Seq | BioPython で塩基配列またはアミノ酸配列を扱うクラス

2021.04.06 BioPython で塩基配列またはアミノ酸配列を扱うとき、Seq 型で扱うことが推奨されている。Seq 型でシーケンスを取り扱うことで、例えば AAGAAGA という配列をあったとき、これが DNA なのか、RNA なのか、それともアミノ酸なのかを区別できるようになる。また、Seq 型のオブジェクトには、逆相補鎖を求めたり、転写や翻訳したりするメソッドが用意されている。 Seq 型のオブジェクトの生成 Seq 型のオブジェクトを作成するとき、Seq メソッドを利用し、1 番目の変数に配列、2 番目の変数に配列の分子タイプを指定する。分子タイプとして指定できるのは、protein、ambiguous_dna や ambiguous_rna などがある。その他に指定できるタイプは Bio.Alphabet.IUPAC のクラスドキュメントに書かれている。 from Bi