分子構造を 3D で観察しよう (1) | Chem-Station (ケムステ)
一般的な話題 分子構造を 3D で観察しよう (1) 2015/3/6 一般的な話題, 化学者のつぶやき, 書籍・ソフト・Web Jmol, PDB コメント: 0 投稿者: アセトアミノフェン こんにちは、アセトアミノフェンです。今回から数回にわたり、さまざまな方法で分子の 3 次元構造を観察する方法をご紹介しようと思います。もちろん簡単な分子であれば手で分子模型を組み立てることもできますが、複雑なタンパク質のような分子になるとそうはいきません。そこで、コンピュータを使って 3D モデルを作成する方法を、いろいろと紹介してみます。第1回は、Protein Data Bank に公開されているタンパク質や核酸の構造を表示し、画像として保存するまでの手順です。 Protein Data Bank について はじめに、タンパク質や核酸の 3 次元構造のデータを集めた国際的なデータベースである
透明なカニ・透明な紙：バイオナノファイバーの世界 | Chem-Station (ケムステ)
一般的な話題 透明なカニ・透明な紙：バイオナノファイバーの世界 2013/11/7 一般的な話題, 化学者のつぶやき キチン, セルロース, ナノファイバー, バイオナノファイバー, 京都大学, 再生材料, 材料化学, 東京大学, 高分子化学 投稿者: GEN 11月6日、今年もカニ漁が解禁されました！ カニといえば硬い殻で覆われた姿を想像すると思います。一見するとプラスチックのように見えますが、実は多糖類の繊維の複合体（キチン質）でできています。主成分となるキチンは、おおざっぱにいえば紙などに代表されるセルロースと同じような分子構造です。 食べたら捨ててしまうカニの殻やそこらへんにあふれている紙、これらは再生材料として大いに注目されています。そこで今回はキチンとセルロース、バイオナノファイバーについて書いてみたいと思います。 バイオナノファイバーとは？ バイオナノファイバーとはその名の通
前代未聞のねつ造論文 学会発表したデータを基に第三者が論文を発表 | Chem-Station (ケムステ)
一般的な話題 前代未聞のねつ造論文 学会発表したデータを基に第三者が論文を発表 2013/10/15 一般的な話題, 化学者のつぶやき, 論文 投稿者: ペリプラノン 巷はハロウィーンムード一色ですね。お菓子をねだる子供の幽霊はかわいいものですが、趣向を変えて不気味な幽霊が引き起こしたミステリーをひとつ紹介しましょう。 ミステリーとはずばり、自分の研究が幽霊によって先に発表されてしまったというものです。 これを読めば研究者の方なら誰でも背筋に冷たいものを感じるはずです。 その幽霊による被害者はHarvard Medical Schoolの細胞生物学者Bruce Spiegelman教授です。 科学者たるもの論文を書いてなんぼです。日々の研究成果を論文として出版したときに初めてその研究の記録が人類史に刻まれていきます。よって論文とは研究者の命と言えるでしょう。今回のポストでは化学とは関係あり
化学物質だけでiPS細胞を作る！マウスでなんと遺伝子導入なしに成功 | Chem-Station (ケムステ)
わたしたち人類は、化学の方法論が確立して以来、多種多様、膨大な数の分子を見つけ、また新たに合成してきました。この広大な化合物空間に不可能を可能に変える奇跡の組み合わせがいまだ眠っていると考えられています。 遺伝子導入なしにiPS細胞を作る。今まで多くの人が、それは難しいだろうと考えていました。導入する遺伝子を一部だけ代替したり、あるいは作成効率や作成時間を改善したりすることはできても、全部ひっくるめて取りかえる条件はそう簡単には見つからないし、そもそもあるかどうかも分からない、と。 そして、化学物質だけでiPS細胞の作成を達成。そんな、驚愕の成果[1]が公表されました。山中因子4つのいずれも使用せず、したがってウイルスを使うなど遺伝子導入なしに、マウス体細胞からiPS細胞の作成に成功したようです。7種類の化合物を使った場合は効率0.2パーセントであり、効率はさらに10分の1未満に下がるもの
積極的に英語の発音を取り入れてみませんか？ | Chem-Station (ケムステ)
有名ハンバーガー店のMcDonaldはなんて呼びます？ マック？マクド？ よくある論争ですね。でも海の向こうじゃどっちも通じません。マクダーナウと言えば通じやすいと思います。 時間を聞きたい時は？ ワットタイムイズイットナウではなく、掘った芋いじくるな！が定番です。 今をときめく日本発の人気キャラ ポケモン(Pokemon)はポ キモンがいいでしょうね。 そうなんです。英語での発音はカタカナ読みとは少し、いやかなり違います。 先日のpHの読み方に関するポストに乗じてという訳ではありませんが本日は学術用語について少しだけ過激な提案をこの場でさせていただければと思います。ご気分を害される方もいらっしゃるかもしれませんが、国際化が叫ばれて久しい我が国ではこの問題をじっくり議論すべき時期が来たと考えております。 有機化学の教科書をお持ちでしたらその最初の方を開いてみてください。ほぼ全てで”アルカン
