テクノロジー – Moleculo テクノロジー – イルミナ株式会社
Moleculo はイルミナが2012年後半に買収した会社で、新しいサンプル調製手法とゲノム解析ツールを組み合わせることで、ロングリードの産出を可能にする革新的なテクノロジーを開発しました。このテクノロジーはDNAを大きな断片にし、イルミナの次世代シーケンサーで解析を行った後、独自の情報を使い、合成ロングリードをアセンブルします。 Moleculo のサンプル調製はDNAからシーケンス用のライブラリーまでの一連のワークフローを含みます。ロングリードのアプリケーションには、de novoアセンブル（ヒト、植物、その他の複雑な生物種）、ヒトゲノムの Phasing、癌シーケンスが含まれます。 ロングリードデータのための断片の再構築 Moleculo テクノロジーは、ゲノムDNAを約10キロベースに断片化するところから始まります。次に、これらの断片はクローン増幅され、さらに断片化され、独自バー
ChIP-seq:実験のデザインと落とし穴 2 はじめに 次世代シークエンサー関連の論文 ChIP seq法によるタンパク質の動態解析 ーゲノムのどの場所にいつ結合するのかを明�
ChIP-seq:実験のデザインと落とし穴 2 はじめに 次世代シークエンサー関連の論文 ChIP seq法によるタンパク質の動態解析 ーゲノムのどの場所にいつ結合するのかを明らかにするー • タンパクの位置情報は様々な機能情報をもたらす – 既知の機能配列との相関。既知の機能タンパクとの相関 • 例えば二つのタンパク結合プロファイルが一致する – 二つは同じ機能を持つ複合体に帰属する可能性、制御関係にある可能性 を示唆 – 健常と疾患由来細胞におけるタンパクの振る舞いの違い ✴ 分子病態の解明 ゲノム上の位置 結 合 量 セントロメア テロメアテロメア 複製開始点 複製開始点 ChIP-seq法による制御系とタンパク複合体の予測例 Scc1 （コヒーシン） Sc
MiSeq™システムを用いた大腸菌シーケンス： Ion Torrent PGMシステムとの比較
Application Note: Sequencing はじめに イルミナのデスクトップ型次世代シーケンサー MiSeqシステ ムは、可逆的ターミネーターと1塩基合成反応（SBS）を採用し た実績のあるTruSeq™ ケミストリーで、高精度な塩基ごとの 配列情報を産出します。これにより、繰り返し配列やホモポリ マー配列も含めた全ゲノム領域にわたって、強固なベースコー ルをもたらします。このアプリケーションノートは、大腸菌の実 験室株を用い、MiSeqシステムで得られた結果と、Ion Torrent の Personal Genome Machine（PGM）から得られた公的にダ ウンロード可能なデータを比較しています。クオリティ値、エ ラーフリーリードの割合、ホモポリマーに関連したIndel、Indel コールの予測擬陽性、GCカバレッジの正規化プロットなど、 データの品質に関するポイ
トランスクリプトーム解析の今昔 なぜマイクロアレイ？ なぜRNA-Seq？
Sep 8 2011 1 トランスクリプトーム解析の今昔 なぜマイクロアレイ？ なぜRNA-Seq？ 東京大学大学院農学生命科学研究科 アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット 門田 幸二（かどた こうじ） http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/ kadota@iu.a.u-tokyo.ac.jp Contents トランスクリプトーム解析の概要 各手法の長所・短所 マイクロアレイ、RNA-Seq、RT-PCRやSAGE 実データの比較（RNA-Seq vs. マイクロアレイ） RNA-Seqデータの正規化（の基礎） マイクロアレイと異なる点（遺伝子の配列長による結果の偏り） 基本的な考え（RPKM） 2Sep 8 2011 ねらい 各種トランスクリプトーム解析手法の長所、短所を理解し、 その上でなぜ次世代シーケンサ
Genome Analyzerを利用した論文リスト - イルミナ
文献リスト ▼ 次世代シーケンサー ※ 年度の項目がグリーンで塗られているところが追加情報です。 ゲノムシーケンス ターゲットシーケンス 集団遺伝学解析 DNAメチル化解析 ChIPシーケンス / DNA-タンパク質相互作用 デジタル遺伝子発現 / トランスクリプトーム / small RNA / mRNA解析 細胞遺伝学研究 方法論 データ解析 << Back イルミナGenome Analyzerを使った文献：ゲノムシーケンス（2006〜現在） 年度 文献タイトル 著者および雑誌名
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