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Julia tips #3: ODE solverの速度比較 with Python - 元バイオ系
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Julia tips #3: ODE solverの速度比較 with Python - 元バイオ系
JuliaではSundials.jlをインストールするだけで、SundialsのODEソルバ、CVODEが使えます!!(マニアッ... JuliaではSundials.jlをインストールするだけで、SundialsのODEソルバ、CVODEが使えます!!(マニアックすぎ?) 未知システムのパラメータ推定をする際、数値積分の区間をうまいこと刻まないと値が飛びすぎて計算できなかったり、刻む必要のないところで刻んでしまって計算不能に陥ることがあります。 そこでCVODEなどのAdaptive stepなODEソルバが必要なわけです。 何個か種類がありますが、有名どころでは LSODA CVODE が2強といったところで、Pythonでよく使われるodeintもadaptive stepです(内部的にはLSODEとかいうやつらしいけど...良く知りません)。 じゃあ、JuliaでCVODEを呼び出して使うのと、Pythonでodeint使うのはどっちがどんくらい速いのよ?と思ったので比べてみました。 なお、Juliaのソルバについ