第60回 プログラミング・シンポジウム

原文記事: [阿尔法狗再下一城 | 蛋白结构预测AlphaFold大胜传统人类模型] (2018/12/03公開) 「研究したいタンパク質があるのだが、その構造と機能がわからない」 — これは分子細胞生物学の研究者が日々直面する最大の難題の一つである*a。アミノ酸配列測定技術が発展する中で、多くのタンパク質の配列がハイスループット*1に解析されているが、この配列決定の段階から実際に3次元構造を決定するまでの間には、未だに大きな距離がある。 生物の基本単位が細胞だとして、細胞の基本的な機能単位こそが、複雑多岐なタンパク質の1つ1つである。そしてまさにタンパク質の機能の本質を決定しているのが、タンパク質の構造である。タンパク質の機能を研究したり、それをターゲットとする薬剤を開発したいというとき、タンパク質の構造はとても重要な要素の一つになる。だからこそ、生物学には、構造生物学という学問領域まで

米軍普天間飛行場（沖縄県宜野湾市）の名護市辺野古への移設計画で、政府が辺野古沿岸部の埋め立てに使っている土砂について、県は沖縄防衛局に対し、性質と状態の調査をし、県に立ち入り調査をさせるよう求める文書を１１日に出し、発表した。土砂投入の中止も求めている。 県によると、防衛局は埋め立て承認をするための審査の際に、埋め立てに適さない「細粒分」の割合は２～１３％と説明していた。だが、業者に発注した埋め立て工事の仕様書では「４０％以下」になっていた。また、目視で赤土が使われているのは明らかなのに、全く異なる試験結果を県に対して示しているという。

現地の事情を知ること自体難しい 中国の西北部に位置する新疆ウイグル自治区において、現地のウイグル族（ほか、主にテュルク系の少数民族）に対する深刻な人権弾圧が起きていることはさまざまなメディアで報じられている通りだ。 現地では漢民族の移住が進み、都市部のインフラが目覚ましく整備されるいっぽう、少数民族の伝統的な生活習慣や宗教信仰への抑圧が進む。2014年ごろまでは月1回程度のペースで数十人以上の犠牲者を出す騒乱が発生していた。現在、新疆の少数民族は海外との通信が厳しく制限され、「再教育」を名目に収容施設に入れられている人々も100万人以上にのぼると伝わる。 ※2014年春に筆者（安田）が訪れたときのカシュガル市の旧市街。現在は建物の多くが取り壊されて住民も移住させられ、観光用に整備された建物だけが建っているという。 2014年ごろまでは日本の新聞の現地取材もある程度まで可能だったが、取材のハ

旧ユーゴスラビアのマケドニアで、国名を「北マケドニア」に変える憲法改正案が可決されました。隣国ギリシャからの20年以上にわたる反発を踏まえた対応で、ギリシャの反対で進んでこなかったＮＡＴＯ＝北大西洋条約機構とＥＵ＝ヨーロッパ連合への加盟が前進するとみられます。 マケドニアがＮＡＴＯとＥＵに加盟しようとした際にも、ギリシャはこれに反対してきたため、加盟を目指すマケドニアの首相は去年６月、対立の解消に向け国名を「北マケドニア共和国」に変えることでギリシャ側と合意しました。 これを受けて11日、議会で国名を変えるための憲法改正案の採決が行われ、120人の議員の３分の２を超える81人の賛成で可決されました。 ディミトロフ外相は「国の発展のために不可欠な決定で歴史的な瞬間だ」と述べ、ギリシャの反対で進んでこなかったＮＡＴＯとＥＵへの加盟に向けた前進だと強調しました。 旧ユーゴスラビアの国々をめぐって

「ムーアの法則」よ、安らかに眠れ。お疲れ様。 少なくとも、NVIDIAの最高経営責任者（CEO）、Jensen Huang氏はそう考えている。グラフィックスチップメーカーのNVIDIAを共同創設した同氏は米国時間1月9日、「ムーアの法則はもはや成り立たない」と断言した。 半導体製造で重要なのは、トランジスタと呼ばれる部品の小型化だ。トランジスタは、電子レンジからスマートフォンで稼働する人工知能（AI）アルゴリズムまで、あらゆるデータ処理を担う超小型の電子スイッチだ。 Intelの共同創業者、Gordon Moore氏が1965年、継続的なチップの改良により、プロセッサ性能は2年ごとに倍増すると予測した。このムーアの法則は、コンピュータプロセッサ製造のガイドラインにとどまらず、定期的なイノベーションの定義へと進化し、テクノロジ業界を推進する自己達成的な予言になった。Appleの「iPhone

