなんだけど、実際に自分で体験してみてそう考えた。このエントリーは誰にでも分かるように親切には書いていない。ほとんど意味が分からないなぁという人は今はまだ利用しない方がいい、という判断材料にしてもらえると嬉しいです。 注意書き この記事を読むと日本語であまり紹介されていない遺伝子テストサービスが実際どういうものか、ちょっと分かります。 ただ最初にお断り2つほど。もったいつけてすまんね。 1. このエントリーについてはCCではないです。 無断で僕の遺伝情報が分かる内容を何かのスライドに使うなどしないで下さい。 遺伝情報を直接引用でなければ、その他の引用・言及はしてもらって構いません。 2. 1に書いたよう
PubMedが新画面になってアブストラクトの文字が小さいのをちょっと大きくするグリモンかいた - 気の向くままに
一行だけど。 // ==UserScript== // @name PubMedAbstractChanger // @namespace id:ma_ko // @include http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/* // ==/UserScript== GM_addStyle(".abstract_text { font-size: medium; }"); FirefoxのGreasemonkeyのメニューから新規ユーザースクリプトを選択して名前を適当に(ここではPubMed)、実行するページ(ここではwww.ncbi.nlm〜)にして、"OK"を選ぶ。 あとはアブストラクト部分を指定してフォントサイズを大きくする一行を書くだけ。 (追記) Google Chrome 4.0.302.2 dev (Mac) でも動作します。 Safari 4.0.
Oligo/BAC CGH Array 解析パッケージをまとめてみる - 気の向くままに
書きかけです‥下書きで保存すると結局公開しないことが多発するので。 また来週に改訂するつもり。 目的・動機 今回は普段自分が使っていないプラットフォームの CGH マイクロアレイを解析 & 自分の実験データと比較するために、他社のプラットフォームを解析するためのツール (パッケージ) をここに集めておく *1。 対象とするのは BAC とアジレント社製の CGH アレイ。# だったけど Affy と共用のものもある 背景 今やっている研究では Affymetrix 社製の GenomeWideSNP 6.0 array というアレイを用いて染色体の構造異常を解析している。 また最近になって各種の精神疾患で多くの染色体構造異常が報告されまくっている*2。そしてこれらデータは論文で発表されるとともに NCBI GEO でも利用可能になっている (ものもある)。 ここからパッケージたち cghM
クレジットカードをまとめてみた - 気の向くままに
今日Twitterでつぶやいていたのを適当にまとめておくよー。 宝島01号インスパイアです。ポイント付与や年会費なども載っていましたよ。 宝島 2009年 01月号 [雑誌] 出版社/メーカー: 宝島社発売日: 2008/11/25メディア: 雑誌この商品を含むブログ (2件) を見る コンビニ系。 ファミマＴカードは「お得」と「便利」がたくさん詰まった入会費・年会費無料のカード http://www.famimacredit.co.jp/ id: miucrecaさんから「ファミマTカードは最初はリボ払いになっているので注意してください。手続きをすることで一括払いにすることができます。」という情報を頂きました。ありがとうございます:-) Suica系。 空も陸もこれ1枚。ANA VISA Suicaカード誕生！ ANAカード一覧 数あるカードの中から絞り込み | ANAマイレージクラブ
2008-09-15
してみた。 .Rprofileを以下のようにしたところ、とりあえず動く。 Carbon Emacs 2008年夏版と R 2.7.1 で確認しています。 if (.Platform$pkgType == "mac.binary"){ options(device="quartz") } setHook(packageEvent("grDevices", "onLoad"), function(...){ grDevices::quartzFonts(serif=grDevices::quartzFont( c("Hiragino Mincho Pro W3", "Hiragino Mincho Pro W6", "Hiragino Mincho Pro W3", "Hiragino Mincho Pro W6"))) grDevices::quartzFonts(sans=grDevice
RubyCocoa を始めるのにとっかかりになりそうなサイト - 気の向くままに
