Rのグラフィック作成パッケージ“ggplot2”について｜Colorless Green Ideas
はじめに Rには、“ggplot2”というライブラリがある。このライブラリを使うと、デフォルトの作図コマンドよりも効率的に作図ができ、しかも分かりやすくて美しい図を描くことができる。美しい図といってもピンと来ないかもしれないが、百聞は一見にしかず、下の2つの図を比べてもらいたい。1つ目の白い背景の図がRのデフォルトの作図コマンドで作成された散布図である。2つ目の灰色の背景の図が“ggplot2”を使った散布図である。 Rのデフォルトの作図機能を使った場合の散布図の例 “ggplot2”を使った場合の散布図の例 以下では、“ggplot2”のコンセプトと簡単な作例を紹介したいと思う。最初は抽象的な話をする。このため、最初から読んで分かりづらかったら、後の方の作例を先に見た方が理解が早いかもしれない。 “ggplot2”のコンセプト “ggplot2”は、どのように作図を行っているのであろうか
(Rで)塩基配列解析
(Rで)塩基配列解析 (last modified 2024/07/11, since 2010) このページは、RStudio (R含む)で生命科学系のデータ解析を行うためのテンプレート集です。このページに特化したチュートリアル（インストール | についてと基本的な利用法）を一通り実践した上でご利用ください。より一般的なチュートリアルは、教科書の付録ページ(←読込に時間がかからなくなりました)にあるR1.010とR1.020で提供しています(2023/04/01)。 アグリバイオインフォマティクス、@Agribio_utokyo、アグリバイオの教科書、(Rで)塩基配列解析のサブページ What's new? (過去のお知らせはこちら) 生命科学研究のためのデジタルツール入門 第2版（監修：坊農秀雅・小野浩雅）が2024年6月末に出版されています。生命科学分野に参入してきた学生さんに、最新
第1回 Rは統計解析のブッシュナイフだ - 実践！ Rで学ぶ統計解析の基礎 - ＠IT
今ほど統計解析が必要とされる時代はありません。オープンソースの統計処理言語・環境の「R」を使って実践的な統計解析のテクニックとリテラシーを習得しましょう！ 読者にとってRは、世に溢れるデータの密林を切り開くための“ブッシュナイフ”となることでしょう（編集部） 統計解析の必要性とリテラシー 21世紀になって、経営学者の故ピーター・ドラッカー氏が言うところの知識労働者は、ますます統計解析を必要する局面が増えてきました。この状況は、20世紀後半から21世紀に起きた計算機能力の増大とインターネットの発展を基礎に、3つの大きな潮流が現れたことがキッカケとなっているように思います。その3つの潮流とは、オープンソース、オープンデータ、そしてオープンアイデアです。後ろの2つは今筆者が名付けました。 オープンソースは、皆さんがご存知のように、Linux、Apache、Perl、Python、RubyなどのO
(Rで)マイクロアレイデータ解析
(Rで)マイクロアレイデータ解析(last modified 2023/05/24, since 2005) お知らせは主に(Rで)塩基配列解析で行っておりますのでそちらをご覧ください。(2018/11/21) アグリバイオインフォマティクス、@Agribio_utokyo、アグリバイオの教科書、生命情報解析研究室 What's new? アグリバイオインフォマティクスの教科書「Web連携テキスト バイオインフォマティクス」のページの読み込みに時間がかかる問題がありました。理由は1つの巨大なページとして構成していたためですが、章ごとのページに変更することで解決しました。(2023/05/24) このページに取り残されていた2014年出版のトランスクリプトーム解析という本のWeb資料情報を「(Rで)塩基配列解析」に移行しました。(2022/12/24) バイオDBとウェブツール ラボで使える
yy-2002’s blog
5.2 アドオン・パッケージのインストール方法は? (How can add-on packages be installed?) (Unix のみ.) CRAN のアドオン・パッケージは, `PKG_VERSION.tar.gz' という名前の gzip で圧縮された tar ファイルとして提供されるので, 実際には 1個以上のパッケージを含んだ "バンドル" になっているかもしれません. あなたのシステムで `tar' および `gzip' が利用可能であれば, シェル・プロンプト上で下記のようにタイプしてください $ R CMD INSTALL /path/to/PKG_VERSION.tar.gzすると, このパッケージは, もしも環境変数 `R_LIBS' (下記参照) が設定されていて, かつ, 空でない場合には, R_LIBS の先頭に書かれたディレクトリーをルートとするライ
共立出版株式会社 新刊・近刊2007年9月『統計解析環境Rによるバイオインフォマティクスデータ解析−Bioconductorを用いたゲノムスケールのデータマイニング−〔CD-ROM付〕』
統計解析環境Rによるバイオインフォマティクスデータ解析 −Bioconductorを用いたゲノムスケールのデータマイニング−〔CD-ROM付〕 （ISBN978-4-320-05659-6） 樋口千洋・石井一夫 著 B5，288頁，4300円 ●内容 医学・生物学の分野では，マイクロアレイやプロテオミクスなどのゲノム関連データ解析の発展に伴い，大量のデータ解析を日常的に行うことが多くなってきた．このような状況において，統計解析環境RとそのアドオンソフトBioconductorは，もっとも有望なオープンソースのデータ解析ソフトとして知られており，利用者も広がりを見せている．本書は，プログラミングなどを専門としないユーザ向けに，ゲノム解析に関するデータ解析について，特にマイクロアレイ解析に偏ることなく，蛋白質解析，データベースとの連携など，バイオインフォマティクス全般に
