つらつらと Galaxy 関連の URL を貼るだけのエントリー - 気の向くままに
Galaxy の説明もしない俺得エントリー (?) Galaxy とは Galaxy: a comprehensive approach for supporting accessible, reproducible, and transparent computational research in the life sciences | Genome Biology | Full Text の論文を参照☆ http://blog.openhelix.eu/?p=5164 上記論文を引用している OpenHelix Blog のエントリー。 Galaxy web service http://main.g2.bx.psu.edu/ http://galaxy.fml.mpg.de/ http://hyperbrowser.uio.no/hb/ クローンが各地にあるっぽい。派生版もある?
Pathway Genomics社の遺伝子テストサービスを受けてみた - 気の向くままに
結論から言うと、現状の遺伝子テストサービスは 疾患に関する遺伝研究の知識、または強い好奇心を持つ科学者 遺伝に興味のある医者 というような人以外には勧められない。 僕が個人的に勧めないってだけなんだけど、実際に自分で体験してみてそう考えた。このエントリーは誰にでも分かるように親切には書いていない。ほとんど意味が分からないなぁという人は今はまだ利用しない方がいい、という判断材料にしてもらえると嬉しいです。 注意書き この記事を読むと日本語であまり紹介されていない遺伝子テストサービスが実際どういうものか、ちょっと分かります。 ただ最初にお断り2つほど。もったいつけてすまんね。 1. このエントリーについてはCCではないです。 無断で僕の遺伝情報が分かる内容を何かのスライドに使うなどしないで下さい。 遺伝情報を直接引用でなければ、その他の引用・言及はしてもらって構いません。 2. 1に書いたよう
Oligo/BAC CGH Array 解析パッケージをまとめてみる - 気の向くままに
書きかけです‥下書きで保存すると結局公開しないことが多発するので。 また来週に改訂するつもり。 目的・動機 今回は普段自分が使っていないプラットフォームの CGH マイクロアレイを解析 & 自分の実験データと比較するために、他社のプラットフォームを解析するためのツール (パッケージ) をここに集めておく *1。 対象とするのは BAC とアジレント社製の CGH アレイ。# だったけど Affy と共用のものもある 背景 今やっている研究では Affymetrix 社製の GenomeWideSNP 6.0 array というアレイを用いて染色体の構造異常を解析している。 また最近になって各種の精神疾患で多くの染色体構造異常が報告されまくっている*2。そしてこれらデータは論文で発表されるとともに NCBI GEO でも利用可能になっている (ものもある)。 ここからパッケージたち cghM
2008-09-15
してみた。 .Rprofileを以下のようにしたところ、とりあえず動く。 Carbon Emacs 2008年夏版と R 2.7.1 で確認しています。 if (.Platform$pkgType == "mac.binary"){ options(device="quartz") } setHook(packageEvent("grDevices", "onLoad"), function(...){ grDevices::quartzFonts(serif=grDevices::quartzFont( c("Hiragino Mincho Pro W3", "Hiragino Mincho Pro W6", "Hiragino Mincho Pro W3", "Hiragino Mincho Pro W6"))) grDevices::quartzFonts(sans=grDevice
RubyCocoa のサイトを収集してみた - つぶやき〜
自分の gmail ドラフトに貯めていたんだけど、外に出した方が良いので。 Ruby しか分からないのですが、RubyCocoa を覚えるとっかかりになりそうなサイトを集めました。 RubyCocoa のよく分からないメソッド名で困ったら、使い方の例は cd /Developer/Examples/RubyCocoa grep -R 'initWithHogefuga' * で探せば良さそう。あとグーグルで。 Cocoa のリファレンスは Xcode から右クリックで引ける。良い。 あとグーグルでw # ずいぶんとっちらかってます、すいません。 # コメントも自分向けだったのでかなり適当です、間違いや不適当なものがあればコメント等で教えて下さい。 RubyCocoa 入門 http://limechat.net/rubycocoa/tutorial/ LimeChat for OSX の作
2007-11-11
昨日動きすぎたようで二度寝した。 友達に郵便送る => Oサキ出しといたよ:-) 光回線の確認電話する 洗濯する1回目終了、2回目終了 Cocoa か opencv 触る マウンテンバイクのメンテ寒くて断念 macport でいこうとしたが、バージョンが0.99だったのと、なんかコケたから自力でいってみる。 とりあえず libjpeg とか入ってるか覚えてないので調べる [mako@LAMY]locate libjpeg | grep -v macports | grep opt/local/lib /opt/local/lib/libjpeg.62.0.0.dylib ..あるっぽい [mako@LAMY]locate libpng | grep -v macports | grep opt/local/lib /opt/local/lib/libpng.3.22.0.dylib ..あ
2006-05-15
間違えて人のお弁当食べてしまった‥うはぁ〜orz 一月全部注文しておいてから当日の朝に（いらない場合は）削る方向に変更。 うちのサーバーにアクセスすると文字化けしてる。 手元のマシンはMacでUTF-8だけど、あちらはeucJPだった。 % screen # .screenrcでdefencoding UTF-8してる % ssh hoge@honyahonya Last login: Mon May 15 17:40:31 2006 from $ ll # loginした状態 ??? 0 # 文字化け $ # screenのコマンド（デフォだと"Ctr+a?" ":"） :encoding eucJP UTF-8 # encoding e u でもいけた $ ll 合計 0すごいすごいよ、screen！
Chiba日記〜つぶやき〜
scpとかで scp Desktop/hoge.csv mako@192.168.1.10:でtabを押すとリモートのディレクトリも補完出来るのにビックリ。 今まではpassword聞かれるので、補完は無理だと思い込んでいたの :-D 実際にはpassword打った後に補完出来るようになる。 太ってきた。車通勤が効いている and 相方が自炊を始めてくれたからだと。 仕事場での極度のストレスにさらされている説はないw いちいちgmailにアクセスするのが面倒なので #!/bin/sh # 初期設定(メール送信宛先、件名) address="ma.kohda_at_gmail.com" subject="$@" # 件名の文字コードをutf8に変換 subject=`echo $subject | nkf -w` echo $subject # メール送信 mail -s "$subject
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届いたー - 気の向くままに