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相同性検索プログラムFASTAとBLASTに関する調査報告
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相同性検索プログラムFASTAとBLASTに関する調査報告
相同性検索プログラムFASTAとBLASTに関する調査報告 永松 秀人, 廣安 知之, 三木 光範 ISDL Report No... 相同性検索プログラムFASTAとBLASTに関する調査報告 永松 秀人, 廣安 知之, 三木 光範 ISDL Report No. 20030608006 2003年 9月 8日 Abstract 本レポートでは, 相同性検索のためのプログラムであるFASTAとBLASTに関するアルゴリズム, ならびに類似性の判断となる指標について述べる. FASTA, BLASTともに高速性実現のため, ハッシュテーブルを用いた検索, 領域を限定したSmith-Watermanアルゴリズムの適用が行われている. また, 類似性の指標には, 同一残基率(アラインメントされた領域に対する一致した領域の割合), スコア(BLOSUMやPAMなどのスコア行列によって計算されるスコア値), E-value(スコアの統計的有意性)が用いられる. 特に, スコアとE-valueが重要であり, スコアが高く, E-v