ホメイニーは、1902年、イラン中部の人口1万に満たない小さな町・ホメインに、シーア派第7代イマーム、ムーサーの子孫を称するサイイド(預言者ムハンマドの直系子孫)の家系として生まれ、出生名をルーホッラー・ムーサーヴィーといった。当時イランには近代化政策に伴う創姓法によりすでに家姓が存在したため、ムーサヴィーが本名の姓にあたる。のちに「ホメイン出身の者」を意味するニスバより、ホメイニーを名乗る。なお、シーア派では法学者が出身地などを冠したニスバで呼ばれるのは極めて一般的である。 ホメイニーが生後5ヶ月の時に法学者であった父親が地元の人間により殺害され、母親とおば達によって教育を受ける。16歳の時に二人とも亡くなり、その後は兄に教育を受けた。 幼い頃に亡くなった父にならい、アラークで学んだ後に彼もイランのシーア派の聖地ゴムでイスラム法学を修め、シーア派の上級法学者を意味するアーヤトッラーの称号
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