RazerS - Fast Read Mapping with Sensitivity Control David Weese, Anne-Katrin Emde, Tobias Rausch, Andreas Döring, and Knut Reinert Genome Research, Sep 2009, 19: pp. 1646-1654 Abstract Second-generation sequencing technologies deliver DNA sequence data at unprecedented high throughput. Common to most biological applications is a mapping of the reads to an almost identical or highly similar refer
C++で行列計算をする場合に便利なライブラリEigenを紹介したいと思います。 ベクトル・行列演算は知っているからEigenの使い方だけを教えてくれというかたは最初の章は読み飛ばしてください。 — 多くの統計処理がベクトル・行列演算を用いるとコンパクトに表すことが知られています。ちょっと複雑そうにみえる問題も整理してみるとベクトル・行列演算で書ける場合が多いです。(ベクトル・行列という言葉に抵抗がある方はそれぞれを単に配列、配列の配列とでも思ってもらえればいいでしょう)。ベクトルの内積は\(u^T v = u_1 v_1 + u_2 v_2 + \ldots +\)として求められ、ベクトルのノルムは自分自身のベクトルとの内積の平方根、\(|u| = \sqrt{ u^T u} \)として求められます(以降ベクトルは全て列ベクトルを指すとします)。 例えば、あるユーザーの商品の購買履歴は、\
Browse free open source Bio-Informatics software and projects below. Use the toggles on the left to filter open source Bio-Informatics software by OS, license, language, programming language, and project status. PDFCreator converts every printable document to PDF and many other formats. Convert your documents to PDF, JPG, PNG, TIF and more. Merge multiple documents to one file. Use automatic savin
MapSplice: Accurate mapping of RNA-seq reads for splice junction discovery Kai Wang; Darshan Singh; Zheng Zeng; Stephen J. Coleman; Yan Huang; Gleb L. Savich; Xiaping He; Piotr Mieczkowski; Sara A. Grimm; Charles M. Perou; James N. MacLeod; Derek Y. Chiang; Jan F. Prins; Jinze Liu Nucleic Acids Research 2010; doi: 10.1093/nar/gkq622 Recent News 2011.9.15 MapSplice is reviewed in Gregory Grant, et
This page last changed on January 28, 2016 by peterk. The page provides download links to an R package for processing ChIP-seq data. The rational behind most of the methods is described in the following paper: Kharchenko PK, Tolstorukov MY, Park PJ "Design and analysis of ChIP-seq experiments for DNA-binding proteins" Nat. Biotech. doi:10.1038/nbt.1508 version 1.13Download. SPP is now on Github! v
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