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次世代シーケンサのオープンなデータ - #LSQA
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SRAのデータアクセスをRでおこなうBioconductorパッケージ SRAdbというものがあります。 これは、SRAの... SRAのデータアクセスをRでおこなうBioconductorパッケージ SRAdbというものがあります。 これは、SRAのメタデータを格納したSQLiteのファイルをNCIの方が公開していて、それを操作する形になっています。詳しくはマニュアルのPDF書類をご覧ください。 簡単な操作とコードを例示します: メタデータのダウンロードと準備、テーブル操作 library(SRAdb) sqlfile <- getSRAdbFile() #メタデータをダウンロード sra_con <- dbConnect(SQLite(), sqlfile) sra_tables <- dbListTables(sra_con) # テーブル名のリストを取得 dbListFields(sra_con, "study") # "study" テーブルのフィールド名の取得 sqliteQuickSQL(sra_con