奇妙奇天烈！植物共生菌から「８の字」型の環を持つ謎の糖が発見 | Chem-Station (ケムステ)
化学者のつぶやき 奇妙奇天烈！植物共生菌から「８の字」型の環を持つ謎の糖が発見 2013/6/3 化学者のつぶやき, 論文 単離, 土壌化学, 天然物化学, 微生物化学, 植物化学, 糖化学, 農芸化学, 高分子化学 コメント: 0 投稿者: Green 前代未聞の炭素骨格を持った機能未知の単糖「ブラジリゾース」 糖の構造と言えば、高校生のときに、これだけは覚えろと言われ、グルコースなど無理矢理に暗記した思い出も、今は昔。ひもつけて理解すれば大したことないのですが、なかなか難儀であった記憶がおぼろげにあります。あれれ、ヒドロキシ基の向きはどっちでしたっけ？ 糖、とくに単糖と言っても、自然界には何十種類とあるわけですが、ヒドロキシ基の向きなんてささいなことではない、奇妙奇天烈な炭素骨格を持つ糖が、植物共生菌ブラジリゾビウム(Bradyrhizobium sp.)から、発見されました[1]。そ
優れた研究者は優れた指導者 | Chem-Station (ケムステ)
よく耳にするタイトルのフレーズですが、優れた研究者は優れた教育者。 先日、実感するエピソードを聞きましたのでご紹介します。 とある超有名先生のお話。有機化学では人名反応にもなっているほどのビッグネームの先生で、筆者が学生の時分には既に退官されており、特別講演を聞く機会が一度あっただけでした。講演は反応開発から全合成を、研究のエピソードを交えた、年齢を感じさせないエネルギッシュな内容でした。 先日、その有名先生の研究室出身の方と話す機会がありまして、筆者からすると既に伝説で、非常に厳しかったという噂だけを聞いているという話をしたところ、個々人をみて、合わせた指導が非常に上手いところが凄いということでした。 具体的には、全員にこまめに声をかけ、うまくいっていない人には、細かい指示ややることをどんどん与えていき、あるレベルになった人や、うまく進んでいる人には自分で考えさせるような方向性へ誘導する
汝ペーハーと読むなかれ | Chem-Station (ケムステ)
以下の文を声に出して読んでみてください 「中性の水のpHは7である。」 恐らく日本国民の半数は “ちゅうせいのみずのぴーえっち(ぴーえいち)はななである” と読み、残りの半数は “ちゅうせいのみずのぺーはーはななである” と読むのではないでしょうか。 では、自動車のBMWはいかがですか？さすがに”べーんべー“と読む人はいなくなったのではないでしょうか。驚くなかれ筆者が幼少のころはそのように読むのが一般的だったのです。 そうです。これらはアルファベットのドイツ語読み風日本語なのです。 ぺーはーというのも昔の方はそのように読む習慣があった名残ですが、現在ではピーエッチ、ピーエイチと読むことが定められていますので、ペーハーと読む人が周りにいたらその人はドイツかぶれだと思ってください。筆者が学生の時、隣のラボで水酸化ナトリウムのことをえぬえーおーはーと呼んでいて失笑してしまったのはいい思い出です(
ダイヤモンドは砕けない | Chem-Station (ケムステ)
４月の誕生石 ダイヤモンド 世界一硬い物質としてダイヤモンドは知られ、他の物質では歯が立たず、そのためダイヤモンドはダイヤモンド自体でもって磨かれます。なんという発想の転換、子どもの頃それを聞いて驚いたものです。４月になりましたので誕生石にちなんで、ダイヤモンドがなぜ磨けるのか、分子動力学のシミュレーション結果を紹介したいと思います。ただ単に、硬いもの同士で砕かれていたというわけではないようですよ。物理変化だけではなく、ダイヤモンドの研磨に潜んでいた化学反応とはいったい？ 永遠の絆の象徴として、宝飾品でおなじみのダイヤモンド。ずば抜けて高い屈折率を持ち、電気は通さないものの熱はよく通し、ひっかき傷に対する硬さではナンバーワン。炭素の単体として知られ、産業界でも重要な材料です。 硬いダイヤモンドを「磨く」というのだから、変化はやはりダイヤモンドの表面で起きています。研磨にともなう変化の舞台と
「重曹でお掃除」の化学（その１） | Chem-Station (ケムステ)
