バクテリア細胞質の全原子分子動力学計算 | 理化学研究所

要旨 理化学研究所（理研）杉田理論分子科学研究室の杉田有治主任研究員、理論科学連携研究推進グループの優乙石研究員と米国ミシガン州立大学のマイケル・ファイグ教授らの国際共同研究グループ※は、バクテリア[1]の細胞質[2]の全原子モデルを作成し、スーパーコンピュータ「京」[3]を用いた大規模分子動力学計算[4]によって、細胞質中での生体分子の複雑な挙動を原子レベルで解明しました。 細胞内の細胞質は、体積の約70％が水で占められています。残りの30％はリボソーム[5]などの超分子、タンパク質やRNA（核酸）などの生体高分子、アデノシン三リン酸（ATP）やアミノ酸などの代謝物、イオンで占められています。このような分子で混み合った環境（細胞内分子混雑環境）での生体分子の構造、動態、機能発現のメカニズムは、実験的にも理論的にも解明が難しく、原子・分子レベルの解像度では十分に理解されていませんでした。

[TequilaBancho]

キテルなぁ。

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見出しだけでなんか凄い感。計算機科学的には物凄い力技感。「バクテリア細胞質の全原子分子動力学計算」

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『「GENESIS」を用いて、スーパーコンピュータ「京」の多くの計算資源（65,536個のプロセッサコアに相当する8,192台の計算機ノード）を合計数カ月間稼働させることで可能としました』