なぜバイオインフォマティクスの解析はタダではないのか - こんな時間ですがパスタを茹でます
この記事は Why Bioinformatics Analysis Is Not Free - MassGenomics http://massgenomics.org/2015/10/ngs-analysis-not-free.html の日本語訳です。ところどころ意訳していますが、主旨は変えていません。 This article is translated from “Why Bioinformatics Analysis Is Not Free - MassGenomics” http://massgenomics.org/2015/10/ngs-analysis-not-free.html . I would like to thank Dan for his great and important blog post! == NGSの発展は遺伝学の分野にとって大きな助けになってい
研究者コミュニティへの影響大 30年ぶりの科研費改革 | Science Portal - 科学技術の最新情報サイト「サイエンスポータル」
文部科学省の科学技術・学術審議会学術分科会は9月29日、科学研究費補助金についての改革の実施方針を了承した。第5期科学技術基本計画期間中、審査システムの見直し、研究種目・枠組みの見直し、柔軟かつ適正な研究費使用の促進という3本柱での下、科研費改革を進めていくというものだ。 今回の改革では、30年ぶりに審査単位・区分の大幅な見直しが行われる。現行の審査体系は1968年に原型が作られたもので、細目ごとに審査を実施し、専門性を重視した審査体系が構築されたため、結果として、細目(学問分野)が細分化していった。現在、特別推進研究や新学術領域研究といった大型の研究種目では大きな分野区分(系)ごとに審査が行われているが、基盤研究、挑戦的萌芽研究、若手研究といった中規模・小規模な研究種目については321?432の細目(学問分野)ごとに審査が行われている。 科研費は日本における基礎研究のベースをなすものであ
Blue Brain Project｜脳回路の構成的理解に求められる、最低限の『リアルさ』とは？ - Mのメモ
Reconstrucion and Simulation of Neocortical Microcircuitry Henry Markram, Eilif Muller, Srikanth Ramaswamy, Michael W. Reimann, …., Javier DeFelipe, Sean L. Hill, Idan Segev, Felix Schürmann et al.,*1 Cell (2015), 163(2), 456–492 何を以て脳を理解したとするか。答えは十人十色でしょうが、一つの回答として、『少数のパラメーターを用いた数式で脳の挙動を近似的に再現できたなら』という構成的なアプローチが挙げられます。これを達成するためには、本質的なパラメーターの洞察だけでなく、その数式に用いられる定数の値を実験的に求めることが必要になってきます。例えば今から60 年以上前
共同発表：植物を丸ごと透明化し、中まで観察する新技術を開発～解剖することなく、植物の内部を細胞レベルで蛍光観察～
植物を丸ごと透明化し、中まで観察する新技術を開発 ～解剖することなく、植物の内部を細胞レベルで蛍光観察～ ポイント 植物の内部構造を、そのまま直接観察することは非常に困難であった。 植物を丸ごと透明化し、解剖せずに１細胞レベルで蛍光観察できる技術を開発した。 細胞レベルの現象と個体全体をつなぐシステムの解明が期待される。 名古屋大学 大学院理学研究科（研究科長：松本 邦弘）の栗原 大輔（くりはら だいすけ） 特任助教と名古屋大学 ＷＰＩトランスフォーマティブ生命分子研究所の東山 哲也（ひがしやま てつや） 教授らは、植物を透明化し、複雑な内部構造を解剖することなく１細胞レベルで蛍光観察注１）できる技術を開発しました。 植物の体は、根や茎、葉、花など様々な器官を持ち、その形態や役割も多種多様です。それらの役割を明らかにするためには、植物の内部構造の詳細な観察が必要です。しかし、植物の内部を直