自分の gmail ドラフトに貯めていたんだけど、外に出した方が良いので。 Ruby しか分からないのですが、RubyCocoa を覚えるとっかかりになりそうなサイトを集めました。 RubyCocoa のよく分からないメソッド名で困ったら、使い方の例は cd /Developer/Examples/RubyCocoa grep -R 'initWithHogefuga' * で探せば良さそう。あとグーグルで。 Cocoa のリファレンスは Xcode から右クリックで引ける。良い。 あとグーグルでw # ずいぶんとっちらかってます、すいません。 # コメントも自分向けだったのでかなり適当です、間違いや不適当なものがあればコメント等で教えて下さい。 RubyCocoa 入門 http://limechat.net/rubycocoa/tutorial/ LimeChat for OSX の作
2007-06-08
何があいまいなのかをみんなで認識して、次に取るアクションを明確する。 でも問題があるよね、と疑問提唱した人間を非難してくるのは勘弁。 それを公知する役は本来あなただったろうに。 ゴールを達成出来たとはいえ、昨日のは後味が悪かった。 Terminal.appから無線LAN名を指定して切り替える： /System/Library/PrivateFrameworks/Apple80211.framework/Versions/Current/Resources/airport -A無線LAN名 --password=パスワード airport -hでヘルプ表示できる。 ネットワーク環境を切り替える： scselect ネットワーク環境名 今、自分が掴んでいる無線LAN名を知る ioreg -l -n AirPortDriver | grep APCurrentSSID | perl -pe 's
CocoaじゃないOfficeのWordでemacs-likeなキーバインディングにしたい - 気の向くままに
http://www.bookshelf.jp/2ch/mac/1090151474.htmlで見つけた。 ようやく探し当てたよー。 906名称未設定sage2005/07/07(木) 03:19:00 ID:4JBefAb7 Emacsの話題というかMS Wordの話題なんだけど、 業務上仕方なくWordを使わないといけないときに、 ツール>ユーザー設定>ショートカットキーのユーザー設定… というmenuを選択して、「分類」から「すべてのコマンド」を選んで、 CharRight → C-f CharLeft → C-b EndOfLine → C-e StartOfLine → C-a LineUp → C-p LineDown → C-n と設定すると幸せになれる。 当方Word 2004なので、他の環境でどうかは知らない。 こちらにも情報が。素晴らしい！ http://web.kui
2006-11-28
をもらっていることに気づいた:-) ちょっと今無理だけど、いずれ書きたい。 ありがとうね > すぎさん。 早起き出来なくなってきた。 とりあえず5:30起きれるけど、布団から出れない！！ 如実に仕事のペースが悪くなるのを感じられる。明日こそは布団からでるぞ。 でShow oringinalとして文字化けメール単体を表示させてから、「表示」->「文字エンコーディング」できちんと表示できた（Firefoxね）。 ちなみにGmail display languageを日本語にしていると文字化けを直すリンクが元々あるらしい。へ〜っ。 （参照：http://www.greenspace.info/mt/2006/11/myspace_gmail.html） と見直してみると一番下の「garbled?」は「文字化けしている？」という意味だった。 知らなかった〜。つまり「garbled?」を選ぶのが正し
Chiba日記〜つぶやき〜
scpとかで scp Desktop/hoge.csv mako@192.168.1.10:でtabを押すとリモートのディレクトリも補完出来るのにビックリ。 今まではpassword聞かれるので、補完は無理だと思い込んでいたの :-D 実際にはpassword打った後に補完出来るようになる。 太ってきた。車通勤が効いている and 相方が自炊を始めてくれたからだと。 仕事場での極度のストレスにさらされている説はないw いちいちgmailにアクセスするのが面倒なので #!/bin/sh # 初期設定(メール送信宛先、件名) address="ma.kohda_at_gmail.com" subject="$@" # 件名の文字コードをutf8に変換 subject=`echo $subject | nkf -w` echo $subject # メール送信 mail -s "$subject
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届いたー - 気の向くままに