R de Isomap - 元データ分析の会社で働いていた人の四方山話

RでIsomapを書いてみた。 ただそれだけ。 まだあんまりRのことは分かってないんだけど、for文を使うと明らかに実効速度的に不利であることは判明した。 applyとかでうまく回避するんだろうけど、C言語育ちの私にとっては「行列の全ての要素に何らかの処理を行う」ってなるとすぐにfor文が頭に浮かんでしまう。 というわけで、僕の書いたIsomapには二重ループがやたらと登場してきて実行速度的に速度的に非常にだめだめです。 どうしたものか。 まともに固有値・固有ベクトルを求めてソートをかけるのがめんどくさかったので、主成分分析の関数を代用してみたんだけどこれでいいのだろうか？ まあ、前にPythonで書いたやつと結果が大きく違わないからいいんだろうけど... あと、eigen(A)とprincomp(A)とprcomp(A)で固有値が違う気がするのは俺だけ？ # データ取得 swiss <-

[kkobayashi]

Cのextensionもいいけど、Rレベルでのoptimizationの余地もありそうな。distance関数なんかは sqrt(sum((x-y)^2)) とすればRっぽいし（多分）速い。内容がよく分かってないけど、dist関数が使えるかどうかも検討するといいかも