画像処理で大腸菌のコロニー数を数えたかった話 - kivantium活動日記

生物の実験でシャーレに生えた大腸菌のコロニーの数を数えるという作業をしたのですが、こんなものは人間の仕事ではないので自動化したいと思いました。 OpenCVのインストール OpenCV 3.0で入った関数を使いたいので記事を書いた時点で最新版のOpenCV 3.1をビルドしてインストールします。 環境はUbuntu 15.10で、基本的にInstallation in Linux — OpenCV 2.4.13.0 documentationに従います。 sudo apt-get install build-essential sudo apt-get install python-dev python-numpy libtbb2 libtbb-dev libjpeg-dev libpng-dev libtiff-dev libjasper-dev libdc1394-22-dev wge

[kmiura]

コロニーの数に比例して精度が低下するという系統誤差があるので、補正を考案するか、より本質的には二値化ではなくGaussian Mixtureを使って数えるべきである。

[richard_raw]

助かります。connectedComponentsをfindContoursに差し替えて使っています。

[catcherweb]

ちょうど今やってるOpenCVなので今度これやってみようかなー

[sentoh]

ImageJのParticleAnalysisじゃダメなのかな

[kojiro-s]

画像 二値化 カウント

[takehirohattori]

通常はコロニーの色が変わる培地を使うだろうし、さらにコロニー多数の場合はまともに数えず"コロニーが多数ある"意のデータになるから、この手法だけでもいけるかも

[nilab]

画像処理で大腸菌のコロニー数を数えたかった話 - kivantium活動日記

[ken0512]

ImageJで自動化できるんじゃない？多分。