存在度のnormalizationと比較 - Interest in microbiology

Microbiome 2017 5:27を読んだ。存在度のnormalizationの方法がβ-diversityの結果と、発現度の比較手法が結果に与える影響について詳細に書いている。勉強になります。 16S rRNAを用いた解析では、相対的存在度を用いる。なぜならリード数からは実際の絶対存在度は計算できないからだ。相対的存在度を算出する時に、単純なproportionをとるのでなく他の方法を採用する場合があり、それが結果に与える影響を調べている。また研究では(大体において)2群以上の群間で存在度を比較するのだが、その検定方法についても比較している。 さてまずnormalizationの方法比較だが、どのようにvalidateするのか。本論文ではordination analysisが生物学的もしくは人工的に作られた特徴を表現出来ているかを確かめることをvalidateの方法としている。以

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