年末大掃除の時に「お掃除に重曹を」、というのが流行っている、という噂を耳にしました。（季節外れですね。） なんでも、市販の洗剤を使わなくても重曹で磨けば何でもぴかぴかになるとか、お酢やクエン酸もいいなど。 研究とは離れますが、炭酸水素ナトリウム、通称重曹は、小学校から大学まで、化学の教育とは切っても切り離せないものです。これが流行っているとなると、私のような化学者は興味をそそられるわけです。 そこで今回は、「重曹でお掃除」を説明してみます。年度末の引っ越しなどで、思い出して頂ければ幸いです。 研究者の方は常識と思うことも多いかも知れませんが、そんなときはにやにやして流して下さい。 ジュウソウの名前の意味 重曹とは、ズバリ「重炭酸曹達」の略です。といっても何のことやらさっぱりなかたも多いでしょう。逆に化学者ならばこれだけで「そうか！！」といろんなことを思うはずです（もしくは何をいまさら、と思
「優れた研究テーマ」はどう選ぶべき? | Chem-Station (ケムステ)
「科学者として取り組むべき研究テーマは、どういう指針で選ぶべきなのか？」―これは研究者なら誰しも頭を悩ませる問題でしょう。プロとして現実的に生き残っていくためには、純粋興味のみに依るのではなく、ある程度現実を見据えたテーマ設定が求められることも多々あるからです。また必ずしも研究者を第一志望としない学生たちであっても、適切なテーマを与えてやることは、彼らの成長という教育的観点からも意義深いことです。 “How to Choose a Good Scientific Problem”（by Uri Alon, Molecular Cell, 2009, 35, 726）は、研究テーマ選びの指針を示したエッセイです。数ページ程度の短文ながら、「優れたテーマ選びは、人材育成の一環である」という観点から、分野を問わない骨太の内容が綴られています。駆け出しの独立研究者（PI）が想定読者のようですが、経
仙台の高校生だって負けてません！ | Chem-Station (ケムステ)
Ag2O3 Clathrate is a Novel and Effective Antimicrobial Agent Ando, S.; Hioki, T.; Yamada, T.; Watanabe, N.; Higashitani, A. J. Mater. Sci. 47, 2928 (2012). DOI: 10.1007/s10853-011-6125-0 先日茨城の女子高生がBZ反応における新発見によりJournal of Physical Chemistry A誌に論文を発表したことをお伝えしましたが(記事：茨城の女子高生が快挙！)[1]、今度は仙台の女子および男子高校生がやってくれました。 仙台第二高等高校の化学部に所属する３名らが行った研究を、東北大学科学者の卵養成講座（独立行政法人科学技術振興機構「未来の科学者養成講座」委託事業）において行われた研究をJournal
危険物取扱者を取得しよう
危険物取扱者って知ってるよね？ ちなみに化学系の大学卒業して取れる資格は毒劇物取扱者！ 化学系の学生だったらまず危険物取扱者を取ってみよう！ 種類は甲、乙、丙とあって甲が一番難しい。だけど、化学を知っている人だったら・・ さあ、挑戦してみましょう！まずは試験概要へ！！ 危険物取扱者の試験概要です。まずはこちらをごらんください。 各類の簡単な特徴です。どんな特徴があるのかな？ 各類の危険物質の１つ１つの特徴をまとめたデータベースです。ほぼ完成。 私(ブレビコミン)、とスタッフcosineさん カルダモンさん、投稿してくださった方の乙４種、甲種の体験記を紹介します 甲種、乙種の参考書と危険物の関連書籍を紹介します。 日程、内容に対する質問等にご利用ください。
ひどい論文を書く技術？ - 化学者のつぶやき -Chem-Station-
優れた論文を書くためのノウハウ文は、世の中に多数存在しています。しかし「ひどい論文を書く技術」を述べた文はというと、そうそうお目にかかれはしないでしょう。 Analytical Chemistry最新号のEditorial（doi:10.1021/ac2000169）は、まさにそんな内容となっています。 その栄えあるタイトルは“Skillful writing of an awful research paper” (笑) ここでは「退屈で、紛らわしく、誤解を招き、情報価値のない論文を書く技術」が、ご丁寧に7つの法則としてまとめられています。 かいつまんでみますと、 法則1. 研究目的を一番最初に説明しない 法則2. 実験結果をはじめに書かず、ミステリー小説のように小出しにしていく 法則3. 簡潔な論文を書くべく、図に説明文やラベルを全く書かない 法則4. 複雑な概念には短い略語を、単純な
【動画】元素のうた―日本語バージョン | Chem-Station (ケムステ)
