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Rのenrichplotのcnetplotで表示するパスウェイを指定したいとき - Qiita
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Rのenrichplotのcnetplotで表示するパスウェイを指定したいとき - Qiita
はじめに Rの生命科学情報のパッケージを集めたBioconductorにenrichplotというライブラリがあります。 ... はじめに Rの生命科学情報のパッケージを集めたBioconductorにenrichplotというライブラリがあります。 enrichplotを使うことでエンリッチメント解析の結果をグラフに表示することができます。 作者は、中国広州市の南方医科大学の余光创(Guangchuang Yu)さんで、近年clusterProfilerなどの有名なRのパッケージを多数作成されています。 上のチュートリアルで説明されているように、cnetplot関数を呼ぶことで、下記のようなパスウェイと遺伝子を含むグラフを作成することができますが、 library(enrichplot) library(DOSE) data(geneList) de <- names(geneList)[abs(geneList) > 2] edo <- enrichDGN(de) edox <- setReadable(edo,