自分語り | すぎりおのがんばったるねん
ラボの院生のフェローシップ申請書を拝見。アメリカ市民権持ち＋移民の子孫というめちゃ限定されたフェローシップだそう。なんでも億万長者のおっさんが主催してる。ぼくの古巣の研究所もそうやって設立運営されてるけど、アメリカはこういう文化があるんだな。 申請書のストラクチャーを眺めてて考えた。 後半はよくある業績。自分の学部からこれまでの仕事をテーマのビッグピクチャーに沿って整理する。これは自分でも書ける。 そして前半は「自分語り」だ。ここでは自分の研究に対する思い、経歴、「なぜそういう経歴を選んだか」、どんなvisionがあるのか、などなど。そういうのをしっかりとお決まりのストラクチャーに入れて書く。 トータル１５ページはあるので、少なくとも７ページはワードで文字がぎっちりの自分語りだ。 少なくとも院生の間に２日くらいネイティヴがうんうん考えて書くんだから、小説の主人公のようなかなりカッコいい内容
パーキンソン病患者に特有の「におい」、遺族が指摘 研究対象に
仏カロントワールの病院の入院患者（2008年2月22日撮影、本文とは関係ありません）。(c)AFP/FRED TANNEAU 【10月23日 AFP】パーキンソン病で夫を亡くした妻が、この病気に「におい」があることに気付き、疾患に関する新たな研究が今週、始まった。 ジョイ・ミルン（Joy Milne）さん（65）は、亡き夫のレスさんがパーキンソン病を発症する数年前、体臭の変化に気付いたことを研究者らに伝えた。 英スコットランド（Scotland）のパース（Perth）で取材に応じたジョイさんは、「私はにおいにとても敏感だった。レスのにおいに微妙な変化があったことは、とても早い段階で気付いた」と語った。 ジョイさんによると、このにおいを言葉で説明するのは難しいが、濃厚でわずかにムスクのような香りがするのだという。他の患者らにも同様のにおいがあることに気付き、この病気とにおいとの間に関連性があ
ゾウにがんが少ない理由を解明、米研究
独ハンブルクのハーゲンベック動物園で飼育されているゾウ（2015年9月14日撮影、資料写真）。(c)AFP/DPA/CHRISTIAN CHARISIUS 【10月9日 AFP】ゾウは、その大きい体にもかかわらず、がんになることはほとんどない──。この「謎」をめぐる研究結果が8日、発表され、ゾウが持つ、がんに対する防御機能の秘密が明らかにされた。ヒントは遺伝子の中に隠されていたという。 米国医師会雑誌（Journal of the American Medical Association、JAMA）に掲載された研究論文によると、ゾウには、腫瘍の形成を抑制するタンパク質「p53」をコードする遺伝子の一部が変化したコピーが38あるが、人間は、この種のコピーを2つしか持っていないという。 これは、ゾウの体が進化の過程で、腫瘍の形成を阻止する遺伝子の追加のコピーを多数作成してきたことを意味する。
人工知能は Deep Learning によって成されるのか？ - Sideswipe
最近は人工知能分野の話題に事欠かないので、IT系に詳しくない人でも、Deep Learning がどうとか、人工知能がどうとかという話題を耳にすることが多いと思います。 猫も杓子も Deep Learning な世の中ですが、そもそも人工知能とか Deep Learning ってなんなんだっけ？ という疑問に答えられる人は多くないはずです。 今回は、広く浅く、人工知能と Deep Learning について書きます (この記事をご覧になればわかるように、人工知能 = Deep Learning では決して無いのですが、両者はよく並んで紹介されるので、ここでも同列に書いています)。 最初に結論 Deep Learning は(真の)人工知能ではない。なんでもかんでも人工知能って呼ばない。 「Deep Learning」、「人工知能」ともにバズワード*1になりつつあるので気をつけよう。 コンピ
欧州の「全脳シミュレーション計画」が広げた大風呂敷と、その誤算～スパコンによる再現はやはり不可能なのか（小林 雅一） @gendai_biz
