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Kipoiでゲノミクスの深層学習をやってみる - Qiita
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Kipoiでゲノミクスの深層学習をやってみる - Qiita
ゲノミクスの分野でも深層学習を活用したモデルがいくつかあります。 例えば、塩基配列からDNA・RNA結合... ゲノミクスの分野でも深層学習を活用したモデルがいくつかあります。 例えば、塩基配列からDNA・RNA結合タンパク質への結合能を予測するDeepBindや、塩基配列からエピジェネティックな修飾を予測するDeepSEAなどです。 Kipoiは、ゲノミクスの深層学習の様々なモデルを利用することができるプラットフォーム(論文ではレポジトリとされてる)です。 KerasやTensorFlow、PyTorch、Scikit-learnで書かれたモデルに対応しています。 トレーニングされたモデルをロードして、簡単に自分の配列データで試して予測値を出すことが出来ます。 ホームページ:http://kipoi.org/ 論文:https://www.nature.com/articles/s41587-019-0140-0 実際に使ってみる 環境は Ubuntu 16.04 Anaconda Python