BBMRI/GvNL 'bionformatics for biobanking' wiki
BBMRI-NL Rainbow projects: RP2 - Dynamic bioinformatics infrastructures for biobank enrichment The BIOS Consortium (Biobank-based Integrative Omics Studies) To gain access to restricted areas (RP3) please fill in a code of conduct (please contact Bas Heijmans for this CoC, b.t.heijmans AT lumc.nl) Send after approval an email to the GCC helpdesk to get an account (helpdesk.gcc.groningen AT gmail.c
Devil in the details | Nature
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Genome Savant
next generation, now Savant is a next-generation genome browser designed for the latest generation of genome data Next-Generation Built with the latest generation of sequencing data in mind. Use Savant to do next-gen analysis, today. Visual Analytics See your data at all scales, from genome-wide trends to nucleotide anomalies, Savant converts data and information, all visually. User Friendly Desig
第10回ClassAデータ解析セミナー | ワールドフュージョン
LSKB Overview & Concept LSKB Bio Knowlege LSKB Chem Knowledge LSKB Database 遺伝子と疾患、化合物との関連性を検索表示、化合物構造から文献情報、化合物とタンパク質や疾患などの情報へ展開を可能に CLCBio 次世代シーケンサーデータ解析 文献解釈からネットワーク・パスウェイ表示まで コピー数解析の決定版 ドッキング、タンパク質モデリング、活性予測ツールいろいろ クラボウと共同開発した生活習慣病研究用アレイ 〜次世代高速シーケンサーデータ解析 ノウハウ一挙公開〜 株式会社ワールドフュージョンでは、次世代シーケンサのデータ解析が出来る方々の裾野を広げる目的で、 バイオインフォマティックス解析技術を公開するワークショップを行います。 フリーソフトウエアを使ったシステム構築と解析の手法、商用ソフトを使ったシステム構築
AVATAR製作時、その超巨大データはどのように大陸間転送されたか？ - Wataru's blog
3D映画として現在大ヒットを飛ばしているAVATAR。私の周りでも凄く話題になっていて、IMAXを持つ映画館に近いうちに見に行きたいと思っています。 本日は、AVATAR製作時に使われたITシステムの話を、ご紹介したいと思います。 34ラックという、驚きの超巨大システム AVATARのデータ総容量は、何と、3PB(ペタバイト)!もの大きさだったそうです。毎週、ときには日ごとに数TB(テラバイト)ものデータが出来る上に、それらを色々なフォーマットで保存しなければならないためだそうです。 これだけのデータを処理するために、ITシステムのラック総数は何と34本、そして各ラックには32台のサーバが搭載され、プロセッサ総数は40,000、メモリ合計は104TBに達したそうです。しかも、全てのサーバが10GbEで接続されていたとのこと。 とてつもなく巨大なシステムですね。ここまで来ると小規模なスパコン
バイオサイエンスデータベースセンター - NBDC
NBDCのタグライン データベース統合を通じて 新たな知識へ 研究データをひろく、つなげて、つかいやすくすることで、従来では困難であった知識の創出やイノベーションを促進します。
Software/list - SEQwiki
Identifies deviations in clone insert size that indicate intra-chromosomal structural variations compared to a reference genome. Insertions and deletions (indels) up to 100Kb are inferred by identifying positions in the genome in which the pairing distance between mapped mate pairs is significantly deviated from what is expected at the given level of clone coverage.
つらつらと Galaxy 関連の URL を貼るだけのエントリー - 気の向くままに
Galaxy の説明もしない俺得エントリー (?) Galaxy とは Galaxy: a comprehensive approach for supporting accessible, reproducible, and transparent computational research in the life sciences | Genome Biology | Full Text の論文を参照☆ http://blog.openhelix.eu/?p=5164 上記論文を引用している OpenHelix Blog のエントリー。 Galaxy web service http://main.g2.bx.psu.edu/ http://galaxy.fml.mpg.de/ http://hyperbrowser.uio.no/hb/ クローンが各地にあるっぽい。派生版もある?
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http://lifesciencedb.jp/dbsearch/bird/01416-X)
A Predictive Model for Transcriptional Control of Physiology in a Free Living Cell
Systems-level dynamic analyses of fate change in murine embryonic stem cells - PubMed
An Integrated Pipeline for the Genome-Wide Analysis of Transcription Factor Binding Sites from ChIP-Seq
The 1st Data Intensive Science Workshop
生物情報科学科 情報基礎実験 ３年生冬学期 10/26 – 11/5 （森下研究室担当）
生物情報科学科 情報基礎実験 ３年生冬学期水曜日 （森下研究室担当）
Google Code Archive - Long-term storage for Google Code Project Hosting.
g86 has gone.
https://pasa.sourceforge.net/
Computational Biology Research Center[CBRC] in Tokyo, Japan < Bioinformatics Research >
Dr. PIAS Top