欧州の「全脳シミュレーション計画」が広げた大風呂敷と、その誤算 ～スパコンによる再現はやはり不可能なのか 人間の脳の全容を解明し、それをスパコン上で再現（シミュレート）しようとする欧州の「ヒューマン・ブレイン・プロジェクト」が暗礁に乗り上げている。 ●"Why the Human Brain Project Went Wrong--and How to Fix It" SCIENTIFIC AMERICAN, Sep 15, 2015 この巨大プロジェクトの目的は「認知症」など神経疾患の治療法をはじめ、強力なAI（人工知能）や、脳型プロセッサーを搭載した次世代ロボットなど超先端技術を開発することだ。 しかし総額12億ユーロ（約1,800億円）もの巨額予算を受けながら、ヒューマン・ブレイン・プロジェクトは「その開始から2年が経っても、ほとんど何の成果もあげていない」として厳しい批判に晒されて
見つめ合った2人は、体の無意識の動きが同期する―生理学研究所・岡崎俊太郎氏ら | 財経新聞
静止立位時の体動は、主に視覚・平衡感覚・筋や足底の自己受容感覚といった三つの感覚で制御されている。今回の研究では、視覚による体動制御が二者間でループすることによって遅れのない同期が実現されることがわかった。（生理学研究所の発表資料より）[写真拡大] 自然科学研究機構・生理学研究所（NIPS）の定藤教授と岡崎研究員らの研究グループは、コミュニケーションを取っている二人の間で、意識しなくても体動などが同期するメカニズムの一端を明らかにした。 通常、人が相手の体の動きを見て自分の体動の制御をする際は、二人のうちの一方のみが意識的に体動の調節を行っても、同期に時間的な遅れが生じるが、これまで会話中の二者間の体動が同期するなど、コミュニケーションをとっている二者間においては、体動などの動きが同期するといった現象がいくつか報告されていた。 今回の研究では、静止立位時に生じる小さな体動に注目し、会話など
ブラックラボの例 | すぎりおのがんばったるねん
古巣の研究所のラボの後輩とスカイプ。すごい話を聞いた。 近所のラボの院生がNをはじめ複数論文を出した（すたーをーずでは院生がCNSを出すのは本当にカンタン！ポス毒よりはるかにラク）。いざ卒業という時に、PIからストップがかかった。PIいはく「おれはお前に論文をプレゼントした。お前の力でも何でもない」ここまでは納得だけど、それからがすごい。「あと3本論文を出すまでは卒業させない。なぜならお前しか使える人材がいないから」。ちょっと意味不明。院生に実力ないと言っておきながら、他にまともなのがいないとか。件の院生はサイエンスを辞める。こうなるとボスの推薦状がクソになるので、ポスドク先探しすら厳しい。アメリカは推薦状天国（地獄？）なので。しかも悪い意味で根回しすることで知られてるPIだし。彼も数年前は「おれはボスを尊敬する」とか言ってたのに。 ブラックラボとして有名なとこなので、こういうエピソードに
マウスの「父性の目覚め」に重要な脳部位を発見 | 理化学研究所
要旨 理化学研究所（理研）脳科学総合センター親和性社会行動研究チームの黒田公美チームリーダー、恒岡洋右研究員（研究当時）、時田賢一研究員らの研究チーム※は、オスマウスの子育て（養育行動[1]）意欲が「cMPOA」と「BSTrh」の2つの脳部位の活性化状態から推定できることを発見しました。 ほ乳類の子は未発達な状態で生まれ栄養源を母乳に頼るため、親による養育が不可欠です。メスマウスは若い時から子の世話をすることが多く、さらに母親になる時には出産時の生理的変化[2]により養育行動が強化されます。一方、交尾未経験のオスマウスは養育せず、子に対して攻撃的ですが、メスとの交尾・同居を経て父親となると、よく養育するようになります（父性の目覚め）。黒田チームリーダーらは2013年に、フェロモンを検出する鋤鼻器（じょびき）[3]の阻害がオスマウスの子への攻撃を抑え、養育を促すことを見いだしています注1）。
定年退職後の７３歳男性 博士号取得 NHKニュース
