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MEGADOCK タンパク質ドッキングによるタンパク質間相互作用予測ソフトウェア FFTによるグリッドベースの... MEGADOCK タンパク質ドッキングによるタンパク質間相互作用予測ソフトウェア FFTによるグリッドベースの高速なドッキング計算 OpenMP/MPI/GPUによる高速化 SIGBIO49 Docker + MEGADOCK + MPI/GPU + クラウド環境 + 性能評価 SIGBIO49@JAIST(2017/03/23) SpeakerDeck: https://speakerdeck.com/metavariable/evaluation-of-container-virtualized-megadock-system-in-distributed-computing-environment 物理1ノード上の性能比較 CPU(MPI)版の実行はDocker版が若干遅く GPU版は、ほぼ差はない クラウド環境上でMPI並列実行 16 threads / 4 MPI process
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