統合遺伝子検索GGRNA:遺伝子をGoogleのように検索できるウェブサーバ : ライフサイエンス 新着論文レビュー

GGRNA: an ultrafast, transcript-oriented search engine for genes and transcripts. Yuki Naito, Hidemasa Bono Nucleic Acids Research, 40, W592-W596 (2012) 要 約 GGRNA（http://GGRNA.dbcls.jp/）は，遺伝子や転写産物をGoogleのようにすばやく検索できるウェブサーバである．検索キーワードとして，遺伝子名やアクセッション番号など各種のIDをはじめ，遺伝子の機能やタンパク質のドメイン名，さらには，塩基配列やアミノ酸配列など，あらゆる語句を単一の検索窓に入力するだけでRefSeqに登録された転写産物をすばやく探し出すことができる．とくに，塩基配列の検索においてはあいまいな塩基を含むパターンやミスマッチを含む配列にも対応し

[sayamatcher]

"GGRNAデータベースを高速に検索するため,遺伝子名やIDなど一部のキーワードはMySQLにより検索,それ以外のキーワードはSedue(Preferred Infrastructure社)により全文検索を行っている.Sedueは圧縮接尾辞配列8) のインデックスをメモリ