内臓を取ったゴッコを一度湯通しして、表面のぬめりと薄皮を取り除いてからぶつ切りにする。メスは、卵と肝を具材にする。昆布のだし汁に醤油を加え、豆腐、長ネギ、えのき、大根、生海苔などを入れて煮る。ゴッコの身から水分が出るため、野菜は少なめに、味付けは濃い目にするとよい。ゼラチン層が厚いため、人によっては好みが分かれる。なお、吸盤は食べられないと記したレシピも多いが、実際には吸盤も他の部位と同じように食べられる。骨は非常に柔らかく食べることが可能で、ゴッコ汁調理の際、捨てる部分は僅かな内臓だけである。卵を持っているメスの方が高価で、オスの倍程度の値段で取引されることが普通である。家庭によっては、味噌味に仕立てたり、ジャガイモやワカメを加えることもある。