Controllability of complex networks - Nature
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Titan: The Rise of Big Graph Data
A graph is a data structure composed of vertices/dots and edges/lines. A graph database is a software system used to persist and process graphs. The common conception in today's database community is that there is a tradeoff between the scale of data and the complexity/interlinking of data. To challenge this understanding, Aurelius has developed Titan under the liberal Apache 2 license. Titan supp
Hive Plots
Loading… Many methods of graph drawing, such as force layouts, do not assign intrinsically-meaningful positions to nodes: the position is only approximate, in the hope that related nodes appear nearby. While intuitive, these methods arguably make poor use of the most effective visual channel (that is, position), and in the worst case produce an indecipherable hairball. Enter Krzywinski’s hive plot
RedeR: R/Bioconductor package for representing modular structures, nested networks and multiple levels of hierarchical associations - Genome Biology
RedeR: R/Bioconductor package for representing modular structures, nested networks and multiple levels of hierarchical associations Software Open Access Published: 24 April 2012 RedeR: R/Bioconductor package for representing modular structures, nested networks and multiple levels of hierarchical associations Mauro AA Castro1, Xin Wang1, Michael NC Fletcher1, Kerstin B Meyer1 & …Florian Markowetz1
Stanford Large Network Dataset Collection
Open research positions in SNAP group are available at undergraduate, graduate and postdoctoral levels. Social networks : online social networks, edges represent interactions between people Networks with ground-truth communities : ground-truth network communities in social and information networks Communication networks : email communication networks with edges representing communication Citation
WebDBフォーラムで登壇してきました - 元データ分析の会社で働いていた人の四方山話
先日、WebDBフォーラムなる場所で登壇してきました。会社名を背負っての初発表だとか、AWSのエバンジェリストと一緒だったり等でgkbrでした。発表資料を公開します。所感などはまた後ほどまとめて公開しようかと。URL 2011-11-09 17:02:54 via web Webとデータベースに関するフォーラム (WebDB Forum 2011)の技術報告セッションで発表して来ました。 大勢の前で何かを話すのは大学院以来の経験でかなり緊張しましたが、無事に終わることができました。 WebDBforum2011 View more presentations from Norihiro Shimoda 話したこと ソーシャルグラフ解析のタスクの一つとしてコミュニティ検出について話してきました。 コミュニティ検出はネットワークをグループ分けする手法で、社会学ではかなり昔から取組まれていたよう
MOONGIFTプレミアムについて | MOONGIFT | オープンソース・ソフトウェア紹介を中心としたITエンジニア/Webデザイナー向けブログ
Arborは複数のオブジェクトを関連性を含めてビジュアル化するライブラリ。 ArborはJavaScript/jQuery製のオープンソース・ソフトウェア。データをビジュアル化する方法は幾つか存在する。例えば棒グラフや折れ線グラフも一つのビジュアル化だ。どの方法を選ぶかはデータの種類と見せ方によって異なるだろう。 こんな表示も 幾つかのオブジェクト同士が関連して存在する場合に使えるのがArborだ。例えばソーシャルネットワークのユーザの関連性を表示したり、友人同士のつながりをビジュアル化するといった時に使えそうなライブラリだ。 Arborは幾つかのハブがあり、そのハブから枝が伸びて別なハブにつながっているようなビジュアル化を行う。表示して終わりという訳ではなく、常にゆらゆらと動いている。さらにハブをドラッグして移動させることもできる。その時には関連するハブも干渉して動く。 さらに複雑な描画
SNAP: Stanford Network Analysis Project
We are inviting applications for postdoctoral positions in Foundation Models for Biomedicine. We have no open positions for undergraduate and graduate research assistants at this time, but any applications submitted will be considered for potential openings in the future. SNAP for C++: Stanford Network Analysis Platform Stanford Network Analysis Platform (SNAP) is a general purpose network analysi
Cytoscape retreat 2010 一日目(自分以外) - kozo2のはてなダイアリー
ミシガン大学で行われているCytoscapeの会議Cytoscape retreat 2010に来ています。 その模様をまとめます。 1日目はプラグインのデモが主でした。私も発表させて頂いたのですがまずは私以外の方の発表についてまとめます。 Analyzing biological networks with CentiScaPe 中心性解析をやってくれるプラグインです。このネットワークのトポロジーと生物学的な情報との関連を見出そうとすることはかなりベタによくやられることでそのトポロジー指標となる様々なCentralityを計算、プロットまでやってくれるプラグインです。 Web service client and server for phosphositeplus database Cell signaling technologyという会社が運営しているphosphositeplus
CytoscapeAndR - Cytoscape Wiki
Control Cytoscape from R Console Introduction CytoscapeRPC is a plugin for Cytoscape to use Cytoscape as a RPC server. You can call Cytoscape functions from variety of languages including Perl, Python, Ruby, and R. In this tutorial, you learn how to use Cytoscape from R console. Setup You need to install the following plugins/packages. Cytoscape Plugin Just copy the following jar files to Cytosc
Gephi - The Open Graph Viz Platform
Support us! We are non-profit. Help us to innovate and empower the community by donating only 8€: Applications Exploratory Data Analysis: intuition-oriented analysis by networks manipulations in real time. Link Analysis: revealing the underlying structures of associations between objects. Social Network Analysis: easy creation of social data connectors to map community organizations and small-worl
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