鉄鋼メーカーを定年退職した後、大阪大学に通い、環境を守りながら鉱山から貴金属を取り出す技術について研究してきた７３歳の男性が博士号を取得しました。 最高齢は、大学院の人間科学研究科博士後期課程を修了した姉崎正治さん、７３歳で博士号が贈られました。 大阪大学の西尾章治郎学長は式辞の中で姉崎さんについて触れ、「あくなき好奇心と探究心に敬意を表します」と述べました。 姉崎さんは中学校を卒業後、集団就職で大手鉄鋼メーカーに勤務し、働きながら研究を進め３０年前にも東京大学で博士号を取得し、今回が２つめの博士号になるということです。６０歳で定年退職したあと、当時の大阪外国語大学でスペイン語などを学び、その後、大阪大学に５年間通って、環境を守りながら鉱山から金や銀を取り出す技術について論文をまとめたということです。 姉崎さんは、「若者とともに研究し、大いに刺激を受けた。社会で活躍したいと考えているシニア
電気で生きる微生物を初めて特定 | 理化学研究所
要旨 理化学研究所環境資源科学研究センター生体機能触媒研究チームの中村龍平チームリーダー、石居拓己研修生（研究当時）、東京大学大学院工学系研究科の橋本和仁教授らの共同研究チームは、電気エネルギーを直接利用して生きる微生物を初めて特定し、その代謝反応の検出に成功しました。 一部の生物は、生命の維持に必要な栄養分を自ら合成します。栄養分を作るにはエネルギーが必要です。例えば植物は、太陽光をエネルギーとして二酸化炭素からデンプンを合成します。一方、太陽光が届かない環境においては、化学合成生物と呼ばれる水素や硫黄などの化学物質のエネルギーを利用する生物が存在します。二酸化炭素から栄養分を作り出す生物は、これまで光合成か化学合成のどちらか用いていると考えられてきました。 共同研究チームは、2010年に太陽光が届かない深海熱水環境に電気を非常によく通す岩石が豊富に存在することを見出しました。そして、電
捏造の構造分析： ３捏造を促す背景・再現性(西川伸一) - 個人 - Yahoo!ニュース
小保方捏造問題でマスメディアの質問に答えたほとんどの科学者が問題にしたのは論文の「再現性」だった。後々詳しく議論するつもりだが、「再現性」、すなわち第３者とのデータの共有こそが、ガリレオ以来科学の正当性を保証する唯一の基盤になってきた。科学者が小保方捏造問題を語る時、「再現性（＝科学の正当性）」の欠如を捏造問題を読み解く鍵として持ち出すのは何の不思議もない。しかし、私はあえて問いたい。このとき一般の人に向けて科学論文の「再現性」は自明のことだと語っていた研究者のいったい何人が科学論文の再現性を信じていたのだろうか？ 多くの研究者が論文の再現性一般を疑っている。例えば私の付き合ってきた国内外の研究者の中には、論文の再現性を最初から信じない人もいる。面白い論文が話題になると、「あの研究室のデータは信用できない」などと簡単に口にする。ただ間違ってはいけない。この言葉はその研究室で捏造が横行してい
「トムソン・ロイター引用栄誉賞」（ノーベル賞予測）2015年の受賞者を発表。日本からは2名を選出 － トムソン・ロイター
世界的な情報サービス企業であるトムソン・ロイター（本社米国ニューヨーク、日本オフィス：東京都港区）は、「トムソン・ロイター引用栄誉賞」を発表いたしました。本賞は学術論文の引用データの分析により、ノーベル賞クラスと目される研究者を選出し、その卓越した研究業績を讃える目的で発表されています。2002年より毎年9月の発表が恒例化され、14回目となる本年は日本人研究者2名を含む合計18名が受賞しました。 日本からは、医学・生理学分野において2名の選出が発表されました。京都大学大学院理学研究科教授の森和俊氏は、小胞体内の変性タンパク質の検出と修復によるメカニズムの独自発見により、また大阪大学免疫学フロンティア研究センター（WPI-IFReC） 教授／副拠点長、大阪大学特別教授の坂口志文氏は、制御性T細胞と転写因子Foxp3の特性と機能に関する独創的な発見において、それぞれの功績が讃えられ今回の受賞と
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文化勲章の中西重忠さん、脳の働きの仕組み解明 - 日本経済新聞
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NASA、火星における水の存在を示す新たな証拠を発見したと発表 | スラド サイエンス