熱力学を通して、地球内生命を異なる時間スケールからとらえ直す傑作サイエンス・ノンフィクション──『地球内生命──私たちがまだ知らない地下の異世界』 - 基本読書
地球内生命――私たちがまだ知らない地下の異世界 作者:カレン・G・ロイドみすず書房Amazonはたして地球の一番深い場所にいる生命は何なのだろうか？ その答えはいまだに明らかになっていないが、およそ生物が存在しないような極限環境下（火山とか、地殻の数キロ掘った場所とか）にも多種多様な生物が存在することがわかってきている。 本書は、そうした地球の地下に眠る生命圏で暮らす生き物たちについてのノンフィクションだ。著者は極限環境下での生物の研究者で、海底から火山、果てには永久凍土まで様々な場所に微生物を採取していく、微生物学者にして探検家でもある。本書では著者が採取した様々な地球内生命たちの話と合わせて、そうした冒険の日々についても語られていくので、高野秀行的な冒険ノンフィクションとしてもおもしろい。 また、地球内生命がどのようなエネルギー収支のもとに成立しているのかを解き明かしていく過程で（地下
アライメントフィルタリングの機械学習アプローチ AliFilter - macでインフォマティクス
2026/04/30 更新 多重配列アライメントは、タンパク質の構造と機能の予測から系統樹の推論まで、多くのバイオインフォマティクスおよび計算生物学解析において重要なステップである。しかし、大きく異なる配列アライメントには、しばしばかなりの量のノイズが含まれている。ノイズの低減は通常、アライメントをフィルタリングして、アライメントが不十分な列や有用な情報がほとんどない列を除去することによって行われる。これは、さまざまなソフトウェアツールを使用して自動的に行うか、手動で検査することによって行われる。手動によるアプローチは労力がかかり再現性は低いが、各アライメントに適切でない可能性のあるフィルタリング基準に頼るのではなく、研究者の専門知識を活用できる。AliFilterは、機械学習を使用して手動アライメントのフィルタリングを自動化することで、アライメントキュレーションへのこれら2つのアプローチ
「土」について知るほどに「命」の話になっていく『土と生命の46億年史』
本書は、地球誕生から現在に至るまでを「土」を軸に描いたもの。 地球46億年の歴史を丸ごと扱い、粘土を起点に生命誕生を説明し、現代の環境問題に接続する。土を主役に生命と地球史を再構成している。分子結合から大陸の運動を自由にあやつるスケール感と、1億＝1年に換算して、地球を46歳のお母さんに例える視点が面白い。 著者は土壌学者、いわば土の専門家だ。スコップ片手に世界中を飛び回っては掘り返し、「人工的に土を作れるか？」というテーマを追いかけている。土フェチであり土のプロフェッショナルが、土を通して世界の見え方をひっくり返す。 土を中心に世界を考えるスタンスは、デイビット・モンゴメリー 『土と内臓』 や 『土の文明史』 と似ているが、本書はよりサイエンス寄りにまとめられている。。 土とは何か 一言で表すなら、土とは物質＋生命のハイブリッドだ。 岩石が崩壊してできた粒子と、腐植の混合物になる。岩石が
謎の高性能動画生成AI「HappyHorse-1.0」はAlibaba製であることが判明、すでに偽サイトが多数公開されており公式Xが注意喚起
2026年4月に「HappyHorse-1.0」という名前の高性能動画モデルがランキングサイトに登場し、GoogleやByteDanceのモデルを上回って1位の座を獲得しました。このHappyHorse-1.0がAlibabaの研究チームによって開発されたものであることが明らかになりました。 HappyHorse（@HappyHorseATH）さん / X https://x.com/HappyHorseATH HappyHorse-1.0は2026年4月8日頃にArtificial Analysisの動画生成AIランキングに登場したモデルです。HappyHorse-1.0は音声付きの動画を生成可能で、VeoシリーズやSeedanceシリーズを上回るスコアを記録。記事作成時点では「テキストから無音声動画を生成する」「テキストから音声付き動画を生成する」「画像から無音声動画を生成する」という
3Dプリンターで作れるフィルムカメラの一覧サイト「printed.analog camera.space」
