不足すると 巨赤芽球性貧血(悪性貧血) になるが、かなりの偏食をしないと、ビタミンB12不足にはならない。 (貧血の90%は鉄欠乏性です) 植物性食品には、海藻類の海苔を除き、ほとんど含まれず、菜食主義者は欠乏することがある。また精進料理も、ビタミンB12のみが不足している、と言われている。 胃から分泌されるたんぱく質がないとビタミンB12は吸収されず、胃を切除した人では欠乏症が起きる。 高齢者では加齢による体内ビタミンB12貯蔵量の減少に加え、胃酸分泌量の低下による「食品中のビタミンB12」吸収率の減少もあり、ビタミンB12のこの栄養状態の悪化と神経障害との関連が報告されている。