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系統解析ツール「IQ-TREE」を利用した祖先配列推定 (Ancestral Sequence Reconstruction) - Qiita
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系統解析ツール「IQ-TREE」を利用した祖先配列推定 (Ancestral Sequence Reconstruction) - Qiita
系統解析ツール「IQ-TREE」を利用した祖先配列推定 (Ancestral Sequence Reconstruction)Pythonbioinfor... 系統解析ツール「IQ-TREE」を利用した祖先配列推定 (Ancestral Sequence Reconstruction)PythonbioinformaticsBiopython 概要 祖先配列推定(ASR:Ancestral Sequence Reconstruction)は、共通祖先に由来する各生物のホモログ遺伝子により祖先遺伝子配列を推定する分子進化学における手法を示す。祖先配列推定により、遺伝子(タンパク質)の進化のメカニズムやダイナミクスが解明されてきた。 本稿では、系等解析ツールの一つである「IQ-TREE」を利用した祖先配列推定の実行手順及び自動化Pythonスクリプトを記載する。 ※ IQ-TREEのv2.x系にて動作を確認したものであり、v1.x系では動作しません 実行手順・結果 IQ-TREEを利用した祖先配列推定における、「入力データ」・「実行コマンド」・「出力