Shape of a Ponytail and the Statistical Physics of Hair Fiber Bundles
A general continuum theory for the distribution of hairs in a bundle is developed, treating individual fibers as elastic filaments with random intrinsic curvatures. Applying this formalism to the iconic problem of the ponytail, the combined effects of bending elasticity, gravity, and orientational disorder are recast as a differential equation for the envelope of the bundle, in which the compressi
情報ダイナミクスの定量生物学 / 2012/Feb/18(SAT) @ 東京大学生産技術研究所コンベンションホール
"情報"の概念は生命科学の発展と密接な関係があります。 分子生物学は、遺伝（世代から世代への情報伝達）を担う物質的基盤の解明と伝達されている遺伝情報自体の解読、 そして解読された遺伝情報から様々な生命機能を予測・制御するという応用により発展してきたとも捉えることができます。 しかしながら、遺伝情報は生命システムを規定する情報の全てではありません。 近年のバイオイメージング技術の発展により、遺伝情報よりも短い時間スケールで変動する細胞内状態を定量的に捉えることが可能になってきました。 このような新たなデータは生命システムのどのような”情報”の解明につながるのでしょうか？ その”情報”は細胞内状態のどのような動的・定量的な特性に担われているのでしょうか？ そしてそれらを解明するための方法論はなんなのでしょうか？ 本研究会では、生命システムにおける細胞システムの"情報"や"情報処理"の問題に取り
Information Transduction Capacity of Noisy Biochemical Signaling Networks | Science
Information Transduction Capacity of Noisy Biochemical Signaling Networks Raymond Cheong1, Alex Rhee1, Chiaochun Joanne Wang1, Ilya Nemenman2, Andre Levchenko1,*1Department of Biomedical Engineering, Johns Hopkins University, 3400 North Charles Street, Baltimore, MD 21218, USA.2Departments of Physics and Biology, Emory University, 400 Dowman Drive, Atlanta, GA 30322, USA.↵*To whom correspondence s
Tunable synthetic phenotypic diversification on Waddington’s landscape through autonomous signaling
Tunable synthetic phenotypic diversification on Waddington’s landscape through autonomous signaling Ryoji Sekine, Masayuki Yamamura, Shotaro Ayukawa, Kana Ishimatsu, Satoru Akama, Masahiro Takinoue, Masami Hagiya, and Daisuke Kiga aDepartment of Computational Intelligence and Systems Science, Tokyo Institute of Technology, Kanagawa 226-8503, Japan; bDepartment of Computer Science, University of To
Population dynamics - Puella Magi Wiki
C = 100 D = 0.25 B = 0.125 K = 0.12 F = 0.015 M(1) = 0 W(1) = 0 [math]\displaystyle{ \textstyle{ { C \over {B+D} } = 267} }[/math] [math]\displaystyle{ \textstyle{ C \left ( {B-K \over B+D} \right ) = 1} }[/math] The values used are arbitrary but reasonably selected. Subsequent simulations show that adjustments to the variable values affect curvature but does not affect the general behavior of the
White Blood Cells Solve Traveling-Salesman Problem
Forget GPS. With no fancy maps or even brains, immune system cells can solve a simple version of the traveling-salesman problem, a computational conundrum that has vexed mathematicians for decades. [partner id="sciencenews" align="right"]The new research, which simulates how a type of white blood cell seeks and destroys infectious particles, shows how living things -- be they cells, sharks or bees
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Circular stochastic fluctuations in SIS epidemics with heterogeneous contacts among sub-populations
Adjusting Phenotypes by Noise Control
第四回定量生物の会 年会チュートリアル 定量生物に効く数値計算
https://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/early/2011/11/29/bioinformatics.btr658.abstract
Multi-type branching models to describe cell differentiation programs - PubMed
Stochastic Pulse Regulation in Bacterial Stress Response | Science
発生やiPS化を表す「地形」を細胞内にプログラミング-細胞内・細胞間の遺伝子相互作用で決まる高度な振る舞いをデザインして、生きた細胞で実現-
Stochastic theory of protein synthesis and polysome: Ribosome profile on a single mRNA transcript
Linking stochastic dynamics to population distribution: an analytical framework of gene expression - PubMed
Noise-induced order in the chaos of the Belousov-Zhabotinsky reaction - PubMed
http://eded.biz/HCA/
Science | AAAS
Fundamental limits on the suppression of molecular fluctuations - Nature
An analytical study of the number of steady states in gene regulatory networks - PubMed