Pursuing Big Oceans : 2016年に気になった論文いくつか - livedoor Blog（ブログ）
明けましておめでとうございます。2017年もどうぞよろしく。本業が忙しい時期を迎えていることもあって、ブログの更新は滞りがちなのだけれど、気が向いたら更新していくつもりなので、今後も読んでいただけたら幸いです。 一年の出だしですが、ここでは昨年紹介記事を書こうと思いながらも書けなかった論文を短いコメントと一緒に紹介していこうと思います。あくまで簡単な紹介なので、詳細が気になる方はぜひ論文を読んでみてください。 では、以下に書いていきます。ある程度吟味したんだけれど、それでも長くなってしまった。 RNA修飾の解析 先日、Nature Methodsでも2016年のMethods of the yearにも選ばれていたEpitranscriptomeの解析はとても印象に残った。次世代シーケンサーの技術革新によって、今まで観察することのできなかったRNAの修飾を今までよりも容易に観察できるように
Pursuing Big Oceans : ヘビ化するネズミ〜ヘビに脚がない理由〜 - livedoor Blog（ブログ）
このようにヘビが人類の歴史において、信仰や嫌悪の対象となってきたのは、牙が見せる凶暴性や毒の存在など様々な理由があっただろうが、脚を持たない独特な外見も大きく影響していたかもしれない。 「ヘビはなぜ脚を持たないのか？」 そんな素朴な疑問に対して、ゲノム生物学と発生生物学という別々の観点から迫った、興味深い2つの論文が出ていたので、簡単に紹介したい。 ヘビのゲノム比較から明らかになったエンハンサーの変異 1つ目の論文は複数のヘビゲノムの比較からヘビの脚の欠失のメカニズムに迫ったものでCellに発表された（参考）。 詳細は書かれていないものの、ヘビのゲノム比較を通して、ZRS（Zone of Polarizing Activity[ZPA] Regulatory Sequence）というエンハンサー配列に着目している。魚からヒトに至るまでのほぼ全ての脊椎動物でZRSは保存されているが、ヘビでは
Pursuing Big Oceans : ALS（筋萎縮性側索硬化症）の話 - livedoor Blog（ブログ）
最近、インターネットで氷水をかぶる動画が流行っていますね。 この氷水かぶりは、ALS協会を支援するキャンペーンで、筋萎縮性側索硬化症の研究や患者支援に対する寄付を募るとともに、病気を多くの人に知ってもらおうという企画なのだとか。指名された人は、24時間以内に氷水をかぶって10ドル寄付するか、かぶらずに100ドルを寄付するか、もしくは両方という選択をし、次に3名を指名できるらしい。この企画はマサチューセッツ州在住のALS患者Pete Fratesさんの呼びかけで7月末に始まったらしく、最初はボストン大学出身の野球選手が多かったらしい。その後、口コミにより広がって、今こんな状況になったとのこと。 この企画、実にアメリカらしいと思う。アメリカだから、というのもあるんじゃないかな。実際、ティム・クック、マーク・ザッカーバーグ、ビル・ゲイツ、ジェフ・ベゾスといったそうそうたる面々が氷水をかぶっている
Pursuing Big Oceans : 生命科学研究での考え方：まとめ - livedoor Blog（ブログ）
前3つのエントリーで、生命科学の研究と向き合う時、どういう考え方ができるかという私見を書いてきた。 → Pursuing Big Oceans : 生命科学研究での考え方1「論理：アブダクション」 - livedoor Blog（ブログ） → Pursuing Big Oceans : 生命科学研究での考え方2「着眼点：ティンバーゲンの4つのなぜ」 - livedoor Blog（ブログ） → Pursuing Big Oceans : 生命科学研究での考え方3「手法：4つの動詞」 - livedoor Blog（ブログ） 最後に3つのエントリーを総括して、改めて考え方を順を追って、書いてみようと思う。 生命科学研究を行うときの考え方 ① 先行研究をよく読み、「ティンバーゲンの4つのなぜ」で挙げた4領域において、研究対象についてどんなことが明らかになっているのかを調べる。研究対象としなくて
