国内のオミクロン株の分子疫学調査
2022年2月9日 国立感染症研究所 感染症危機管理研究センター 病原体ゲノム研究センター 国立感染症研究所および地方衛生研究所等において、2022年1月17日までに登録されたゲノム情報を分析した。全ゲノム解析により確認されたB.1.1.529系統の変異株（オミクロン株）は国内2,650例（検疫を含まない）であった。 国内で流行するオミクロン株（BA.1）の系譜について国立感染症研究所で分子疫学調査を行った。2021年12月中旬から国内で顕在化したオミクロン株は少なくとも４つの種類の系譜が存在し、それぞれ独立した異なる経緯により海外から流入した可能性が示唆された（図：海外からの流入経緯を推定するため、オミクロン株と確定された国内症例のゲノム配列（complete 配列のみ）を用いて塩基変異の系譜をつなぐハプロタイプ・ネットワーク図を作成し評価）。 ４つの種類の系譜のうち、１つは2021年1
SARS-CoV-2の変異株B.1.1.529系統（オミクロン株）について（第６報）
オミクロン株について オミクロン株は基準株と比較し、スパイクタンパク質に30か所程度のアミノ酸置換（以下、便宜的に「変異」と呼ぶ。）を有し、3か所の小欠損と1か所の挿入部位を持つ特徴がある。このうち15か所程度の変異は受容体結合部位（Receptor binding protein (RBD); residues 319-541）に存在する(ECDC. Threat Assessment Brief)。各変異等の詳細については第3報を参照されたい。 下位系統としてBA.1系統、BA.2系統、BA.3系統が位置付けられており、現在の世界的な主流はBA.1系統である。国内での検出もほとんどがBA.1系統であるが、検疫ではインド、フィリピンに渡航歴がある者からBA.2系統が検出されている。国外では、デンマーク、フィリピン、インド等でBA.2系統が占める割合が増加している。BA.2系統は、BA.１
感染・伝播性の増加や抗原性の変化が懸念される 新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）の新規変異株について （第11報）
感染研でVOCs/VOIsに位置付けていた、またはWHOがギリシャ文字の呼称をつけた変異株（variant）のみを記載。WHOの分類では上記の他にR.2、B.1.466.2、B.1.621、AV.1、B.1.1.318、B.1.1.519、AT.1、C.36.3/C.36.3.1、B.1.214.2系統が同分類に位置付けられている。 感染研ではAY.3もデルタ株に位置付けている。 VOCsに関する主な知見のアップデート 【B.1.617.2系統の変異株（デルタ株）】 英国では、2021年6月27日から7月3日に遺伝子型決定された症例の97%をデルタ株（B.1.617.2系統およびAY.1/AY.2系統を含む）が占めていた（1） 米国では、2021年6月6日から6月19日の集計でB.1.617.2系統が31.1%を占めていた(2) 。 VOCの日本での状況 2021年7月12日時点のHER-
COVID-19感染報告者数に基づく簡易実効再生産数推定方法
はじめに 実効再生産数（effective reproduction number: Rt）は「（ある時刻tにおける, 一定の対策下での）1人の感染者による二次感染者数」と定義され1）, 現在流行が拡大期にあるのか収束に向かっているのかを評価する疫学指標の1つとして重要である。2019年末からの新型コロナウイルス感染症（COVID-19）の流行に際しては, 世界各国・地域で流行状況を評価する指標として活用されている。しかし厳密なRtの計算には数学に関する知識やプログラミングの技術を必要とすることから, 必ずしもそうした技能を有する人材がいるとは限らない現場での活用は進んでいない。本稿では, 高度な専門知識を要さずに日ごとのCOVID-19陽性者数を使って簡便にRtの近似値を算出する方法を紹介し, その精度を検討した。 方 法 Rtを推定する時の最も簡潔な考え方は, ある時刻における感染者数
積極的疫学調査の情報に基づく新型コロナウイルス感染症の潜伏期間の推定
