主座標分析について簡単に紹介するよ！ - ほくそ笑む
今日は主座標分析(Principal Coordinate Analysis; PCoA)の紹介を簡単にしたいと思います。 主座標分析は古典的多次元尺度構成法(Classical Multidimensional Scaling; CMDS)とも呼ばれる統計解析手法です。 この解析手法を使用する主な目的は、高次元のデータを2次元や3次元に落として視覚化したいという時に使います。 以前紹介した主成分分析と同じような感じですね。*1 主成分分析との違いを簡単に言うと、主成分分析はユークリッド距離をなるべく保ちながら低次元に落とす方法ですが、主座標分析はユークリッド距離だけでなく、他の距離や類似度*2が使えるという点にあります。 例えば、ユークリッド距離の代わりに相関係数を使えば、相関の高いもの同士が近い配置になるようなプロットを作ることが可能です。 データを用意する さっそくやってみたいのです
統計を学びたい人へ贈る、統計解析に使えるデータセットまとめ - ほくそ笑む
はじめに 統計解析の手法を学ぶのに、教科書を読むのは素晴らしい学習方法です。 しかし、教科書で理論的なことを学んだだけでは、統計手法を使いこなせるようにはなりません。 統計解析手法を身につけるには、実際のデータについて手法を適用し、パラメータを変えるなどの試行錯誤を行い、結果を考察するというような経験を積むことが大切です。 それでは実際のデータをどうやって手に入れましょうか？ 実験や調査をして実際のデータを得るのは大変でお金もかかります。 幸運なことに、世の中には適度なサイズの自由に使えるデータがたくさん存在します。 例えば、統計言語 R には、100以上ものデータセットがデフォルトで付属しています。 ただし、不幸なことに、それらのほとんどは英語で説明が書かれています。 英語は、いつかは乗り越えなければならない壁ですが、最初のうちはちょっと避けて通りたいところです。 というわけで、今日は、
R 入門
Rとは？ R は統計計算とグラフィックスのためのフリーソフト(GNU-style copyleft)である。 Rは商用ソフトのS（AT&T ベル研究所のRichard A. Becker, John M. Chambers, and Allan R. Wilks により作られた統計解析やグラフィックスのための言語であり、製品としては S version 4 や S-Plusがある）に操作環境などが良く似ており、Sを使っている場合には関数の利用法がほぼ同じことから取っつきやすく、Sで定義した関数などはRでもほとんど変更なしに動作する。 Sの現在のバージョンほどは新たな手法やグラフ表示法は取り入れられていないが、通常の解析ならば不都合は感じないだろう。 CRAN（The Comprehensive R Archive Network）にはRに対する追加パッケージも沢山あり、新たな手法は、これら
R言語 - Wikipedia
R言語（アールげんご）はオープンソース・フリーソフトウェアの統計解析向けのプログラミング言語及びその開発実行環境である。ファイル名拡張子は.r, .R, .RData, .rds, .rda。 R言語はニュージーランドのオークランド大学のRoss IhakaとRobert Clifford Gentlemanにより作られた。現在ではR Development Core Team[注 1] によりメンテナンスと拡張がなされている。 R言語のソースコードは主にC言語、FORTRAN、そしてRによって開発された。 なお、R言語の仕様を実装した処理系の呼称名はプロジェクトを支援するフリーソフトウェア財団によれば『GNU R』であるが[3] 、他の実装形態が存在しないために日本語での慣用的呼称に倣って、当記事では、仕様・実装を纏めて適宜にR言語や単にR等と呼ぶ。 特徴[編集] R言語は文法的には、統
RjpWiki - RjpWiki
RjpWiki はオープンソースの統計解析システム R に関する情報交換を目的とした Wiki ですRjpWiki はオープンソースの統計解析システム 《R》 に関する情報交換を目的とした Wiki です † どなたでも自由にページを追加・編集できます． (初めて投稿・既存記事への追加・修正を行なう方はこのページ末の注意*1を御覧下さい) ページへのファイル添付については、画像ファイルのみパスワードなしで可能としてあります(ページ上部「画像添付」より)。その他のファイルの添付はパスワードを入力することで可能です(ページ上部「ファイル添付」より)。現在のパスワードは, Rでの round(qt(0.2,df=8),3) の実行結果です。 スパム書き込みに対処するため、書き込み系の処理に対してパスワードを設けました。ユーザ名の欄には，Rで round(qt(0.2,df=8),3) を実行
WindowsユーザーのためのR/Tinn-R｜奥村泰之の情報公開
はじめに このドキュメントでは，以下の2点をお伝えすることを目的として作成しています。 Rという無料の統計ソフト（データ解析環境）のインストール方法/初期設定の説明すること Tinn-Rという，Rとの連携を簡単にするための無料のエディタのインストール方法/初期設定/使い方の説明をすること 初めてR/Tinn-Rを導入する方は、以下の目次の順に、すべて読了して、設定を完了されることをお勧めいたします。なお，本ドキュメントで出てくる内容は，Windows 7の環境で作成したものです。OSが，Windows以外の方は，本ドキュメントは役立ちません。 What's New 法人Webサイトを開設しました。(2021/9/25) 臨床精神薬理に寄稿しました。(2021/2/4) 奥村泰之: 精神科におけるリアルワールド・データを活用したリアルワールド・エビデンスの創出：持続可能性のある研究体制構築に
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