たった１秒間に300以上の注文が入る脅威のアプリ。中国の「滴滴（ディーディー）」をご存知だろうか。スマホで車両と乗客を結ぶ配車サービスで、５億人を超える利用者を持つ巨大ユニコーン企業。この分野の先駆者、米「ウーバー」と肩を並べる。去年９月には日本にも上陸。私たちの生活にも無縁とは言えない存在だ。今回、ＮＨＫはこの滴滴の中枢の取材に成功。世界から注目される理由に迫った。（経済部記者 吉武洋輔／政経国際番組部ディレクター 矢島哉子） 吐く息が真っ白になるほどの極寒の北京。繁華街のショッピングモールの前で目にしたのが、ひっきりなしに横付けされる滴滴の車だった。次々に降りてくる人たちの多さに圧倒されるが、その光景は家族や友人に車で送ってもらっているように見える。なぜならほとんどの車両がタクシーではなく、一般の乗用車だったからだ。 この一般のドライバーが自分の車に乗客を乗せるしくみを「ライドシェア」

政治と経済 日韓「レーダー照射問題」、際立った日本側報道の異常さ。そのおかしさを斬る « ハーバー・ビジネス・オンライン

冬の海でサーフィンかな？　あれ、どうも様子が変ね――。海岸沿いを散歩中に海でおぼれていた人を見つけた主婦がいた。波打ち際まで流されたこのお年寄りを、主婦は服を着たまま海に入り、浜辺に引き揚げた。日常生活の中でのなにげない疑問へのこだわりが１人の命を救った。新潟県警佐渡東署から人命救助の感謝状を贈られた。 この主婦は同県佐渡市梅津の井上恵子さん（６３）。同署によると、井上さんは先月１２日午後４時前、自宅近くを夫信一さん（６２）、秋田犬のハチ（オス、８歳）と散歩していた。 井上さん夫妻によると、両津…

半年ほど前から、老齢の父親の調子がよくない。それでもどうにか生きながらえて年を越すことができた。感謝すべきなのだろう。 だが、素直に喜べないのは、病床にあって父親が日々苦しんでいるのを知っているからだ。循環器系にガタがきていて、身体全体に酸素が足りない。高山で生活しているようなもんだから、とにかくしんどい。そのしんどさを耐え忍んでも、その先にそれが改善する見込みはほとんどない。よくて現状維持、わるければ、いつでも最期がくる。そういう状態でいる人を前に、それでも「生きていてよかったね」とは、素直に言えない。 父親は、決して命に未練があるタイプではない。むしろ、無意味な延命治療はしてくれるなと、これは元気なうちからずっと言い続けてきた。過去に何度か大病を生き延びてきているので、医療に対する信頼は厚い。治る病気なら、現代医学の力で必ず治るものだと信じている。そして、治らないのなら、ムダな抵抗はせ

2018年12月30日。 日本の著作権の保護期間が50年から70年に延長された。 日本の美術・文芸・音楽作品の著作権の保護期間＝キーワード＝が３０日、環太平洋経済連携協定（ＴＰＰ）発効に合わせ、欧米並みの死後７０年に延びる 美術・文芸・音楽著作権、３０日から死後７０年に延長：朝日新聞デジタル 米国を除く環太平洋連携協定（ＴＰＰ）の新協定「ＴＰＰ１１」が３０日に発効するのに伴い、文学、美術、音楽作品などの著作権の保護期間が作者の死後５０年から７０年に延長される。ＴＰＰ１１関連法として成立した改正著作権法が施行されるためだ。 著作権保護、７０年に延長＝ＴＰＰ発効で、藤田嗣治作品も対象：時事ドットコム TPPが発効したから著作権保護期間が延長された、とたぶんほとんどの人が勘違いしているが、実際のところTPPの発効と著作権保護期間の延長はもはや関係ない。TPP関連法案の一項目に延長が盛り込まれその