「printed.analog camera.space」は写真家のSebastian Lay氏が公開しているウェブサイトで、3Dプリンターで自作できるフィルムカメラの情報を一覧表示できます。 printed.analog camera.space https://printed.analogcamera.space/ printed.analog camera.spaceにアクセスすると3Dプリンター用のデータが公開されているカメラの情報がズラリと表示されます。 各カメラには「外観写真」「名称」「概要」「関連リンク」「対応レンズフォーマット」「対応フィルムサイズ」「発表年」「価格(無料か有料か)」といった情報が記載されています。 興味を引かれるカメラを見つけたらリンクをクリック。 3Dプリントデータの配布ページにアクセスできました。 Lay氏は現行販売されているフィルムの一覧サイトも公開
トランジスタ1つから順番にステップアップしてGPUを組み立てるゲーム「Mvidia」をプレイしてみた
Mvidiaは楽しく遊びながらどうやってGPUの回路が構成されているのかを学べるゲームとのこと。実際にプレイしてどんなゲームなのかを確かめてみました。 Mvidia https://jaso1024.com/mvidia/ スタート画面にCEOからの手紙が表示されています。「Mvidiaへようこそ！履歴書には『ソフトウェアエンジニア』と書いてありましたが、正直なところ、ハードウェア担当の方が必要なんです。でもご安心ください、すぐに慣れますよ。まずは基本から始めましょう。トランジスタを発注しました」とのこと。「START」をクリックします。 ステージが表示されました。まずは「1.1」の「The Switch」に挑戦してみます。 ステージを開くと再びCEOからの手紙が表示されました。今回のステージではNMOSトランジスタの動きについて学ぶとのこと。「GOT IT」をクリック。 NMOSトランジ
流出したコードからClaude Codeの仕組みをすべて解析し知られざる機能を見やすくまとめた「Claude Code Unpacked」、未公開機能などをソースコードから直接マッピング
2026年3月31日に流出したAnthropicのAIコーディングエージェント「Claude Code」のソースコードを解析・研究を行うためのプロジェクト「Claude Code Unpacked」が公開されています。 Claude Code Unpacked https://ccunpacked.dev/ このサイトでは、大規模言語モデル(LLM)との対話やツール実行を制御する「QueryEngine.ts」や、各種ツールの基盤となる「Tool.ts」といった核心的なソースコードの構成や実装の詳細を確認することができます。 Claude Codeでは、ユーザーからの指示に対してLLMが思考し、必要なツールを選択・実行し、その結果を再び思考に反映させるという一連の反復プロセスが行われています。「The Agent Loop」では、このClaude Codeの自律的な動作を支える実行サイクル
スマホでAIモデルをローカル実行できる無料アプリ「Off Grid」レビュー、LLMも画像生成モデルも実行可能でiOS・Androidどっちも対応
GoogleやMetaやAlibabaなど多くのAI開発企業は一部のAIモデルを無料公開しており、スマートフォンでも動作する小型のモデルも複数公開されています。そんな小型モデルをスマートフォンにダウンロードして実行できるアプリが「Off Grid」で、「テキスト生成」「画像生成」「画像認識」「ツール使用」など非常に多くの機能を備えています。便利そうだったので実際に使ってみました。 Off Grid - Private AI Chat - Google Play のアプリ https://play.google.com/store/apps/details?id=ai.offgridmobile Off Grid - Private AI Chatアプリ - App Store https://apps.apple.com/jp/app/off-grid-private-ai-chat/id
学習用に公開されている小規模言語モデル（SLM）を見てみる - macでインフォマティクス
2026/04/15 GLM5.1で推敲 4/19 推敲 GuppyLMはArman Hossain（arman-bd）氏が作成・公開した、「誰でも5分で、ゼロから自分だけの言語モデルを作れる」ことを証明するための教育的プロジェクトで、2026年4月に公開されました。このモデルは学習用に設計されており、小さなモデルを通してLLMがどのように作られているのかを理解する機会を提供してくれます。少し触ってみます。 著者本人の解説記事 （記事を読むにはGoogleなどでアカウントを作ってloginする必要があります） まず実際使ってみます。 インストール 環境を作ってインストールした（M4 mac使用）。 pip install torch tokenizers もしくはこちら https://arman-bd.github.io/guppylm/ 実行方法 python -m guppylm c
