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【ゲノム】BGZFという圧縮形式を詳しくみる - Qiita
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【ゲノム】BGZFという圧縮形式を詳しくみる - Qiita
はじめに ゲノム関連のファイルフォーマットでは、BGZF(Blocked GNU Zip Format)という圧縮形式をしばし... はじめに ゲノム関連のファイルフォーマットでは、BGZF(Blocked GNU Zip Format)という圧縮形式をしばしば目にします。 たとえば、Bamや、Bcfも、BGZF圧縮されたファイルです。BGZFファイルは、ランダムアクセスをしたい大きなファイルを圧縮するときに用いられています。 ではBGZFとは一体どんなファイル形式なのでしょうか? 圧縮ファイルにランダムアクセスしたい ゲノム関連ファイルはサイズが大きいので、圧縮して利用することが多いです。しかし、単純にファイルを圧縮してしまうと、ファイルの任意の位置を読み込むことができません。そこで、一定のサイズごとにファイルを切り分けて、分割して圧縮します。この分割・圧縮された単位のことをブロックと呼びます。ファイルのどの部分が、圧縮ファイルのどのブロックに対応するのか対応表を作成しておきます。この対応表をインデックスと呼びます。イ