【ジュネーブ共同】日本の小学校などの運動会で行われている組み体操の危険性について、国連の「子どもの権利条約」委員会が、傷害などからの保護を定めた同条約に違反しているとの指摘を受け、今月始まる対日審査で審査対象とすることが12日分かった。 日本の人権団体「ヒューマンライツ・ナウ」が、人間ピラミッドなどの組み体操は「極めて危険で重大な事故も起きているのに、日本政府は子どもを守る方策を十分に講じてこなかった」とする報告書を提出し、委員会が受理した。報告書は組み体操の実施見直しを日本政府に勧告するよう委員会に求めている。

ワシントン大学の研究チームは、生きたハチの背中に装着できるセンサを使い、気温や湿度などのデータ収集に利用できるシステムを開発した。農場でハチを放して使えば、短い飛行時間というドローンの制約を受けずにスマート農業が実現できるという。

厚生労働省は先日、医師の残業時間の上限を「年1900〜2000時間」とする制度案を示した。 年2000時間とは、月に167時間、週に38時間だ。 一週間に38時間の残業時間は、想像がつくだろうか。月曜〜金曜までの週５日勤務とすると、1日7時間36分の残業となる。勤務時間ではなく、残業だ。 9時〜17時の勤務の場合、朝7時〜夜22時36分まで働くということだ(上限いっぱいの場合)。 ここまで考えて、外科医である筆者は「ああ、とてもリアルな数字だ」と感じた。 病院勤務医で、内科や外科など忙しい科では7時〜22時36分はとても自然だからだ。 なぜ医者はこれほど忙しいのだろうか。 そもそもなぜ医者は忙しいのか？医者が忙しい理由はなんだろうか。なぜ超長時間労働なのだろうか。 一般的なイメージでは、白衣を着て椅子に座り、「今日はどうしましたか」と話しているのが医師だろう。 しかしそれは開業医で、多くの

福井や愛知など各地の高校で、人の頭蓋骨や全身の骨とみられるものが保管されているのが相次いで見つかり、各学校では身元や保管の経緯がわからないことから、県教育委員会に報告して警察に鑑定を依頼するなど、対応にあたっています。 このうち福井県では人の頭蓋骨とみられるものはすでに警察に引き渡されていて、警察は本物かどうかや性別などについて鑑定することにしています。 また、石川県と愛知県では県教育委員会が対応を検討しています。 福井県の三国高校では生物の教室近くの標本棚でガラスケースに入った状態で保管され、数年前まで生物の授業で標本として使用されていたとみられるということで、以前から教員の間では「本物の人の頭蓋骨だ」と引き継がれてきたもののいつから保管されているかなど詳しい記録は残っていないということです。 この問題をめぐっては去年、鹿児島県と大分県の県立高校で人の頭蓋骨が見つかり、このうち鹿児島では

【ジュネーブ共同】日本の小学校などの運動会で行われている組み体操の危険性について、国連の「子どもの権利条約」委員会が、傷害などからの保護を定めた同条約に違反しているとの指摘を受け、今月始まる対日審査で審査対象とすることが12日分かった。 日本の人権団体「ヒューマンライツ・ナウ」が、人間ピラミッドなどの組み体操は「極めて危険で重大な事故も起きているのに、日本政府は子どもを守る方策を十分に講じてこなかった」とする報告書を提出し、委員会が受理した。報告書は組み体操の実施見直しを日本政府に勧告するよう委員会に求めている。

フランスの司法当局が、日本オリンピック委員会（JOC）竹田恒和会長を東京2020オリンピック・パラリンピック（以下、「東京五輪」）招致に絡む贈賄容疑で訴追に向けての予審手続を開始したと、仏紙ルモンドなどフランスメディアが報じている。 カルロス・ゴーン氏が特別背任等で追起訴された直後であり、この時期のフランス当局の動きがゴーン氏に対する捜査・起訴への報復との見方も出ている。 このJOCによる五輪招致裏金疑惑問題については、2016年にフランス当局の捜査が開始されたと海外メディアで報じられ、日本の国会でも取り上げられた時点から、何回かブログで取り上げ、JOCと政府の対応を批判してきた。 東京五輪招致疑惑の表面化　問題の発端は、2016年5月12日、フランス検察当局が、日本の銀行から2013年7月と10月に、2020年東京オリンピック招致の名目で、国際陸上競技連盟（IAAF）前会長のラミン・ディ

