ゲノム言語ATGC
ゲノム的にGCリッチなほうがいいだろうということで0と1にg,cをそれぞれ割り当てて数字を表現するようにしてる。exitコマンドには終止コドンを割り当てようかとも思ったが、なんとなくaaaにしてみた(polyA)。 しかも（というか当たり前だけど）blastでホモロジーサーチがかけられるし、multifastaにしておけばソース管理もできるうえに、データベース化してインデックスはっておけば、NCBIのツール群でコマンド一発で取り出せる。 ただ今回作ったHELLO_WORLDの配列はblastnだといい感じにヒットしなくて悲しかったので、blastxかけたらブラックコットンウッドからなんかひっかかった。 >gb|ABK94795.1| unknown [Populus trichocarpa] Length=229 Score = 33.5 bits (75), Expect = 5.9 I
バイオ研究者見習い生活 with ITを通じて感じたこと、ぼくなりのまとめ。 - 終始一誠意
あの記事からもう2週間かぁ。この記事をきっかけにwet研究への付き合い方を考えはじめるようになった。 wetの研究は自然の真理を探究するという点で帰納的な研究が大前提となる。答えは自然（神と置き換えてもいいが）しか知らないわけで、権力は自然側が持っており人間は常にねじ伏せられる側にある。 どんな秩序だった仮説を立てようとも、方向性が違えばいくら研究しても答えにはたどり着けない。「仮説の証明」という最終目標はあるが、その仮説が「真」か「偽」か曖昧模糊な状態で、Wetの研究に邁進せねばいけないという点で、Wet研究者は苦しい。砂上の楼閣というか、今までの研究が足元から崩れる可能性がいつ起こってもおかしくない。しかし、土台の土台（例えば遺伝物質は核酸である、とか）を疑ってかかるほど時間も無いから盲目的に信じるしかない。こういう点で「宗教」と同類であると僕は思う。厳密性の程度の差しかないのではない
ScriptingPlugins - Cytoscape Wiki
This document is for experimental implementation of Cytoscape scripting framework. To use scripting engines, you need the following: Cytoscape 2.6.1 or later ScriptEngineManager plugin 0.04 or later You need to restart Cytoscape after you install Scripting Engines from Plugin Manager You can run scripts from Plugins → Execute Scripts... → (engine name). These plugins are still experimental, but if
Biohackathon 2008 の開催のお知らせ - 研究開発創作日誌
2008-02-11から15まで、東京で BioHackathon 2008 が開催されます。 Web Service BioHackathon 2008 のご案内 Web Service Hackathon 開催趣旨 国内外から（１）バイオ系ウェブサービス提供サイト開発者、（２）Open Bio*開発者、（３）ワークフロー構築のためのクライアント開発者、（４）BioMOBY プロジェクト開発者が総勢 50 名ほど集まり、ライフサイエンスにおけるデータベースの相互接続性をたかめ、ワークフロー構築を容易にするための仕様策定や開発合宿（ハッカーソン）を行います。 初日（2/11）はアカデミーヒルズにてスタートアップのワークショップを行います。 アカデミーヒルズ http://www.academyhills.com/map/index.html ワークショップは、はじめにいくつかのプレゼンテー
BioRuby
2025/03/08 BioRuby 2.0.6 released (ChangeLog) 2023/09/27 BioRuby 2.0.5 released (ChangeLog) 2022/09/13 BioRuby 2.0.4 released (ChangeLog) 2021/11/06 BioRuby 2.0.3 released (ChangeLog) 2020/12/31 BioRuby 2.0.2 released (ChangeLog) 2019/09/06 BioRuby 2.0.1 released (ChangeLog) 2019/06/14 BioRuby 2.0.0 released (ChangeLog) 2018/09/20 BioRuby 1.5.2 released (ChangeLog) 2016/09/07 BioRuby 1.5.1 release
1
リリース、障害情報などのサービスのお知らせ
最新の人気エントリーの配信
j次のブックマーク
k前のブックマーク
lあとで読む
eコメント一覧を開く
oページを開く
Class: Bio::PDB [BioRuby API documentation]
Displace an Atom to a Vector Direction - ResLog
ichan::Weblog - Ruby on Rails Gruffを使って、11分で作る遺伝子発現データベース , 11分で遺伝子発現データベースで用いたデータの作成 , 11..
http://bioruby.org/wiki/Japanese/?proposal
http://bioruby.org/wiki/Japanese/?BioRuby_Install
http://itoshi.tv/d/?date=20060911