Pursuing Big Oceans : 生命科学研究での考え方3「手法：4つの動詞」 - livedoor Blog（ブログ）
前のエントリーで「ティンバーゲンの4つのなぜ」にしたがった、生物学的視点に基づく研究の枠組みを紹介した（参考）。次はこの枠組みに沿って、具体的な実験系を立てることになる。第三弾のこのエントリーでは、実験系を立てる時にどういう考え方ができるか、という話をしてみる。 生命科学の実験系は4つの動詞でまとめられる これは昔授業を受けた、ある先生からの受け売りなのだけど、生命科学の実験系は4つの動詞でまとめることが出来る。その動詞とは、以下の4つ。 増やす 減らす 変える 見る 「増やす」と「減らす」は、量を「変える」ことなので、大雑把には2つの動詞で済んでしまうけれど、「増やす」と「減らす」は「変える」とは若干意味合いが異なるのと、生物系の研究では頻繁に使われるので、ここでは別の動詞とした。 この4つの動詞を分子生物学で使われる具体的な手法に当てはめると、こんな実験手法が挙げられる。 増やす・・・
Pursuing Big Oceans : 生命科学研究での考え方2「着眼点：ティンバーゲンの4つのなぜ」 - livedoor Blog（ブログ）
1つ前のエントリーで実験科学に用いられる論理として、アブダクションの話をした（参考）。繰り返しになるが、アブダクションとは、1.仮説を立て、2. データを取り、3. 仮説との比較を繰り返すことによって、推論していく論理のことだ。 続く第二弾のエントリーでは、最初の仮説をどのようにして立てるのか、という話をしようと思う。ここは正直難しいところではあるし、うまく体系立てて書けるか不安なのだけど、生命科学研究のスタート地点を見つける手助けとして、「ティンバーゲンの4つのなぜ」を紹介したい。 「ティンバーゲンの4つのなぜ」とは？ 「ティンバーゲンの4つのなぜ」はオランダの動物行動学者ニコ・ティンバーゲン（参考）にちなんで名付けられた、「なぜ生物がその機能を持つのか」という疑問に対する解答を4つの領域に分類したものだ。生物研究の4領域と言ってもいいかもしれない。 その4つの領域とは以下の通り。 至近
Pursuing Big Oceans : 生命科学研究での考え方1「論理：アブダクション」 - livedoor Blog（ブログ）
生命科学の研究と向き合う時にどのように物事を考え、どのように研究を進めていくか。 この問いに答えるのはとても難しい。研究内容や研究対象といった科学的事柄についてはきちんと体系化され、知識としてまとめられている反面、一段階上の研究手続きや考え方といったものはあまり体系化されていないからだ。研究室内で一子相伝よろしく、直属の上司から教わる形で伝わることがほとんどであり、おそらく研究室や研究者によって千差万別なのだろう。 そこで、生命科学研究における考え方について、自分なりに思索したものを4つのエントリーに分けて、書いてみようと思う。ただ、あくまで一個人の私見であるので、参考程度にしてほしい。 第一弾となる、このエントリーでは、全ての考え方の基本となる「論理」の話からしていく。 論理の種類 実験科学で用いられる論理には大きく分けて、3つの種類がある。演繹、帰納、そしてアブダクションの3通り。 演
Pursuing Big Oceans : 精子と卵の融合は考えているよりもずっと壮大な話だと思う - livedoor Blog（ブログ）
正直なところ、この話は万人受けするとは思えないし、実際大きなニュースになっているわけでもないけれど、生物というものを捉えていく上でかなり重要な示唆を与えている仕事ではないかと思ったので、ブログで紹介してみることにする。 今回紹介したいのは、つい数日前にNatureの電子版に出た以下の論文。なんか今、雌ちんちんの発見（参考）といった"性"のことが話題に上がっているけれど、こちらは蝉コロンさん案件ではなく、至ってくそ真面目な話で精子と卵細胞が受精をするのに必要な、卵細胞側のタンパク質を見つけたという仕事だ。ただね、地味だけど凄いと思うのよ、これ。 → Juno is the egg Izumo receptor and is essential for mammalian fertilization : Nature : Nature Publishing Group 生命の誕生におけるギリシ