牛の骨髄をトロトロに煮込んだ「オッソブーコ」とか、子羊をオーブンでカリカリに焼いた「アバッキオ」とか。とかく美味しいものが多いイタリア料理。 だけど毎日のランチである「お弁当」となると急にトーンダウンする傾向があり……そのギャップってどこから生まれるんだろう。ちょっと考えてみました。 ※この記事は、 世界のカルチャーショックを集めたサイト「海外ZINE」の記事をデイリーポータルZ向けにリライトしたものです。 海外ZINEは、世界各地のカルチャーショックを現地在住ライターが紹介する読み物サイトです。 / イタリア・ミラノ在住、フリーライター。イタリア関連情報や海外旅行、ライフスタイルなどの分野を中心に活動中。旅行先の市場でヘンな食べ物を探すのが好き。 ＞ 個人サイト suzukikei81 海外ZINE イタリアは美食の国、だけど……？ イタリア人と食事をしていると「やけにうるさいなあ」と感

大変遅ればせながら、あけましておめでとうございます。そして、大変お久しぶりです。なぜこんなにご無沙汰してしまったかというと、少々体調が芳しくなかったのと、仕事が忙しかったのと、調べ物が難航していたのと、Switchのゼルダが面白くて夜な夜なハイラルを駆け回っていたからです。すみません。 年明け少しは更新しなくちゃと思うので、今日は気になったこんなツイートから。 『勤務中２９２回ツイッター投稿、市職員を停職に』 この見出しにしたほうがページビューは増えるのはわかるよ。でも「生活保護費59万円を着服」って罪のほうが圧倒的に重いじゃんか。なぜこの見出しにしたのか。東スポじゃないんだから見出しで釣るのやめようよ新聞だろ？ https://t.co/4nEnFL4Nmx — Simon_Sin (@Simon_Sin) January 10, 2019 読売新聞の1月10日の記事で、千葉市の懲戒処分

評価関数パラメータの学習 思考時間制御のパラメータ調整 Ponderの検証 1.は今の学習ルーチンが良い感じなので、ジックリ時間をかけてやれば良いはずです。 2.に関しては、大会が20分切れ負けなので、最大思考時間を90秒か120秒に設定。んで、思考開始から1秒毎に最善手と合議での票の割れ方をログに出しといて、それをベースに「n秒でm票しか割れていなかったら、ほぼ最善手*1と一致する」という統計を出し、思考時間制御のパラメータを決める予定です。 ログ出力に関しては合議用のコードをちょっといじって実装して、統計を出すプログラムの方はJavaで実装する予定。現在は1.の学習結果待ちなので、その間にこっちを実装していきます。 3.に関しては、以前「Ponder有効にすると弱くなる」って現象があったんで、それの検証。 *1:最大思考時間まで探索した結果

厚生労働省で不適切な統計調査が明らかになる中、総務省の「消費動向指数」でもデータの一部に誤りがあったことが分かり、総務省では11日予定していた公表を見送るとともに、指数の修正作業を行うことになりました。 去年４月に年度が切り替わった際、およそ2400人の調査対象者の年齢を更新すべきだったのに、プログラムのミスで更新していなかったということです。この指数では、若い人や高齢者など世代ごとの特徴的な消費の傾向などを補正するために、年齢の情報を使っていることから、結果に影響が出る可能性があるとしています。 このため総務省では、11日予定していた最新の結果の公表を見送るとともに、去年４月以降の指数について修正作業を行うとしています。 ただ「消費動向指数」は、特に重要な統計として位置づけられる「基幹統計」には該当せず、総務省は、来年度予算案や政府のほかの統計への影響はないとしています。 総務省は、「チ

統計データを分析する際に使う「R」というプログラミング言語がある。無料のオープンソース・ソフトウェアで、Rを使えば、データの加工や操作、線形回帰、ランダムフォレストのような機械学習の分析、解析したデータの可視化が可能になる。「Python（パイソン）」と並び、統計分析を手がける人々に人気の言語だ。 Rはオープンソースのため世界中のエンジニアが修正や機能追加を進めている。その中で、データフレームの操作に特化した「dplyr（ディープライヤー）」やデータ可視化の「ggplot2（ジージープロット2）」など、人気のパッケージ開発で貢献した人物がいる。ソースコードの入力からコンパイルやデバッグまでが可能なRの総合開発環境を提供するRStudioのチーフ・サイエンティスト、ハドリー・ウィッカム氏だ。 ウィッカム氏が独力で作り上げたパッケージは今では大学の研究者からジャーナリストまで、数多くの人間が使

