Silva
Welcome to the SILVA rRNA database project A comprehensive on-line resource for quality checked and aligned ribosomal RNA sequence data. SILVA provides comprehensive, quality checked and regularly updated datasets of aligned small (16S/18S, SSU) and large subunit (23S/28S, LSU) ribosomal RNA (rRNA) sequences for all three domains of life (Bacteria, Archaea and Eukarya). SILVA are the official data
Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks
Recent advances in high-throughput cDNA sequencing (RNA-seq) can reveal new genes and splice variants and quantify expression genome-wide in a single assay. The volume and complexity of data from RNA-seq experiments necessitate scalable, fast and mathematically principled analysis software. TopHat and Cufflinks are free, open-source software tools for gene discovery and comprehensive expression an
Rでつなぐ次世代オミックス情報統合解析研究会
2012年2月22日 (水) 13:00-18:00、理化学研究所横浜研究所にて統計ソフトRによる大規模オミックスデータ解析に関する研究会を開催致します (共催： 日本バイオインフォマティクス学会 JSBi)。※情報は随時更新しておりますので、お知らせ (What's new)もチェックしてみてください。 開催概要 研究会名： Rでつなぐ次世代オミックス情報統合解析研究会 日時： 2012年2月22日（水）13:00-18:00 場所： 独立行政法人 理化学研究所 横浜研究所 交流棟ホール （神奈川県横浜市鶴見区末広町１丁目7番22号） 参加費： 無料 プログラム 要旨集 ※参加登録締切→2012年2月20日(月) 参加登録を締切りました。多数の参加登録ありがとうございました。 ※理研横浜研の正門を通る際、守衛さんに「研究会に参加する」旨を伝えてください。 参加に際しての注意事項 1. ノ
Computational methods for transcriptome annotation and quantification using RNA-seq - Nature Methods
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Transcriptomic analysis of pluripotent stem cells: insights into health and disease - Genome Medicine
Review Published: 27 October 2011 Transcriptomic analysis of pluripotent stem cells: insights into health and disease Jia-Chi Yeo1,2 & Huck-Hui Ng1,2,3,4,5 Genome Medicine volume 3, Article number: 68 (2011) Cite this article Embryonic stem cells (ESCs) and induced pluripotent stem cells (iPSCs) hold tremendous clinical potential because of their ability to self-renew, and to differentiate into al
CummeRbund - An R package for persistent storage, analysis, and visualization of RNA-Seq from cufflinks output
Overview High-throughput sequencing of RNA-fragments is a powerful technique that has many applications, including but not limited to transcript assembly, qantitation, and differential expression analysis. The results of these analyses is often very large data sets with a high degree of relations between various data types and can be somewhat overwhelming. CummeRbund was designed to help simplify
HiCEP研究会 ～全ての生物に対応可能な次世代トランスクリプトーム解析に向けて～
2011年11月28にHiCEP研究会を開催させて頂きました。ご多忙の中、多くの方々にご参加頂きましたことに感謝申し上げます。研究発表していただいた先生方に、この場を借りて深く感謝申し上げます。誠にありがとうございました。 次回のHiCEP研究会を計画しております。これからも皆様のお役に立てるセミナーを企画してまいりたいと考えております。今後ともどうぞよろしくお願いいたします。 HiCEP研究会 〜全ての生物に対応可能な次世代トランスクリプトーム解析に向けて〜 第１回 Messenger Scapeセミナー 本会では、HiCEP法を適用していただいた先生方に、研究成果や実績についてご発表をいただきます。皆様にご参加いただきHiCEP法を用いた研究の進め方や知の共有、新たな知の創出を目指す機会となれば幸いです。 弊社は、独立行政法人放射線医学総合研究所で開発された高精度遺伝子発現解析技術・H
トランスクリプトーム解析の今昔 なぜマイクロアレイ？ なぜRNA-Seq？
Sep 8 2011 1 トランスクリプトーム解析の今昔 なぜマイクロアレイ？ なぜRNA-Seq？ 東京大学大学院農学生命科学研究科 アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット 門田 幸二（かどた こうじ） http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/ kadota@iu.a.u-tokyo.ac.jp Contents トランスクリプトーム解析の概要 各手法の長所・短所 マイクロアレイ、RNA-Seq、RT-PCRやSAGE 実データの比較（RNA-Seq vs. マイクロアレイ） RNA-Seqデータの正規化（の基礎） マイクロアレイと異なる点（遺伝子の配列長による結果の偏り） 基本的な考え（RPKM） 2Sep 8 2011 ねらい 各種トランスクリプトーム解析手法の長所、短所を理解し、 その上でなぜ次世代シーケンサ
RNA-seq: technical variability and sampling - BMC Genomics
Research article Open access Published: 06 June 2011 RNA-seq: technical variability and sampling Lauren M McIntyre1, Kenneth K Lopiano2, Alison M Morse1, Victor Amin1, Ann L Oberg3, Linda J Young2 & …Sergey V Nuzhdin4 Show authors BMC Genomics volume 12, Article number: 293 (2011) Cite this article BackgroundRNA-seq is revolutionizing the way we study transcriptomes. mRNA can be surveyed without p
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A rapid, directional RNA-seq library preparation workflow for Illumina® sequencing - Nature Methods
Strand-Specific RNA-Seq Reveals Ordered Patterns of Sense and Antisense Transcription in Bacillus anthracis
Statistics for Next Generation Sequencing – Meeting Report
Experimental design, preprocessing, normalization and differential expression analysis of small RNA sequencing experiments - Silence
Thousands of Novel Transcripts Identified in Mouse Cerebrum, Testis, and ES Cells Based on ribo-minus RNA Sequencing
Intragenic Enhancers Act as Alternative Promoters
Gaussian process modelling for bicoid mRNA regulation in spatio-temporal Bicoid profile
Drug targets: single-cell transcriptomics hastens unbiased discovery
Digital gene expression for non-model organisms
BioTechniques - What Do You Do, lincRNA?
トランスクリプトーム解析の今昔： なぜマイクロアレイ？なぜRNAシーケンス？