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2012年8月21日のブックマーク (4件)

  • Octopress on Amazon EC2 - The Cat Way

    Amazon EC2 で Octopress Github Pages だと、deploy した後にページが更新されるまでタイムラグがある。これは、講義資料のように何度も書き直すようなサイトの運営には非常につらい。heroku やら、S3 での公開も考えたか、結局使いなれた、EC2 micro instance で公開するのが一番楽だった。 手順としては、Ubuntu の micro instance を起動して、Elastic IP で固定IPを振り、その IP を DNS に設定する。key pair の秘密鍵を hoge.pem すると、 1 2 chmod 400 ~/hoge.pem ssh -i ~/hoge.pem ubuntu@X.X.X.X ログインしたら 1 2 3 4 5 6 sudo apt-get update sudo apt-get upgrade sudo

    ichan
    ichan 2012/08/21
    github pages やめて、Amazon EC2 にしたら快適すぎた
  • ChIP-seq analysis with R/Bioconductor - The Cat Way

    ichan
    ichan 2012/08/21
    RとBioconductorでNGS解析: 3限 ChIP-seq データ解析のドラフトができた。
  • Amazon S3 Glacier ストレージクラス | AWS

    Amazon S3 Glacier ストレージクラスは、データアーカイブ専用に設計されており、クラウドで最高のパフォーマンス、最高の検索の柔軟性、最低のコストのアーカイブストレージを提供します。すべての S3 Glacier ストレージクラスは、事実上無制限のスケーラビリティを提供し、データの耐久性が 99.999999999% (11 ナイン) を実現できるように設計されています。S3 Glacier ストレージクラスは、アーカイブデータへの最速のアクセスとクラウド内の最低コストのアーカイブストレージのためのオプションをもたらします。 さまざまなアクセスパターンやストレージ期間に最適化された 3 種類のアーカイブストレージクラスから選択できます。医療画像、ニュースメディアアセット、ゲノミクスデータなど、すぐにアクセスする必要のあるアーカイブデータであれば、ミリ秒レベルの取得時間で最低コス

    Amazon S3 Glacier ストレージクラス | AWS
    ichan
    ichan 2012/08/21
    NGSデータのバックアップによさげなので、illumina HiSeq の 1 run あたりいくらかかるか、誰か計算してください。
  • 製品フィードバック2012〈10〉

    方 法 はじめに(お客様コメント) Application Note 2012〈10〉 稿の全てのデータにつきましては、理化学研究所発生・再生科学総合研究センター機能ゲノミクスユニット笹川洋平様のご厚意により 掲載させていただきました。ここに深く感謝申し上げます。 私は、日ジェネティクスさんが売り出されている一連のKAPA製品と自作のIndex付きアダプターDNAを使うことで、高感度でロバスト な微量サンプル(0.1-10ng)対応のmultiplex-library preparation methodを完成させました。アプリケーションノートの検証では、同 スタートマテリアルからライブラリDNAを作製しており、収量・分布・内容にどれだけブレが生じたか調べています。検証結果を見ていた だければ、ライブラリ作製方法が非常に高感度でロバストであることが納得していただけると思います。検証で

    ichan
    ichan 2012/08/21
    ChIP-seq シーケンスライブラリのマルチプレックス化にお困りの方はぜひどうぞ。