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VCF, GTF, GFF などを BED に変換 する BEDOPS - macでインフォマティクス
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VCF, GTF, GFF などを BED に変換 する BEDOPS - macでインフォマティクス
2019 6/17 追記 2020 2/21 タイトル修正 2020 3/30 help追記 BEDヘの変換はawkやperlやpythonのスクリプ... 2019 6/17 追記 2020 2/21 タイトル修正 2020 3/30 help追記 BEDヘの変換はawkやperlやpythonのスクリプトで簡単にできるが、BEDOPSのvcf2nedを使うと、indelの種類などによってフィルタリングしながら分類することができ便利である。 インストール #homebrew brew install BEDOPS #bioconda(link) conda install -c bioconda -y bedops > bedops $ bedops bedops citation: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/28/14/1919.abstract https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts277 version: 2.4.37