明けましておめでとうございます。2017年もどうぞよろしく。本業が忙しい時期を迎えていることもあって、ブログの更新は滞りがちなのだけれど、気が向いたら更新していくつもりなので、今後も読んでいただけたら幸いです。 一年の出だしですが、ここでは昨年紹介記事を書こうと思いながらも書けなかった論文を短いコメントと一緒に紹介していこうと思います。あくまで簡単な紹介なので、詳細が気になる方はぜひ論文を読んでみてください。 では、以下に書いていきます。ある程度吟味したんだけれど、それでも長くなってしまった。 RNA修飾の解析 先日、Nature Methodsでも2016年のMethods of the yearにも選ばれていたEpitranscriptomeの解析はとても印象に残った。次世代シーケンサーの技術革新によって、今まで観察することのできなかったRNAの修飾を今までよりも容易に観察できるように

ここしばらくブログを書くまとまった時間が取れなかったので、Twitterで呟いてから、だいぶ間が空いてしまいました。というか、もう1週間経ってしまったので、さすがにそろそろ書くのを躊躇う感じがありますが、日本に残してきた筆頭著者の論文がようやく世に出ました。 → Yeast Osmosensors Hkr1 and Msb2 Activate the Hog1 MAPK Cascade by Different Mechanisms -- Tanaka et al. 7 (314): ra21 -- Science Signaling このブログは一応匿名でやってきたのですが、せっかくブログが有るのだから何か自己紹介的なものを書いてみようと思います。最初は丁寧な論文解説も考えたのですが、今回はそうした専門的な話はしません（興味のある方はTwitterにいるので、いつでも話しかけてください）

いちいち例を挙げる事はしないけれど、ここ数年、かなり重大な論文不正が相次いで報告されているように思う。こうした事例の経過を見るにつけ、気に掛かるのは、怪文書に近いようなブログエントリーや週刊誌などのマスコミへのリークをきっかけとして問題が明らかになることが多いことだ。 捏造が悪しきことであることは明白だけれど、あら探しのような捏造探しも良い行動とは思えない。科学とは知見を提唱し、批判と検証を繰り返しながら積み重ねていく知的活動だ。私達は巨人の肩に立つ小人なのである（参考）。捏造探しとはこうした科学的活動を根本から否定する行動であり、とても悲しい気分になる。科学者の良心を信じていたい。 とはいうものの、万が一捏造を見つけてしまった場合、見過ごす訳にいかないのも現実。そして、日本で論文不正を告発するには上述の通り、怪文書のようなブログやマスコミを使うしかないのが現状だ。いわゆる私刑だ。また論文

STAP細胞という酸や物理的なストレスを細胞に与えるだけで多能性を獲得するという、衝撃的な研究結果が理化学研究所のグループにより発表されて、話題になっている。ここまで生物観を揺るがすほどの衝撃を受けた論文は久々だ。 理研のプレスリリース（一番わかり易い解説） 体細胞の分化状態の記憶を消去し初期化する原理を発見 | 理化学研究所 噛み砕いた解説 「ストレスで細胞が初期化」の衝撃 - むしブロ 論文2報 Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency : Nature : Nature Publishing Group Bidirectional developmental potential in reprogrammed cells with acquired pluripotency : Natu

昨日〜一昨日とはてなブックマークですい臓がん発見に関わる画期的な手法を開発した15歳の少年の記事が話題になっていた（参考1、参考2）。 15歳のJack Andraka君は叔父をすい臓がんで亡くしたことをきっかけに、インターネットを通して、すい臓がんについて調べ、すい臓がんの検査が1回800ドルととても高く、また既存の手法では30%のすい臓がんを見逃すことを知る。そこで、Jack君はより手軽な値段で、より優れた新たな手法を開発できるのではないか、と考え、開発に乗り出す。開発の経緯については、彼がTEDで話したトークがあるので、聞いてみるといいと思う。とっても感動的。 ただ、彼が作ったという画期的方法についてTEDの動画を見ても、また話題になっている記事を読んでも、詳細やその学術的背景/立ち位置がよく分からなかったので、インターネットで分かる範囲で少し調べてみた。 Jackくんがすい臓がんの

学名はGoniurellia tridens。ラテン語の語彙がそれほどあるわけではないけれど、見た目の通り、the three-in-oneという意味が学名にあるらしい。発見は今から100年ほど前。アラブ首長国連邦で1910年に発見されたハエで（参考）、透明な翅（羽）（注：参考）の中にアリの模様があるのが特徴。このアリの模様、きれいに6本足に2本の触角を持ち、さらに頭部、胸部、腹部に分かれていて、完璧に昆虫を表現している。[13:53追記　アリではなくJumping Spiderではないかという話もあるようだ] G.tridensは約5000種ほどいるハエ目ミバエ科（tephritidae）のハエの1種で、ミバエ科のハエの多くは、カラフルなカラー/模様を持つことが知られている（参考）。またアラブ首長国連邦にいるミバエ科には、単純なものから複雑なものまで27種類ほどG. tridensのよう