はじめに 新型コロナウイルス感染症（COVID-19）の潜伏期間（incubation period）は感染した日から症状出現するまでの期間を指し, 検査陽性者の隔離期間や濃厚接触者の追跡期間を決定するうえで重要な情報である。COVID-19の潜伏期間に関する報告は海外からの主に数理モデルを用いた解析1）であり, 国内の実測データを用いた報告はほとんどない。今回, 福岡市で実施された積極的疫学調査の情報を用いて潜伏期間の分布を推定したので報告する。 方 法 福岡市において2020年2月19日～11月15日までにCOVID-19と診断された3,192名に対して実施された積極的疫学調査の調査票（行動歴と接触者情報）を基に, 接触場所や接触日が明確な新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）感染者（感染者）と被感染者のペアを抽出した。福岡市外の感染者から被感染者が感染したペアの場合も, 接触日が
新型コロナウイルス感染症（新規変異株）の積極的疫学調査（第2報）
目 的 本調査は、厚⽣労働省健康局結核感染症課名にて協⼒依頼として発出された、感染症法第15条第2項の規定に基づいた積極的疫学調査（健感発0315第3号、令和3年3月15日、https://www.mhlw.go.jp/content/000753875.pdf）に基づいて集約された、医療機関から寄せられた新型コロナウイルス感染症（COVID-19）新規変異株患者の疫学情報・臨床情報に関する報告である。第1報として、2021（令和3）年4月23日に記述疫学を報告した1）。第2報ではVOC-202012/01〔B.1.1.7系統の変異株（アルファ株）〕における重症例と非重症例の臨床的特徴を比較検討した。 調査対象者 以下の条件をすべて満たす者とした。 (1) 2020年12月22日～2021年3月9日までに感染症法に基づくCOVID-19の届出がされた患者 (2) ゲノム検査が実施され
感染・伝播性の増加や抗原性の変化が懸念される 新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）の新規変異株について （第9報）
* 60％以上の配列に見られる変異 ** Variants under monitoring VOCsに関する主な知見のアップデート 【B.1.1.7系統の変異株（アルファ株）】 B.1.1.7系統（アルファ株）について、主に国内知見のアップデートを中心に記載する。 B.1.1.7系統（アルファ株）が、従来株に比べて感染・伝播性が上昇していることは、海外ですでに詳細な分析がなされているところである。また、国内における流行データの分析からもそれを支持する知見が得られている。2021年4月5日までに新型コロナウイルス感染者等情報把握・管理システム（HER-SYS）に登録された新規変異株症例（ウイルスゲノム解析結果で確定したものと501Y-PCR検査陽性のみの症例を含む）を対象とした分析では、B.1.1.7系統（アルファ株）と従来株症例の実効再生産数は平均でそれぞれ1.23 (95%信頼区間 1
まん延防止等重点措置と緊急事態宣言が新型コロナウイルス感染症の流行動態に及ぼした効果に関する定量的評価（暫定版）
2021年6月14日 （掲載日：2021年6月16日） 国立感染症研究所 厚生労働省新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード・ データ解析チーム PDF 要約 本報告では、2021年4月以降に実施されたまん延防止等重点措置（重点措置）と緊急事態宣言が新型コロナウイルス感染症（COVID-19）の流行動態に及ぼした効果について定量的評価を行った。流行動態の評価指標（アウトカム）としてCOVID-19の新規報告患者数と実効再生産数を、代替指標としてヒト移動データと繁華街の滞留人口を用いた。方法論は、大きく分類して分割時系列解析と実効再生産数の推定の2つのアプローチを採用した。 分割時系列解析では、COVID-19新規症例数、および6つのエリアカテゴリ（小売・娯楽、食料品店・薬局、公園、乗換駅、職場、住宅）における人流データを分析した。新規症例数については、毎日のPCR検査数やN501Y