超大規模データに特化した高速多重タンパク質配列アラインメントツール FAMSA2 - macでインフォマティクス
本稿では、これまでにない高速で高精度な多重タンパク質配列アラインメントを生成するアルゴリズム、FAMSA2を紹介する。構造、系統発生、機能の各ベンチマークにおいて、FAMSA2は最先端のツールと同等以上の精度を実現し、最大400倍高速で動作し、既存の最速アライナーを凌駕する。FAMSA2は、64GBのRAMを搭載したワークステーションで1200万配列を40分で処理できるため、これまで不可能だった規模での進化解析や構造解析が可能になる。 インストール Github #from source (macosでのコンパイルはレポジトリ参照) git clone https://github.com/refresh-bio/FAMSA --recursive cd FAMSA && gmake #conda mamba install -c bioconda famsa -y > ./bin/fam
転写因子とDNAの結合予測を行う TFBindFormer - macでインフォマティクス
2026/04/20 結果記載 転写因子（TF）は遺伝子発現の中心的な制御因子であり、ゲノムDNAの選択的認識は様々な生物学的プロセスの根底にある。クロマチン免疫沈降法とそれに続くシーケンス解析（ChIP-seq）を用いたTF-DNA相互作用の実験的プロファイリングは、生体内TF-DNA結合の高解像度マップを提供するが、依然としてコストがかかり、労力を要し、本質的にスループットが低いため、異なる転写因子、細胞種、および制御条件間での拡張性が制限される。したがって、計算モデリングは、ゲノム規模でのTF-DNA相互作用の推論において重要な役割を果たす。しかし、既存の計算モデルのほとんどは、TF-DNA結合を予測するためにDNA配列とクロマチン特徴のみに依存しており、TF特異的なタンパク質情報を無視している。この省略により、タンパク質依存的な結合特異性を捉える能力が制限される。本稿では、ゲノムD
書評『分断と排除の人類史』デイヴィッド・R・サムソン｜finalvent
――人間の部族習性が明らかにする現代社会の混迷と「信頼のパラドックス」 現代の先進国社会は、かつてない規模の深刻な分断と対立に直面していると言えるでしょう。𝕏 などソーシャルメディアのタイムラインを眺めれば、異なる意見や属性を持つ者同士の絶え間ない罵り合いが溢れ返っています。政治的な二極化は多くの民主主義国家で頂点に達しつつあります。その悪しきフロントランナーは米国のトランプ現象でしょうが、それに呼応するかのような世界各地での二極化したポピュリズムの台頭は、熱狂的な党派的対立を生み出し、理性的な政策論争を完全に置き去りにしていきます。こうした分断の現象を私たちはこれまで、現代政治の機能不全であるとか、ソーシャルメディアという新しいテクノロジーのアルゴリズムがもたらした病理であるとして語ってきました。この語り方、すなわちナラティブは、私たちが時代とともに変化したのだという暗黙の前提がありま
長谷敏司『BEATLESS』が予言したAIの問題｜finalvent
――次世代AIモデル「Anthropic Mythos」が顕在化させるパラダイムシフト サイバー・シンギュラリティとSF的想像力の融合2026年4月7日、人工知能開発の最前線を走るAnthropic社が突如として発表した次世代大規模言語モデル（LLM）「Claude Mythos Preview（以下、Mythos）」は、情報技術の歴史においてのみならず、人類と高度知性体との関係性において不可逆的なパラダイムシフトを引き起こしました。このモデルは、当初は社内のコンテンツ管理システム（CMS）の設定ミスと人為的エラーによってその存在が外部に漏洩し、その後正式に存在が認められたものですが、その実態はテクノロジー業界に未曾有の衝撃を与えました。Mythosは、単なるテキスト生成やコーディング支援の枠を完全に逸脱し、ソフトウェアの脆弱性を自律的に発見・悪用する能力において、世界最高峰のセキュリティ
道路生態学という観点から、道路と生物を考え直す、ルポタージュの傑作─『道路をわたる動物たち』 - 基本読書