大塚篤司／１９７６年生まれ。千葉県出身。医師・医学博士。２００３年信州大学医学部卒業。２０１２年チューリッヒ大学病院客員研究員を経て２０１７年より京都大学医学部特定准教授。皮膚科専門医 間違った医療情報に惑わされると、患者の健康に悪影響が出るかもしれません。医師が正義感をもって患者に正しい情報を伝えていくだけで、ニセ医学で苦しむ人たちは減るのでしょうか。京都大学医学部特定准教授で皮膚科医の大塚篤司医師が、「ニセ医学」との向き合い方について語ります。 ＊　　＊　　＊ 今から50年前の1969年、アポロ11号は人類史上初めて月面着陸に成功しました。ニール・アームストロング船長の「これは一人の人間にとっては小さな一歩だが、人類にとっては偉大な飛躍である」という言葉はあまりにも有名です。それからしばらく経った2002年、メアリー・ベネット著『アポロは月に行ったのか？』が日本で出版され話題となりまし

事件発生当時、６歳で殺害されたジョンベネの美少女ぶりが世間の注目を集めた　ABC News/YOUTUBE ＜児童ポルノ所持で収監中の男が、22年前のジョンベネ殺害を手紙で自供――世界中が注目した美少女殺害事件のミステリーがようやく解明されるのか＞ 1996年12月にコロラド州ボルダーで起きた6歳の少女ジョンベネ・ラムジーの殺害事件で、新たな展開があった。児童ポルノ所持の罪で、現在コロラド州の刑務所に収監されているゲイリー・オリバ（54）が、友人への手紙の中でジョンベネを「誤って」殺害したと認めた、と英タブロイド紙デイリー・メールが報じた。 「デイリー・メールTV」が入手した手紙によると、性犯罪者として登録されているオリバは、「私はジョンベネのように誰かを愛したことはなかった。しかしジョンベネを脱がし、頭を割って、死なせてしまった」と書いている。 また別の手紙では、「ジョンベネは私を完全に

「60年に一度の周期で花をつける」という言葉とともに、ツイッターに投稿されたのは２枚の花の写真。そこには竹の花だと書かれていました。かつて、竹が花を咲かすことは、不吉なことが起きる前兆とも言われていました。その不思議な花について調べました。（ネットワーク報道部記者 管野彰彦） 写真を投稿したのは、山梨県でクライミングの体験ができる施設を運営している山森政之さん（45）。 滋賀県にある実家の裏山で、去年の10月ごろに竹に花が咲いているのを家族が見つけ、送ってきてくれたそうです。 山森さんも家族も実際に見たのは初めてで、意外と知らない人が多いのではないかと思い、今月10日に投稿したといいます。 すると、「初めて見た」といった感想が多く寄せられ、わずか１日でリツイートは5000を超えて話題となりました。 そもそも竹の花を見たことがないという人も多いと思います。この写真は実際のところ竹の花なのでし

日立製作所は英国で計画する原子力発電所の建設事業を中断する方針を固めた。約3兆円の事業費を巡る日英の政府や企業との交渉が難航し、現時点での事業継続は難しいと判断した。2千億～3千億円の損失を2019年3月期中に計上する見通しだ。日本企業による海外での原発建設は事実上なくなる。日本政府のインフラ輸出政策も転換を迫られそうだ。日立は来週開く取締役会で計画中断を決める予定だ。現在は設計や工事準備など

概要 沖縄科学技術大学院大学（以下、「ＯＩＳＴ」という。沖縄県恩納村 学長ピーター・グルース）分子遺伝学ユニットの研究者らは、海洋動物である毛顎動物（ヤムシ）の遺伝子情報をもとに、様々な方法で新たにらせん卵割動物※１の分子系統樹を作り直したところ、毛顎動物は輪形動物（ワムシ）や顎口動物などと共に、特殊な顎口を持つ動物群である「担顎動物群」を形成することが分かりました。本成果により、数百年にわたって科学者たちを悩ませてきた毛顎動物（ヤムシ）の系統発生学的な位置づけについて適切かつ正確な位置が示されることで、左右相称動物※２の進化上の重要な傾向が明らかになるとともに、時の経過につれて新しい形質を獲得することにより単純な祖先から複雑な生物が進化したという従来の考え方に異議を唱えています。本研究成果は、2019年1月10日（日本時間2019年1月11日午前1時）に学術誌 Current Biolo