日本国内で報告された新規変異株症例の疫学的分析（第2報）
国立感染症研究所 2021年5月10日時点 （掲載日：2021/5/12) 要約 日本国内で報告されたVOC-202012/01症例の重症度に関して、サーベイランスデータを用いて暫定的評価を行った。VOC-202012/01群はN501Y-PCR検査陰性群と比べて届出時に重症であるリスクは1.40 倍（95％信頼区間：1.11-1.75）であった。一方、非VOC-202012/01群との比較では3月31日以前は1.22倍(1.00-1.48)、4月1日以降は0.88倍(0.79-0.98)であった。この違いは非VOC-202012/01群に含まれる未診断のVOC-202012/01症例が占める割合が経時的に上昇したことが理由であると考えられた。探索的に行った分析では40-64歳のリスク比が高かった。データの制約から本報告の結果のみからVOC-202012/01症例の重症度について結論するこ
日本国内で報告された新規変異株症例の疫学的分析（第１報）
国立感染症研究所 2021年4月5日時点 １．背景 従来株に比べて感染・伝播性や獲得免疫の効果に影響があるとされる新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）の新規変異株が相次いで報告され、国際的な流行が懸念されている。これらの新規変異株はいずれも感染・伝播性に影響があるとされるN501Y変異を有する。2020年11月に英国南東部地域でSARS-CoV-2の新規変異株VOC-202012/01(lineage B.1.1.7)が報告されて以降、同株症例は同国内で急速に増加し、その後世界的に感染拡大を起こした。VOC-202012/01は従来株に比較して実効再生産数が43-90％高く[1,2]、また死亡リスクを55％上昇させるという報告がある[3]。しかし新規変異株症例の疫学的特性についてはまだ十分に解明されているとは言えない。英国ではVOC-202012/01が報告された当初に従来株に比べて
ブラジルからの帰国者から検出された新型コロナウイルスの新規変異株について
国立感染症研究所 2021年1月10日 PDF 英語版 要約 感染性の増加が懸念される変異株と共通する変異を一部に有する新たな変異株が、ブラジルからの帰国者から検出された。 当該変異株については遺伝子の配列に関する情報に限られており、感染性や病原性、検査法やワクチンへの影響等は現時点では判断が困難。 当該変異株の感染者は個室での管理下におき、感染源、濃厚接触者の追跡と管理、臨床経過等を含めた積極的疫学調査を行うことが望ましい。 変異株であっても、個人の基本的な感染予防策は、従来と同様に、3密の回避、マスクの着用、手洗いなどが推奨される。 本文 2021年1月6日、国立感染症研究所は、1月2日にブラジルから到着した渡航者４名から新型コロナウイルスの新規変異株を検出した。 当該新規変異株は、B.1.1.248系統*1に属し、スパイクタンパク*2に12箇所の変異を認める。感染性の増加が懸念される
我が国における超過死亡の推定（2020年7月までのデータ分析）
※結果をご覧いただく際の注意事項 10月現在の本分析（2020年7月までのデータ分析）では、超過死亡はすべての死因を含むため、今回観察された超過死亡は新型コロナウイルスを直接の原因とする死亡の総和ではありません。外出自粛等に伴う病院不受診や生活習慣の変化に伴う持病の悪化による死亡（増加分）、さらには例年より減少している可能性があるとされる交通事故死（減少による相殺分）など、新型コロナウイルスの感染拡大による間接的な影響も含まれています。これら死因を考慮し、直接と間接を明確にした分析は、データが入手出来次第行って参ります。 超過死亡は新型コロナウイルス問題が顕在化した 2020 年1月下旬以降だけではなく、過去の時点でも確認されています。過去との比較目的で、本分析では最近2017年以降の毎年毎月の超過死亡も報告いたします。毎月の始まりと終わりの日付は感染研疫学週を参照ください。また、本分析に
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新型コロナウイルス感染症（新規変異株）の積極的疫学調査（第1報）