23andMe API
23andMe is committed to ensuring the API program is accessed and utilized in ways that ensure our customers’ best interests, both in terms of rigorous privacy and scientific standards. To ensure such standards are met, we permit access to the API program through a developer arrangement, subject to set standards. Should your organization be interested in working with 23andMe to further permit our c
2011年度生物情報科学演習 リファクタリングとデザインパターン
コードのリファクタリングとデザインパターン C++, Javaなどオブジェクト指向の考え方、クラスを上手に使うとコードをよみやすく整理できる場合が多くあります。 プログラムの動作を変えずにコードを整理することをリファクタリングと呼びます。 最初からコードを上手に設計するのは、熟練のプログラマでも難しいものです。少人数で開発する場合は、むしろ積極的にコードをリファクタリングし、アルゴリズムの見通しをよくするとよいでしょう。コードを修正する際にはversion管理ツールを使えるようにしておくと安心です。以前のソースコードの状態にいつでも戻せます。 ソースコードの版管理ツール Mercurialの使い方 http://www.xerial.org/wiki/lecture/2010/Mercurial デザインパターンに関しては、GoF本や結城浩さんの本などを読むと理解はできると思いますが、
A beginner’s guide to BioRuby development
I’m the “biologist-turned-programmer” type of bioinformatician which makes me a hacker, not a developer. Most of the day-to-day coding that I do goes something like this: Colleague: Hey Neil, can you write me a script to read data from file X, do Y to it and output a table in file Z? Me: Sure… (clickety-click, hackety-hack…) …there you go. Colleague: Great! Thanks. I’m a big fan of the Bio* projec
CytoscapeのPluginをEclipseで開発する - Loud Minority
やり方は、http://www.cytoscape.org/cgi-bin/moin.cgi/SettingUpEclipseForPluginDevelopment に掲載されているのですが、少し古いのでアップデートを含めて記載。 1. Eclipseを立ち上げてメニューから、File > New > Java Project 2. 普通にJavaのプロジェクトを作成する (ここでは、MyPluginとする) 3. MyPluginをPackage Exploerで右クリックして、Properties を選択する。新しい画面が現れる。 4. Java Build Path > Libraries を選んで、Add External JARs... から、Cytpscapeのディレクトリ（Macなら/Applications/Cytoscale_your_version/）の中にある cy
Home
Help us realize a new vision of health PHILANTHROPY Institute for Systems Biology (ISB) is a nonprofit scientific research organization located in Seattle. We believe in the power of science transforming health. You are committed to a better future, ISB is here to make that a reality. Learn More Healthy Aging RESEARCH Research suggests that it may be possible to eliminate the correlation between a
Python course in Bioinformatics
AbstractIntroduction to Python and Biopython with biological examples. The picture above represents the 3D structure of the Human Ferroxidase protein, that we use in some of the exercises in this course. This course is designed for biologists who already have some programming knowledge, in other languages such as perl or C. For this reason, while presenting a substantial introduction to the Pyth
Open-bio.jp
オープンバイオ研究会 オープンソースのバイオインフォマティクスプロジェクトを推進 英名 Japan Open Bioinformatics Research Group 通称 Open Bio Japan 略称 (O|B|J) See wiki for details. 目的 海外では、BioPerl, Biopython, BioJava, EMBOSS などバイオインフォマティクス用のソフトウェア開発プロジェクトを円滑に推進するために Open Bio Foundation (OBF) が重要な役割を果たしており、これらのソフトウェアを含む数多くのオープンソースソフトウェアがアカデミック／コマーシャルを問わず広く使われています。しかし、国内ではこれらのプロジェクトに関わっている開発者が少ないことや、日本語ドキュメントの不足からか、まだ十分には活用されていませんし、国際的にも貢献が足りな
Agile methods in biomedical software development: a multi-site experience report - BMC Bioinformatics
Correspondence Open access Published: 30 May 2006 Agile methods in biomedical software development: a multi-site experience report David W Kane1, Moses M Hohman2, Ethan G Cerami3, Michael W McCormick4, Karl F Kuhlmman5 & …Jeff A Byrd6 Show authors BMC Bioinformatics volume 7, Article number: 273 (2006) Cite this article BackgroundAgile is an iterative approach to software development that relies o
Cytoscape Plugin Tutorial - Cytoscape Wiki
Cytoscape Plugin Development Tutorial Cytoscape allows programmers to write plugins that access the core data structures and windows of Cytoscape to do a wide variety of operations. This tutorial explains how to write a plugin and how to get Cytoscape to load and use your plugin. It is assumed that the reader is familiar with the basics of the Java programming language and has some kind of program
AWS でつくった WSDL なウェブサービスを Taverna から利用する - 研究開発創作日誌
WSDL の提供されているウェブサービスは Taverna で容易に追加して扱うことができる．id:nakao_mitsuteru:20060511:AWS でウェブサービス API を追加した expview を試してみた． Apache Taverna - Apache Taverna (incubating) http://itoshi.tv/d/?date=20060506#p01 11 分のあれに 5 分くらいでウェブサービス API を追加するシナリオ - 研究開発創作日誌 使用環境 Mac OS X 10.4.6 Taverna.app 1.3.2-RC1 http://prdownloads.sourceforge.net/taverna/taverna-workbench-1.3.2-RC1.dmg?download ruby 1.8.4 gem 0.8.11 rails
New BMC Journal: "Source Code for Biology and Medicine"
As discovered on chem-bla-ics: Source Code for Biology and Medicine is an open access, peer-reviewed, online journal soon to be launched by BioMed Central. Source Code for Biology and Medicine will encompass all aspects of workflow for information systems, decision support systems, client user networks, database management, and data mining. Source Code for Biology and Medicine aims to publish sour
人工知能学会誌「研究のツールボックス」
人工知能学会学会誌のシリーズ特集「研究のツールボックス」のサポートページです．研究・開発に役立つオープンソースソフトを紹介しています．
リリース、障害情報などのサービスのお知らせ
最新の人気エントリーの配信
j次のブックマーク
k前のブックマーク
lあとで読む
eコメント一覧を開く
oページを開く
The Functional Genomics Experiment model (FuGE): an extensible framework for standards in functional genomics - Nature Biotechnology
瞬時にテストデータを大量生成してくれる『Data Generator』 - IDEA*IDEA ～ 百式管理人のライフハックブログ ～
Genome Browser FAQ
http://itoshi.tv/d/?date=20060610
MATLAB：サイバネットシステム
Cytoscape Links
Gapminderr
ichan::Weblog - Ruby on Rails Gruffを使って、11分で作る遺伝子発現データベース , 11分で遺伝子発現データベースで用いたデータの作成 , 11..