ホーム - integbio.jp４省の生命科学系データベースの統合を目指して このサイトは、文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省による、生命科学系データベース統合のための合同ポータルサイトです。 内閣府 総合科学技術会議ライフサイエンスプロジェクトチーム 統合データベース（推進）タスクフォースの示す方針を踏まえて、平成23年度より、4省の間で生命科学系データベースの統合が推進されています。その統合のためのステップとして、データベースのカタログ、横断検索、アーカイブ構築などの連携を４省合同で進めています(図１)。
東大、糖応答性の新しい遺伝暗号を発見したと発表
東京大学(東大)は、糖応答性の新しい遺伝暗号を発見したと発表した。研究は東京大学分子細胞生物学研究所の加藤茂明教授と藤木亮次助教によるもので、成果は英科学誌「Nature」の11月27日オンライン版に掲載された。 ヒトゲノムはすでに解析されているわけだが、それによって判明したのは、大方の予想を裏切ってヒトの遺伝子は極端に少ないということ。そして、ヒトの個性はゲノムのみによって決定されるのかという古くからの疑問にノーという答えを出す形となった。 実際、一卵性双生児が異なる個性を獲得したり、生活習慣の違いからさまざまな病気を患ったりすることからも、容易に想像することが可能だ。となると、後天的に遺伝子の発現を多様化させる要因はなんであるのか、これを明らかにしていくことがポストゲノムの次なる課題となっている。 その答えの1つとして注目を集めているのが、染色体の構成分子(核酸やヒストンタンパク質)の
京大、DNA解析により群れをなす魚にも夫婦の絆があることを確認
京都大学 生物科学専攻動物生態学研究室の高橋鉄美 理学研究科研究員らの研究グループは、アフリカのタンガニイカ湖に生息するシクリッド科魚類「Xenotilapia rotundiventralis(X. rotundiventralis)」にて、「夫婦の絆(ペアボンド)」を分子生物学的に発見したことを発表した。同成果は英国王立協会の専門誌「Biology Letters」電子版に掲載された。 一般に、ペアを作る生物ではメスとオスが一緒に行動するため、どのメスとどのオスがペアを作っているのか、見た目で分かるが、X. rotundiventralisは水中に高密度の群れを作るため、見た目だけでペアなのかどうかは不明であった。 また、X. rotundiventralisは、メスとオスの両方が口内で子供を育てる口内保育という特長を持つが、メスの口には卵から大きな稚魚まで、さまざまなサイズの子供が入
Genome sequencing and comparison of two nonhuman primate animal models, the cynomolgus and Chinese rhesus macaques - Nature Biotechnology
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東工大、iPS化などを表す「地形」を細胞内にプログラミングすることに成功 | エンタープライズ | マイコミジャーナル
東京工業大学(東工大) の研究グループは、合成生物学の手法を用い、生命の発生や人工多能性幹細胞(iPS)化を表す「地形」を細胞内にプログラミングし、細胞の状態変化をデザインする新規手法を打ち立てることに成功し、生きた細胞内に、人工的に組み合わせた遺伝子のネットワークを導入し、この細胞が細胞内・細胞間の遺伝子相互作用の結果により多様な細胞へと、設計通りに分岐していくことを確認した。同成果は、同大大学院総合理工学研究科の木賀 大介 准教授と関根亮二 院生らによるもので、「米国科学アカデミー紀要(Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America:PNAS)」(オンライン速報版)に2011年10月24日(米国東部時間)の週に公開される予定。 生命の発生や再生プロセスにおいて重要な、細胞内・
3万年前のDNAから抗生物質耐性遺伝子が見つかる - 蝉コロン
科学, ゲノムSuperbugs Predate Wonder Drugs - ScienceNOW細菌「持ってたわー。その抗生物質への耐性3万年前から持ってたわー」面白いかと思ったセリフ改変が書いてみるとやたら説明的でがっかりした。ええと、言うまでもなく抗生物質は細菌感染の治療に多大な貢献をしているわけですが、一方で耐性菌の出現も問題になっております。今回の論文はそういう薬剤耐性菌が三万年前にすでにそこら辺にいた可能性を示しています。 http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature10388.html "Antibiotic resistance is ancient" Nature, Published online 31 August 2011僕的には最近お気に入り*1のメタゲノム解析。カナダのユーコン準州
ありがとうネアンデルタール人 - 蝉コロン
科学, ゲノム我々現生人類のゲノムにはネアンデルタール人の配列がある（参考：スラッシュドット・ジャパン サイエンス | オジー・オズボーンにネアンデルタール人の遺伝子、間違えた、ヒトとネアンデルタール人は交配してたかも - 蝉コロン）。アフリカ人以外はゲノムの1-4%がネアンデルタール人由来と考えられている。他にデニソワ人ってのも現生人類に近いそうなんだけど、オーストラリアのちょっと上のメラネシア人にはこのデニソワ人の配列も見つかっていた。5-7%（ニュース - 古代の世界 - デニソワ人、現生人類と交雑の可能性（記事全文） - ナショナルジオグラフィック 公式日本語サイト）。 この古代人のカケラはただ何となく痕跡として残っているのか、あるいは残るべき理由があったのかというのが研究者らの疑問でした。 んでHLAに着目した。これはバリエーションがとんでもなく豊富でかつ免疫に重要。HLAクラス
