西暦1999年、地球に異星人の巨大宇宙船が落下した。人類は異星人との戦争に備えて地球統合政府を発足させるとともに、のちに「マクロス」と命名される落下した宇宙船の改修を進め、そこから得たオーバーテクノロジーにより「可変戦闘機(VF)」をはじめとする新兵器を開発した。2009年から2010年にかけて、戦うことしか知らない異星人「ゼントラーディ」との戦争(第一次星間大戦)が起こり、マクロスに乗艦した人々は歌をはじめとする文化の力によって一部のゼントラーディ人と和平を結び、戦争に勝利する。人口の大半を失った地球人類はゼントラーディ人とともに新統合政府を樹立し、マクロスを中心に首都「マクロス・シティ」を築く。そして「フォールド」と呼ばれる超光速航法を用いて、種の存続のために宇宙移民を開始する。 ※以下の記述は最初に発表されたOVA版の内容にもとづく。『マクロスプラス MOVIE EDITION』との