化学者のつぶやき 【動画】元素のうた―日本語バージョン 2010/10/13 化学者のつぶやき, 書籍・ソフト・Web Youtube, 元素, 周期表, 曲 投稿者: cosine 先日ご紹介しましたTheodore Gray氏作のiPadアプリ・『元素図鑑』 がこのたびバージョンアップされ、「元素のうた」という楽曲が収録されました。書籍日本語版たる『元素図鑑』の発刊(10/23)を控えて、iPad版のほうも付加価値を高めよう、としているのだと思います。 この「元素のうた」は、以前「つぶやき」でも紹介した、Tom Lehrer氏製作の『The Element Song』という古典的楽曲をリメイクしたものです。 日本語版はピアノではなく電子音で構成され、よりスローテンポの曲調となっています。基本のメロディは同じにもかかわらず、オリジナルとはだいぶ違う曲になっています。子供向け教育番組でよく
最強の文献管理ソフトはこれだ！ | Chem-Station (ケムステ)
いままでこの「化学者のつぶやき」においてもいくつかの”研究活動に役立つソフトウェア、Web“を紹介してきました。そこでも毎回述べている通り、昨今のそれらは化学研究ライフハックとして十二分に利用できるもので、最近では多くの方が様々な自分にあったソフトウェア、Webを活用しているものと思います。 ところでこれは完全に著者の独断意見ですが、Evernoteは化学研究、特に文献やスクラップの管理として質、価格ともに最高のソフトウェアであると思っています。ところが、最近仕事中に 「Mendeleyって文献管理ソフト恐ろしく使えるらしいよ」 というツイートが流れていきました。いつもならあまり気にも留めないのですが、最近はEvernote以外の文献管理法を知らなかったので少しだけ気になって、現存する人気文献管理ソフトを比較調査してみる事にしました。できれば一番よいものを使いたいですよね！ 題して、 「最
化学英語論文/レポート執筆に役立つPCツール・決定版 | Chem-Station (ケムステ)
化学者のつぶやき 化学英語論文/レポート執筆に役立つPCツール・決定版 2010/2/9 化学者のつぶやき, 化学英語・日常英語, 書籍・ソフト・Web Web, データベース, 英語, 論文執筆 投稿者: cosine 化学の世界に限らず研究者たるもの、英語での論文執筆は必須のスキルです。 しかし、英語の苦手な日本人研究者にとっては、現実的に大変ストレスフルな作業の一つでもあります。とりわけ英語論文を書き慣れていない学生・院生・若手研究者なんかだと、一つの論文を書き上げるだけで、実に大変な思いをするものです。 もちろん筆者自身も全く例外ではなく、何とかして負担を軽減したいと考えてきました。ネット上のツールをいろいろ漁ってみると、やはり世界広しで、便利なものを無料公開してくれている、親切なサービスを諸々発見することができました。 今回の記事では、とりわけ化学者向けの、「英語論文執筆の負担を
科学史上最悪のスキャンダル？！ "Climategate" - 化学者のつぶやき - Chem-Station
一般的な話題 科学史上最悪のスキャンダル？！ “Climategate” 2009/12/7 一般的な話題, 化学者のつぶやき, 日常から Climategate, クライメイトゲート, 二酸化炭素, 京都議定書, 国連機構変動枠組条約会議, 温暖化, ＣＯＰ１５ 投稿者: StarryNight 既に海外のメディアでは大きく取り上げられており、日本でも数々のサイトで取り上げられていることなのでご存知の方も多いかと思いますが、去る１１月に起きた、「Climategate事件」についてのつぶやきです。（＊筆者が尊敬する科学者H.M氏より情報提供・ご協力を得ての執筆です） 長いので先に簡単にまとめると、 ・地球温暖化に関する大御所研究者のこれまでのデータとemail等が流出 ・そのデータから、研究の不正・印象操作が発覚（地球温暖化はＣＯ２が主要因ではない＆そもそも温暖化してない？！） とのこと
日本に居ながら、ナマの英語に触れる工夫 | Chem-Station (ケムステ)
一般的な話題 日本に居ながら、ナマの英語に触れる工夫 2009/9/26 一般的な話題, 化学者のつぶやき, 化学英語・日常英語 Nature, Web2.0, ポッドキャスト, 英会話, 英語 コメント: 0 投稿者: cosine グローバル化の流れにある現在、化学の世界に限らず、英会話スキルは各方面で必要不可欠となりつつあります。しかし日本の英語教育はちょっとどころではなくアレで、読み書きは何とかできても、聴きとれないし喋れない人間が量産されている惨状です。 日本の英語教育が文法・英作文偏重になっているのが主要因です。聞くところでは、日本の高校レベルの英文法とは、英語圏では大学でようやく矯正されるレベルのものなんだとか。 そんなレベルの文法をなぜムリして学習しているのか？――その背景にあるのは、先生側が点数・成績を付けやすい教育システム=「管理側・オトナがラクできる」モチベーションに
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