How to Get a Microarray Data From NCBI GEO Aug 24th, 2012 GEOquery を使って公共データベースから発現データを入手する 例としてこのデータを取り出します。 GSE20349 準備
How to get a microarray data from NCBI GEO - The Cat Way
How to Get a Microarray Data From NCBI GEO Aug 24th, 2012 GEOquery を使って公共データベースから発現データを入手する 例としてこのデータを取り出します。 GSE20349 準備
統合データベース講習会：AJACSみちのく2 - NBDC
統合データベース講習会は、生命科学系のデータベースやツールの使い方、データベースを統合する活動を紹介する講習会です。 今回の講習会では、1日目は生命科学系データベースのカタログ、横断検索、アーカイブの使い方や生命科学系の主要なデータベース（DDBJ：DNA Data Bank of Japan、PDBj：Protein Data Bank Japan、KEGG： Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）の使い方について、また、Cytoscapeの使い方を紹介します。2日目はRおよびBioconductorを使った次世代シークエンサデータの解析のほか、遺伝子発現データベースや解析ツールをご紹介します。参加者全員がハンズオンでコンピュータを使いながらの講習です。 対象： 生命科学分野のデータベースを利用したい、研究に役立てたい方。 日時： 2012年8月
ChIP-seq processing pipeline
This page last changed on January 28, 2016 by peterk. The page provides download links to an R package for processing ChIP-seq data. The rational behind most of the methods is described in the following paper: Kharchenko PK, Tolstorukov MY, Park PJ "Design and analysis of ChIP-seq experiments for DNA-binding proteins" Nat. Biotech. doi:10.1038/nbt.1508 version 1.13Download. SPP is now on Github! v
CummeRbund - An R package for persistent storage, analysis, and visualization of RNA-Seq from cufflinks output
Overview High-throughput sequencing of RNA-fragments is a powerful technique that has many applications, including but not limited to transcript assembly, qantitation, and differential expression analysis. The results of these analyses is often very large data sets with a high degree of relations between various data types and can be somewhat overwhelming. CummeRbund was designed to help simplify
Bioconductor - Cloud AMI
Please note that AMI IDs may change over time as we update the underlying AMI. Refer to this page for the most current AMI IDs. These AMIs live in the US-East-1 region. For administrative and funding reasons, Bioconductor keeps track of each time a Bioconductor AMI is launched. No identifying information is kept. By using the AMI, you consent to this tracking. Scenarios for using your Bioconductor
Site not found
Couldn't find site The Q&A site you are looking for doesn't seem to exist…yet. You can vote for it to be created through our democratic, community-driven process at area51.stackexchange.com, or see a complete directory of all our Q&A sites at stackexchange.com. If you are the administrator of a Stack Exchange 1.0 site, please contact the community team with any questions you may have.
(Rで)塩基配列解析
(Rで)塩基配列解析 (last modified 2024/07/11, since 2010) このページは、RStudio (R含む)で生命科学系のデータ解析を行うためのテンプレート集です。このページに特化したチュートリアル（インストール | についてと基本的な利用法）を一通り実践した上でご利用ください。より一般的なチュートリアルは、教科書の付録ページ(←読込に時間がかからなくなりました)にあるR1.010とR1.020で提供しています(2023/04/01)。 アグリバイオインフォマティクス、@Agribio_utokyo、アグリバイオの教科書、(Rで)塩基配列解析のサブページ What's new? (過去のお知らせはこちら) 生命科学研究のためのデジタルツール入門 第2版（監修：坊農秀雅・小野浩雅）が2024年6月末に出版されています。生命科学分野に参入してきた学生さんに、最新
R Cloud
Please note that this project is not maintained, and R Cloud is currently not running R Cloud Workbench Remote access to R/Bioconductor on EBI's 64-bit Linux Cluster Start the workbench by downloading the package for your operating system (Macintosh or Windows), or via Java Web Start, and you will get access to an instance of R running on one of EBI's powerful machines. You can install additional
CytoscapeAndR - Cytoscape Wiki
Control Cytoscape from R Console Introduction CytoscapeRPC is a plugin for Cytoscape to use Cytoscape as a RPC server. You can call Cytoscape functions from variety of languages including Perl, Python, Ruby, and R. In this tutorial, you learn how to use Cytoscape from R console. Setup You need to install the following plugins/packages. Cytoscape Plugin Just copy the following jar files to Cytosc
NG Sequence - Manuals
HT Sequence Analysis with R and Bioconductor Authors: Tyler Backman, Rebecca Sun and Thomas Girke, UC Riverside Introduction [ Sequencing Technologies ] [ Latest Slides from NGS Analysis Workshop ] High throughput sequencing (HT-Seq or HTS), also known as next generation sequencing (NGS), presents a wide spectrum of opportunities for genome research. Unfortunately, many existing bioinformatic to
共立出版株式会社 新刊・近刊2007年9月『統計解析環境Rによるバイオインフォマティクスデータ解析−Bioconductorを用いたゲノムスケールのデータマイニング−〔CD-ROM付〕』
統計解析環境Rによるバイオインフォマティクスデータ解析 −Bioconductorを用いたゲノムスケールのデータマイニング−〔CD-ROM付〕 （ISBN978-4-320-05659-6） 樋口千洋・石井一夫 著 B5，288頁，4300円 ●内容 医学・生物学の分野では，マイクロアレイやプロテオミクスなどのゲノム関連データ解析の発展に伴い，大量のデータ解析を日常的に行うことが多くなってきた．このような状況において，統計解析環境RとそのアドオンソフトBioconductorは，もっとも有望なオープンソースのデータ解析ソフトとして知られており，利用者も広がりを見せている．本書は，プログラミングなどを専門としないユーザ向けに，ゲノム解析に関するデータ解析について，特にマイクロアレイ解析に偏ることなく，蛋白質解析，データベースとの連携など，バイオインフォマティクス全般に
Bioconductorチュートリアル @ NIG
はてなグループの終了日を2020年1月31日(金)に決定しました 以下のエントリの通り、今年末を目処にはてなグループを終了予定である旨をお知らせしておりました。 2019年末を目処に、はてなグループの提供を終了する予定です - はてなグループ日記 このたび、正式に終了日を決定いたしましたので、以下の通りご確認ください。 終了日: 2020年1月31日(金) エクスポート希望申請期限:2020年1月31日(金) 終了日以降は、はてなグループの閲覧および投稿は行えません。日記のエクスポートが必要な方は以下の記事にしたがって手続きをしてください。 はてなグループに投稿された日記データのエクスポートについて - はてなグループ日記 ご利用のみなさまにはご迷惑をおかけいたしますが、どうぞよろしくお願いいたします。 2020-06-25 追記 はてなグループ日記のエクスポートデータは2020年2月28
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https://bioconductor.org/help/course-materials/2012/SeattleMay2012/Bioconductor-tutorial.pdf
Bioconductor Mirror
genoPlotR: comparative gene and genome visualization in R
POLYPHEMUS: R package for comparative analysis of RNA polymerase II ChIP-seq profiles by non-linear normalization
ChIP-seq Analysis in R (CSAR): An R package for the statistical detection of protein-bound genomic regions - Plant Methods
LibXMS for R · mz2/imotifs Wiki · GitHub
Regulatory networks define phenotypic classes of human stem cell lines - Nature
生化学若い研究者の会 - 2007WS二階堂愛先生要旨