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理研、スパコン向けシミュレーションソフトを OSS で公開 [インターネットコム]
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理研、スパコン向けシミュレーションソフトを OSS で公開 [インターネットコム]
理化学研究所(理研)計算科学研究機構粒子系生物物理研究チームなどが開発したシミュレーションソフト... 理化学研究所(理研)計算科学研究機構粒子系生物物理研究チームなどが開発したシミュレーションソフトウェア「GENESIS」が、OSS(オープンソースソフトウェア)として無償で公開された。 今回開発された GENESIS は超並列分子動力学計算ソフトウェアで、生体分子の運動を1分子レベルから細胞レベルまで、幅広い空間スケールで解析できる。スーパーコンピュータ「京」(けい)のアーキテクチャを考慮した独自の計算アルゴリズムを導入、並列計算を高効率化し、細胞環境を想定した1億個の原子で構成される系に対しても、高速な分子動力学シミュレーションができる。 また、従来のように、タンパク質1分子や細胞膜、糖鎖、核酸などの生体分子のシミュレーションも可能だ。 これまで、世界中でさまざまな分子動力学シミュレーションソフトウェアが開発されてきたが、多数の演算装置(CPU)を使い、従来の計算アルゴリズムを大規模な分