IPython NotebookからCytoscapeを利用してネットワークデータを可視化する Part 1 - Qiita

はじめに 先日投稿した記事は、データ可視化系のソフトウェアを使うワークショップをいかに効率的に進めるかということに主眼をおいて書きましたが、その中で少しだけ紹介した実際のワークショップの内容、すなわちインタラクティブにネットワークを可視化する手順の部分を、せっかくなので日本語でも少し紹介したいと思います。 問題の背景 ネットワーク解析にかかわらず、データ解析と可視化に使えるツールがどんどん増えている一方、それらを組み合わせて実際に使うノウハウはまだまだ情報量が少ないと思います。最近では、データ解析や可視化の分野ではPythonとRがスタンダードの地位を占めていますが、ここではPythonを使った例をいくつかあげてみます。私達が開発しているCytoscapeと言うネットワーク可視化ソフトウェアを使って、NetworkXなどの豊富な解析機能と、Cytoscapeの柔軟な可視化機能の「いいとこ取