EM菌培養液に含まれる微生物の追加解析と考察 - warbler’s diary

【EM1活性液の微生物解析】 Part1 細菌のメタ16SrRNA解析－増幅領域を変えた追加解析 （V1-V2領域アンプリコンシーケンス） ・試料：EM1活性液（培養液A）、糖蜜培地（培養液B）から抽出したDNA V3V4領域（細菌）とITS2領域（真菌）の解析に使用したDNA試料を解析業者に送付した。 ・プライマー配列 V1-V2_F：AGRGTTTGATYMTGGCTCAG V1-V2_R：TGCTGCCTCCCGTAGGAGT ※「R」はA,Gの混合 「Y」はT,Cの混合 「M」はA,Cの混合 ・PCR条件 DNAポリメラーゼ：KAPA HiFi HotStart ReadyMix ・NGS解析 PhiX：30%添加 （ライブラリーの配列の偏りを緩和するためにPhiXを添加） シーケンサー：MiSeq（イルミナ社） ・解析パイプライン QIIME2：詳細なパラメータ設定は省略 【解析

[OSATO]

　これまでの解析ではEM1から光合成細菌は検出されなかったが、次の段階として、実際の光合成細菌がこの解析で検出されるか否かの確認作業となる訳ですね。要注目。