日本では沖縄県で他の地域と比較して多く発生している。沖縄県での1997年~2006年の発生件数は33件、患者総数は103名と報告されているが、この他にも多くの事例が潜在すると思われる。最近では、九州や本州でイシガキダイを原因とする事例が相次いで発生し、問題となっている。(直近のシガテラ毒による食中毒発生状況は詳細版を参照。) 主症状は神経症状であるドライアイスセンセーション(温度感覚の異常)、掻痒、四肢の痛みで、筋肉痛、関節痛、頭痛、めまい、脱力、排尿障害などもある。また、消化器系症状(下痢、嘔吐、腹痛、悪心等)や循環器系症状(不整脈、血圧低下、徐脈等)も呈することがある。神経症状は、軽症では1週間程度で治まるが、重症な場合では数ヶ月から1年以上継続することがある。死亡例は極めて稀である。