Google Readerが今年の7月1日で廃止になるよう（参考）で、ネットではRSSに関する議論が盛り上がっている。ここではRSSの是非について細かい議論をするつもりはない。大雑把に自分の考えを言っておくと、確かにRSSは一般に普及しなかったが、かといってSNSが代替の情報源になるとは思えない。まずSNSはノイズが多い。また今回のRSSリーダーの廃止は、最初にSNSに情報を流す人の存在を軽視しているように思う。 堅苦しい話はさておき、Google Readerが廃止に決まって、RSS環境の見直しをしている人もいるんじゃないだろうか。せっかくだから論文をチェックするのに、RSSが向いているよ、という話をしよう。俺も最新の論文はLivedoor Reader（参考）を使って、RSSでチェックしている。大学院に入った頃からずっとこうしているので、この環境がなくなったら、論文チェックに困るだろう

今週Yaleにて開かれた、光遺伝学（Optogenetics）に関するシンポジウムで、いくつか偉い先生の講演を聞いたので、光遺伝学についての覚え書きを書き記しておこうと思う。ブログを放置するのも良くないしね。 光遺伝学とは？ 元々は、神経回路の機能を調べるために、光学と遺伝学とを組み合わせて発達した研究分野のこと。光遺伝学（Optogenetics）という言葉はKarl Deisserothが2006年の論文で最初に用いたらしい（参考）。一般的に光遺伝学という場合、チャネルロドプシン2やハロロドプシンを神経細胞に発現させ、光を照射することで神経の興奮または抑制を起こす手法のことを指すような気がする。 光遺伝学のさらなる応用 近年は光遺伝学の対象が広がっている。例えば、光の照射によってsmall GTPaseの活性化やタンパク質-タンパク質相互作用を制御するという技術が開発され、これらもOp

ブログを書くのは久しぶりですね。この3ヶ月、忙しくて忙しくて忙しくて、ブログはおろかTwitterすらまともに書けないという状況が続いていました。近況ですが、明日からアメリカに生活の拠点を移し、Yale universityに留学することになっています。 そこで、自分の経験というか備忘録として、留学先を決め、実際に留学するまでにおこなったことを書き記しておこうと思いました。以下、長たらしい話になるかもしれませんが、気が向いたらご覧下さい。 留学先を決めるまで 留学先を決めるには、留学先の研究内容や上司の紹介などから判断することが多いと思いますが、自分の場合はこれまでやってきた研究内容をより発展させた内容で、研究対象は異なるものの非常に興味深い研究をしている2つの研究室にメールを送りました。 残念ながら、最初にメールを送った研究室からは1ヶ月ほど経った後に、受け入れられないという旨のメールを

なお、原文はSan Francisco Editという雑誌に掲載された記事です。右の参照にあるので、よかったらご覧下さい（参照 PDF注意）。 以下は、翻訳になります。 イントロダクション 査読雑誌に投稿された論文は様々な理由によりリジェクトされるが、その多くは回避可能である。 注意しなくてはいけないのは、論文が受理される理由はリジェクトされる理由の鏡像ではないことである。論文が受理される主な理由は、該当分野に対する重要度と貢献度、文章のすばらしさ、そして研究計画の質である。 多くの科学雑誌は、レビュアーに投稿論文の科学的価値と研究の質について調べるように期待している。しかしながらレビュアーは、手の込んだ編集をしないと除けないような言葉の誤りを多く含む原稿に対し、批判的になってしまう。科学系の執筆は、良き科学と良く書かれた原稿の両方を要求する。 投稿論文がリジェクトされる主な理由を以下にま

コンピテントセル（competent cells）とは、外来DNAを細胞内に取り込める状態になった細胞のこと。通常はDNAに対する膜透過性が増大した大腸菌のことを指しますが、例えば酵母の場合でも、酢酸リチウムなどで膜透過性が増大した状態の細胞をコンピテントセルと呼びます。このコンピテントセルのことを生物系研究業界では通常、頭文字を取って「コンピ」と呼ぶことが多いので、この記事でも以下「コンピ」と呼ぶことにします。 生物系の研究では、遺伝子をプラスミドと呼ばれる環状DNAに乗せた状態で管理することが多いのですが、このプラスミドを増やしたり、またプラスミド上の遺伝子からタンパク質を大量に発現させたりする際に、大腸菌にプラスミドを導入します。この時に、予め作っておいたコンピが欠かせません。 研究費が潤沢にある研究室では、メーカーによって作製されたコンピを購入したり、テクニシャンが作製してくれてい