Pursuing Big Oceans : 私の研究理念 - livedoor Blog（ブログ）
ここしばらくブログを書くまとまった時間が取れなかったので、Twitterで呟いてから、だいぶ間が空いてしまいました。というか、もう1週間経ってしまったので、さすがにそろそろ書くのを躊躇う感じがありますが、日本に残してきた筆頭著者の論文がようやく世に出ました。 → Yeast Osmosensors Hkr1 and Msb2 Activate the Hog1 MAPK Cascade by Different Mechanisms -- Tanaka et al. 7 (314): ra21 -- Science Signaling このブログは一応匿名でやってきたのですが、せっかくブログが有るのだから何か自己紹介的なものを書いてみようと思います。最初は丁寧な論文解説も考えたのですが、今回はそうした専門的な話はしません（興味のある方はTwitterにいるので、いつでも話しかけてください）
Pursuing Big Oceans : ORIみたいな論文不正告発の公的窓口があってもいいと思う - livedoor Blog（ブログ）
いちいち例を挙げる事はしないけれど、ここ数年、かなり重大な論文不正が相次いで報告されているように思う。こうした事例の経過を見るにつけ、気に掛かるのは、怪文書に近いようなブログエントリーや週刊誌などのマスコミへのリークをきっかけとして問題が明らかになることが多いことだ。 捏造が悪しきことであることは明白だけれど、あら探しのような捏造探しも良い行動とは思えない。科学とは知見を提唱し、批判と検証を繰り返しながら積み重ねていく知的活動だ。私達は巨人の肩に立つ小人なのである（参考）。捏造探しとはこうした科学的活動を根本から否定する行動であり、とても悲しい気分になる。科学者の良心を信じていたい。 とはいうものの、万が一捏造を見つけてしまった場合、見過ごす訳にいかないのも現実。そして、日本で論文不正を告発するには上述の通り、怪文書のようなブログやマスコミを使うしかないのが現状だ。いわゆる私刑だ。また論文
Natureによる2014年のサイエンスのちょっとした予想 - Pursuing Big Oceans
2014年、ブログへの初エントリー。ブログ初めということで2014年の予想話でもしようと思う。といっても、2014年のサイエンスにおける予想をNature誌が載せていたので、それを翻訳しつつ、自分の感想を加えて書く程度のこと。元の記事は以下になるので、詳しく読みたい方はどうぞ。 → What to expect in 2014 : Nature News & Comment 遺伝子改変サル 慶応大学の岡野栄之教授のグループ（参考）を含む、いくつかのグループが免疫系や脳の疾患を持つ遺伝子改変サルの作成を目指しているとのこと。最初のキメラ猿の報告がたった2年前にCellに出たもの（参考）なので、次の段階の論文が出るのは時期尚早な気がするが、疾患解析を目的とした遺伝子改変サルの作成は、間違いなく世界の何処かで進行中だろう。 倫理的な問題をはらんでいるが、マウスよりもサルの方が近縁のため、人間の疾
Pursuing Big Oceans : さらに、これからのduonの話をしよう - livedoor Blog（ブログ）
