alter table コマンドで MyISAM テーブルを InnoDB へ変換できる。 alter table hoge_table_name engine = InnoDB; InnoDB は、MyISAM ストレージ エンジンがするのと同じように、インデックスを別々に作成する為の特別な最適化を行いません。従って、テーブルをエクスポート、インポートしたり、後でインデックスを作成したりはしません。テーブルを InnoDB に変換する一番早い方法は、InnoDB テーブルに直接挿入する事です。それは、ALTER TABLE ... ENGINE=INNODB を利用する、または同一定義を利用して空の InnoDB テーブルを作成し、INSERT INTO ... SELECT * FROM ... を利用して行を挿入するという事です。 MySQL :: MySQL 5.1 リファレンスマ