進化したサイボーグみたいな細菌 - クマムシ博士のむしブロ
ドイツの研究チームが、DNAの一部を人工物で置き換えた細菌を実験室内で作ることに成功したことを発表しました。 Chemical Evolution of a Bacterium’s Genome DNAは、細菌でも植物でも動物でもその構造は同じで、糖、リン酸、塩基からできています。塩基にはアデニン(A)、グアニン(G)、シトシン(C)、チミン(T)の4種類があり、アデニン(A)とチミン(T)、グアニン(G)とシトシン(C)がDNAの鎖と鎖の間で対になり、二本鎖構造を形成しています (下図)。 DNAを構成するこのような物質の組み合わせは、普遍的なものなのだろうか？もし、これらの物質を物理化学的に似た性質をもつ他の物質に置き換えても、生物は生きていけるのだろうか？ このような疑問は、生命の成り立ちの謎を解く鍵に関わります。また、合成生物学という比較的新しい学問分野において、大きな命題にもなっ
An integrated semiconductor device enabling non-optical genome sequencing - Nature
DNA sequencing and, more recently, massively parallel DNA sequencing1,2,3,4 has had a profound impact on research and medicine. The reductions in cost and time for generating DNA sequence have resulted in a range of new sequencing applications in cancer5,6, human genetics7, infectious diseases8 and the study of personal genomes9,10,11, as well as in fields as diverse as ecology12,13 and the study
Chip chips away at the cost of a genome - Nature
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MiSeqのデータセット
このページの、右上あたりにある、Download the data から、FastqファイルとBAMファイルが落とせます。 E.coliのデータです。 サイズが大きく、ダウンロードに結構時間がかかるので、wget で取得すると良いと思います。 （wget http://.........ファイルのURL............） ついでに、というかこっちの方が面白いかもしれませんが、BAMファイルの下の、プレゼンテーションファイルも落として見てみましょう。 びっくりしますが、スライドの後半部分に、MiSeqデータとIon Torrent PGMデータの比較、があるのです！ ここから先は実際にダウンロードしてからのお楽しみ？ 当たり前ですが、MiSeqの方がいい！ と結論しています。 カバレージで言うと、1ランで1.7Gb読めるMiSeqは、393x 一方PGMは6~8ラン読んでも11~24
asahi.com（朝日新聞社）：国産真珠の美しい光沢、遺伝子を解読 東大とミキモト - サイエンス
アコヤ貝と真珠＝ミキモト提供 世界一美しい、とも評される日本の真珠。その光沢のカギを握る結晶構造の形成に関係するすべての遺伝子情報を解読することに、東京大とミキモトグループが成功した。２３日、海外の科学雑誌「ＰＬｏＳ ＯＮＥ」（電子版）に発表する。 真珠はアコヤ貝の中で、真珠層と呼ばれる炭酸カルシウムの結晶が核となる粒の表面に幾重にも重なって成長することで美しい光沢を放つ。日本固有の亜種はこの結晶構造がちみつで良質なことで知られる。 研究グループは、アコヤ貝が真珠層を作りだすのに関係している部位を中心に遺伝子を解読。その結果、３万の遺伝子のうち、これまで知られていた１２の遺伝子のほかに、新たに５２個の遺伝子が真珠層の形成にかかわっていることをつきとめた。
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Genetic origins of the Minoans and Mycenaeans
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Crystal structure of the β2 adrenergic receptor–Gs protein complex - Nature
2011年、生命科学における７大ニュース
bgisequence.com
Comprehensive Library for Modern Biotechnology (CLiMB)
DNA Methylation Profiles of the Brain-Derived Neurotrophic Factor (BDNF) Gene as a Potent Diagnostic Biomarker in Major Depression
https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa1107643?query=featured_home