実は少しばかり忙しいのだけど、Twitterに「書こうかなー」とか書いちゃったし、ざっと書いてみよう。つい数日前のことだけど、「新たな遺伝コードを発見、遺伝子制御に関与か」というニュースが話題になった（参考）。元の論文はこれ（参考）。 このニュースもメディアにありがちなキャッチーなタイトルを付けて、読者の気を引くという手法が悪く作用してしまった例だ。しかも、事の発端が大学のプレスリリースだけにひょっとしたら研究者本人の意図もあるかもしれない・・・というのが情けない（参考）。 一部で紛糾（参考）していたように、タンパク質のコード領域が転写因子の結合領域としても機能するduonの報告は以前からあった（参考）。duon自体は新しい知見ではない。というか、研究者自身もそのことは理解しているようで、今回Scienceに出た論文でも関連論文（ぱんつさんがググって見つけていたのもあった）が5報も引用され
Pursuing Big Oceans : ぽりしすとろん - livedoor Blog（ブログ）
専門的でマニアックな話になるだろう。先週ぐらいの話になってしまうけれど、いつものように論文を読んでいたところ、ある論文で2A ペプチドによるPolycistronicな遺伝子発現という今まで知らない技術が使われていた。そのことをTwitterに呟いたところ、その技術を使っている方々から多くのフィードバックを頂いた。 2Aペプチドについての情報をインターネットで調べていくうち、英語ではある程度の情報があるのに対し、日本語では関連する情報が殆どないことに気付いた。そこでメモ書き程度に、日本語で書いておこうと思う。自分がこの技術を実験で使っているわけではないので、きちんとした解説ではない。あくまで、ただ興味があって調べただけなので、細かな部分で誤りがあるかもしれない。もし見つけたら、コメント欄などで指摘してくれると嬉しい。 Cistronとはなにか まず初めにCistronとは何かという話をしよ
Pursuing Big Oceans : アリの模様を翅に持つハエがすごい - livedoor Blog（ブログ）
学名はGoniurellia tridens。ラテン語の語彙がそれほどあるわけではないけれど、見た目の通り、the three-in-oneという意味が学名にあるらしい。発見は今から100年ほど前。アラブ首長国連邦で1910年に発見されたハエで（参考）、透明な翅（羽）（注：参考）の中にアリの模様があるのが特徴。このアリの模様、きれいに6本足に2本の触角を持ち、さらに頭部、胸部、腹部に分かれていて、完璧に昆虫を表現している。[13:53追記 アリではなくJumping Spiderではないかという話もあるようだ] G.tridensは約5000種ほどいるハエ目ミバエ科（tephritidae）のハエの1種で、ミバエ科のハエの多くは、カラフルなカラー/模様を持つことが知られている（参考）。またアラブ首長国連邦にいるミバエ科には、単純なものから複雑なものまで27種類ほどG. tridensのよう
Pursuing Big Oceans : 金子勇さんのニューロアルゴリズムのすごさを見たかった - livedoor Blog（ブログ）
TwitterのTLを見ていて、金子勇さんの訃報についてのツイートがいくつか流れてきて、インターネットでは毎度のこと、ガセネタがよく流れるので、信憑性は疑わしいといつもは思うところなんだけど、関係者と思しき人達がこれだけ相次いでツイートしているのを見ると、確かなことなのだろう。お悔やみ申し上げます。 Winnyの作者として著名な金子勇さんが昨日の午後６時５５分 急性心筋梗塞で亡くなられたとの報が入りました。昨年総務省にいたときに少し一緒にお仕事する機会がありました。その後東大の基盤センターに移られ、ご挨拶に行かねばと思っていた矢先。ご冥福をお祈りいたします。 — 上原 哲太郎 (@tetsutalow) July 6, 2013 金子勇さんのことを知ったのは今から12年ぐらい前、ネットを見ていて知ったのと、同級生がこんなものがあるとWinnyを教えてくれたのが、ほぼ同時ぐらいだっただろうか
Pursuing Big Oceans : アメリカに行くまでにしたこと - livedoor Blog（ブログ）