道路をわたる動物たち: 道路生態学からみる生き物たちの未来 作者:ベン・ゴールドファーブ草思社Amazon人間は世界中に道路を張り巡らせてきたが、どこもかしこももともとは野生動物が闊歩していた場所なわけで、道路を走る車と動物たちはしょっちゅう激しく衝突する。 道路とそこを通過する車が鹿やヘビをはじめとした生態系に与える影響は相当なものがあって──と、道路と動物たちの関わり、また車の危険からどのようにして動物たちを守るのかを研究する学問分野のことを、〝道路生態学〟と呼ぶ。本書『道路をわたる動物たち』は、そうした道路生態研究の実態を明らかにし、道路生態学上重要な地を著者がめぐっていくルポタージュだ。道路生態学などという分野が存在することすら知らずに読み始めたが、想像以上に道路が生態系にもたらす影響が大きいことがすぐに明らかになり、事例の数々も抜群におもしろく、一瞬で読み切ってしまった。 日本で
リストラされた夫がはじめた養鶏のために、食鳥処理場に通い始めた写真家の挑戦と人生を描き出す傑作ノンフィクション──『鶏まみれ』 - 基本読書
鶏まみれ 作者:繁延 あづさ亜紀書房Amazonこの『鶏まみれ』は、長崎に移住し、猟師の知り合いにお願いして狩猟の現場に同行する過程で、狩猟と肉の解体の実体験を綴った『山と獣と肉と皮』などで知られる繁延あづさの最新ノンフィクションだ。著者の持ち味は、狩猟や食肉処理の過程を、写真家ならではの高精細な文章で紡ぎ出していく文章と、彼女の人生の流れの中に「狩猟」や「食肉処理」が自然に入り込んでいく本の構成そのものにある。 今回で言えば著者は食鳥処理場に通いはじめて、スピード重視の鶏肉処理の加工の現場を3年以上身を持って体験し、様々なことを考えこの『鶏まみれ』を書いていくわけだが、それは別にこの本を書くためにやったことではなく、彼女と彼女の家族に必要なことだったからだ。具体的には、リストラにあって失職した夫が一年を費やしても仕事が見つからず、最終的に養鶏をやって卵でも売ろうかなと言い出し、妻である著
原書と翻訳で読む The English Patient ／ イギリス人の患者
砂漠で燃え上がる飛行機から助けられた「イギリス人の患者」 たった一人で「イギリス人の患者」を看病するハナ 拷問で親指を失った泥棒のカラバッジョ インドで生まれイギリスで訓練された工兵キップ 時代は第二次大戦の末期、舞台はイタリア北部の廃教会。この四人を軸に、折りたたまれた過去が少しずつ開かれるように、物語は進んでゆく。 歴代ブッカー賞の中でも最も優れた傑作として名高い『イギリス人の患者』なのだが、これ、かなり難しい。 というのも、視点が頻繁に切り替わり、時間が直線的に進まない。主語が曖昧なまま進み、比喩が多用され、何が起きているのか、非常に分かりにくい。 ある一文がハナの内面の語りに見えても、読み進めると作者の声のようにも響く。同じパラグラフに砂漠の回想と廃教会の描写が重なり、回想というよりもむしろ、イギリス人の記憶の断片が現在に侵入してくるような感覚に陥る。 一つの物語として読むならば、
BRAKER4 - macでインフォマティクス
レポジトリより BRAKER4は、BRAKERパイプラインをSnakemakeで完全に書き直したものである。遺伝子予測のロジックは同じで、GeneMarkは外部エビデンスに基づいて学習し、AUGUSTUSはGeneMarkの予測結果に基づいて学習し、TSEBRAがこれらの結果を統合する。変更されたのは、このロジックのオーケストレーション方法である。 旧BRAKERは、モノリシックなPerlスクリプト（braker.pl、約400KB）で､すべてのツール呼び出し、エラー処理、ファイルパスを単一のスクリプトで管理していた。使いやすさを考慮してコンテナ化していたが、バグ修正後に再起動することができず、保守や拡張が困難だった。また、ノードをまたいで起動できなかったため、エビデンスが多い大規模ゲノムではタイムアウトが発生していた。 BRAKER4では、このスクリプトをSnakemakeワークフローに
ollama、qwen-code、hermes-agentを使う - macでインフォマティクス
2026/04/10 追記 久しぶりのブログ更新です。全然更新できず申し訳ありません。 2026年に入ってから、エージェントタスクに関する話題が一気に加速しています。やや誇張かもしれませんが、コミュニティでは毎日どころか数時間単位で改良されたモデルや手法が登場したりすることが続いているようです。この状況は、シングルセル解析が人気となって解析手法に関するプレプリントが爆発的に増えた2022年前後を思い出します。あの頃は毎日のように新しいpreprintが出てきていて付いていけないなあと思っていましたが、その頃のシングルセルブームと比べても現在のAI分野の新しい情報の更新頻度は桁違いな印象を持ちます。ほぼ全ての大手AI企業が生き残りを賭けて大規模な投資を行っているだけはありますね。 そんな流れに触発されて、今更ですがM4 MacBook Air（メモリ32GB）を購入しました。このマシンを使っ
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