最短経路の本 レナのふしぎな数学の旅
シュプリンガーネイチャーは、発見の進展に貢献するために、信頼性が高く洞察に富む研究の出版を通して新領域の知識の成長を支えるとともに、アイデアや情報への世界からのアクセスを可能にします。
R Graphical Manual
18,691 images, 1,263 packages, 33,935 functions Last data update: 2007-11-26 (R version 2.6.0)
Rプログラム (TAKENAKA
R でプログラミング：データの一括処理とグラフ描き started on 2005-06-06 updated on 2008-03-13 この文書は，フリーの統計解析・作図システム R を使って， データの一括処理と図化のプログラムを書けるようになるためのチュートリアルです． R の経験がまったくなくても読めるように書いています． ただし統計解析手法についての解説はほとんどしていません． 他のページや書籍を見てください． 目次 0. はじめに：この文書のねらい 1. 準備一般 2. ひとつのファイルからデータを読み込む 3. ひとつのファイルのデータの処理 4. グラフを描いてファイルに保存する 5. グラフのいろいろな設定 6. グラフの重ね描き 7. 繰り返しと条件分岐：コンピュータらしい仕事 8. 繰り返しと条件分岐で柔軟なグラフ描画 9. 補足：変数の寿命と有効範囲 10. デー
R-Source
今すぐ作図を行いたいという方は，この節は読み飛ばして とりあえず plot() の章へ進んで下さい． 作図の準備 R の作図機能は極めて多彩である．さまざまな種類の統計グラフを描述することが出来，全く新しい種類のグラフを描くことも出来る．R で作図を行なうには作図関数，作図デバイスの 2 つを用いて図を描く． 作図関数 ： 実際に何かを描画する関数 作図デバイス ： 図を出力する装置 (デバイス) 作図関数は high (low) level plotting function と graphics function の 2 通りの英語があるので困るのだが，作図関数と作図デバイスはそれぞれ，グラフィックス関数やグラフィックスデバイスという訳が適切なのかもしれない・・・ので，適宜読み替えて頂きたい．ただし，パラメータに関しては RjpWiki の記事にあったので，グラフィックスパラメータと訳
GGobi data visualization system.
Download GGobi for Windows, Mac and Linux Introduction GGobi is an open source visualization program for exploring high-dimensional data. It provides highly dynamic and interactive graphics such as tours, as well as familiar graphics such as the scatterplot, barchart and parallel coordinates plots. Plots are interactive and linked with brushing and identification. GGobi is fully documented in the
JIN'S PAGE - R
R、R言語、R環境・・・・・・ Rのダウンロードとインストール リンク集 題名 Chap_01 データ解析・マイニングとR言語 Chap_0２ Rでのデータの入出力 Chap_03 Rでのデータの編集と演算 Chap_04 Rと基本統計量 Chap_05 Rでの関数オブジェクト Chap_06 Rでのデータの視覚化(1) Chap_07 Rでのデータの視覚化(2) Chap_08 Rでのデータの視覚化(3) Chap_09 GGobiとデータの視覚化(Rgobi) Chap_10 Rと確率分布 Chap_11 Rと推定 Chap_12 Rと検定 Chap_13 Rと分散分析 Chap_14 Rと回帰分析 Chap_15 Rと重回帰分析 Chap_16 Rと一般化線形モデル Chap_17 Rと非線形モデル Chap_18 Rと判別分析 Chap_19 Rと樹木モデル Chap_20 WEK
RjpWiki - RjpWiki
RjpWiki はオープンソースの統計解析システム R に関する情報交換を目的とした Wiki ですRjpWiki はオープンソースの統計解析システム 《R》 に関する情報交換を目的とした Wiki です † どなたでも自由にページを追加・編集できます． (初めて投稿・既存記事への追加・修正を行なう方はこのページ末の注意*1を御覧下さい) ページへのファイル添付については、画像ファイルのみパスワードなしで可能としてあります(ページ上部「画像添付」より)。その他のファイルの添付はパスワードを入力することで可能です(ページ上部「ファイル添付」より)。現在のパスワードは, Rでの round(qt(0.2,df=8),3) の実行結果です。 スパム書き込みに対処するため、書き込み系の処理に対してパスワードを設けました。ユーザ名の欄には，Rで round(qt(0.2,df=8),3) を実行
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Amazon.co.jp: Rで学ぶデータマイニング 1: 熊谷悦生, 舟尾暢男: 本
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Microarray Data Analysis
Amazon.co.jp: データ解析環境「R」: 定番フリーソフトの「基本操作」から「グラフィックス」「統計解析」まで (I/O BOOKS): 舟尾暢男, 高浪洋平: 本
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