ブログを書くのは久しぶりですね。この3ヶ月、忙しくて忙しくて忙しくて、ブログはおろかTwitterすらまともに書けないという状況が続いていました。近況ですが、明日からアメリカに生活の拠点を移し、Yale universityに留学することになっています。 そこで、自分の経験というか備忘録として、留学先を決め、実際に留学するまでにおこなったことを書き記しておこうと思いました。以下、長たらしい話になるかもしれませんが、気が向いたらご覧下さい。 留学先を決めるまで 留学先を決めるには、留学先の研究内容や上司の紹介などから判断することが多いと思いますが、自分の場合はこれまでやってきた研究内容をより発展させた内容で、研究対象は異なるものの非常に興味深い研究をしている2つの研究室にメールを送りました。 残念ながら、最初にメールを送った研究室からは1ヶ月ほど経った後に、受け入れられないという旨のメールを
Pursuing Big Oceans : 論文がリジェクトされる11の理由 - livedoor Blog（ブログ）
なお、原文はSan Francisco Editという雑誌に掲載された記事です。右の参照にあるので、よかったらご覧下さい（参照 PDF注意）。 以下は、翻訳になります。 イントロダクション 査読雑誌に投稿された論文は様々な理由によりリジェクトされるが、その多くは回避可能である。 注意しなくてはいけないのは、論文が受理される理由はリジェクトされる理由の鏡像ではないことである。論文が受理される主な理由は、該当分野に対する重要度と貢献度、文章のすばらしさ、そして研究計画の質である。 多くの科学雑誌は、レビュアーに投稿論文の科学的価値と研究の質について調べるように期待している。しかしながらレビュアーは、手の込んだ編集をしないと除けないような言葉の誤りを多く含む原稿に対し、批判的になってしまう。科学系の執筆は、良き科学と良く書かれた原稿の両方を要求する。 投稿論文がリジェクトされる主な理由を以下にま
Pursuing Big Oceans : 試行錯誤で培ってきた、生産性をあげる実験ノートの書き方 - livedoor Blog（ブログ）
研究には理論系・実験系・フィールド系など様々な分野があるので、研究者の中にはノートを書く習慣があまりない人もいるかもしれませんが、俺のように毎日実験ばかりしている人にとって、実験ノートは欠くことの出来ない毎日の習慣です。実験の進捗状況を細かに記した実験ノートは、後日実験結果を参照する際に重要になってきます。 ノートの書き方は、例えば学生時代の授業でのノートのように、人によって千差万別で決まった型のないものです。人から見たら、俺の書き方をめんどくさいと感じるところもあるでしょう。ただここ数年、実験を経験する中で、試行錯誤を通して自分なりに実験ノートの書き方を掴んできたので、簡単にまとめてみたいと思います。 また、このエントリーの最後に少し書き足しましたが、実験ノートの書き方は手帳を使ったスケジュール管理に通ずるところがあると個人的には思っています。なので、このエントリーが研究者以外の人にもビ
Pursuing Big Oceans : 2010年ノーベル科学三賞雑感 - livedoor Blog（ブログ）
今年もノーベル賞のシーズンがやってきました。例年この時期だけ、マスコミが科学技術について騒ぐのは秋の風物詩みたいなもので、今年も発表前から、京都大学の山中伸弥教授がiPS細胞の業績によってノーベル医学生理学賞を取るだの、マスコミが騒いでいました。 残念ながら、当初のマスコミの予想は外れてしまいました。しかし、その代わりと言ってはなんですが、ノーベル化学賞では根岸英一パデュー大教授と鈴木章北大名誉教授の2名が受賞し、昨晩からひっきりなしに二人の業績についての過熱報道が続いています（その悪しき例）。 化学賞を含めた科学系のノーベル賞は今年、医学生理学賞が体外受精の達成、物理学賞が1分子層のGrapheneの精製、そして化学賞がcross coupling reactionという成果に出されました。正直言ってしまえば、俺は医学生理学賞以外は門外漢なのだけど、例年ノーベル賞については簡単にコメント
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