wiredによれば人気のあるトップ100のウェブサイトの半分以上がflashクッキーを使ってユーザーをトラッキングしており、ユーザーがブラウザのプライバシー管理設定でクッキーを無効化していても、実際はトラッキングされ続けていることに気付かないことが多いという。通常のブラウザ・クッキーに比べてflashクッキーは比較的知られていなく、ウェブサイトにしても表立ってflashクッキーでトラッキングしていることを公表していることは少ない。またいくつかのウェブサイトではリスポーニングre-spawningとよばれる手法で通常のクッキーのユニークIDをユーザーが消して去っても、秘密裏に新たなクッキーに元のユニークIDを再び割り当てる手法を取っており、flashクッキーはバックアップに使われているという。こうしたスーパークッキーに対応するにはfirefoxのエクステンションであるBetterPrivac