僕はバイオインフォマティクスという生物と情報の融合分野で研究を行っています。東大の理学部情報科学科にいた頃は同僚のマニアックな知識に驚かされたものですが、そのような計算機専門の世界から一歩外に出ると、それが非常に希有な環境だったことに気が付きました。外の世界では、メモリとディスクの違いから、オートマトン、計算量の概念など、コンピューターサイエンスの基礎知識はあまり知られていませんでした。コンピューターサイエンスを学び始めたばかりの生物系の人と話をしているうちに、僕が学部時代に受けた教育のうち、彼らに欠けている知識についても具体的にわかるようになってきました。 バイオインフォマティクスに限らず、今後コンピュータを専門としていない人がコンピューターサイエンスについて学ぶ機会はますます多くなると思われます。そこで、これからコンピューターサイエンスを学ぼうとする人の手助けとなるように、基礎となる参

「いかに働き、いかに生きるか」 やるべきことが見えてくる研究者の仕事術―プロフェッショナル根性論 最初は「研究者」のための本かと思って購入したのですが、そんなことはありませんでした。会社や組織に縛られて不自由な思いをしていたとしても、自分の人生にとって大切なことはしっかりものにするためのエッセンスが見事に凝縮されています。 研究者として仕事をすべき１０の原則 「興味を持てる得意分野を発見する」 「最初は自分で学ぶ」 「師匠を持つ」 「現場で恥をかく」 「失敗を恐れつつも、果敢に挑戦する」 「自分の世界で一番になり成功体験を得る」 「研究者としての自信をつける」 「井の中の蛙であったことに気付き、打ちのめされる」 「すべてを知ることはできないことを理解する」 「それでも、自分の新しい見識を常に世に問うていく」 一見当たり前のようでも、自らが紆余曲折を経てこの原則に辿りつくことの大切さは、研究

SSDを使うとDBMSはどう変わる？徹底検証した記事を書きました！ WEB+DB PRESS Vol.52 予約受付中です。 実際に最新最速のSSD、Intel X25-Eを使ってDBMSのパフォーマンスを計測するなど、わくわくしながら記事を書くことができました。SSDの実力に驚きつつも、使い方を間違えるとHDDより遅くなる？ など新しい発見もあり。 そして、SSDとHDDの違いがどのようにデータベースの性能に影響するのか？ディスク上のデータ構造（ヒープ、B+-treeなど）からバッファ管理など、データベースシステムの中身を解剖してわかりやすく解説しています。読みやすくなったのは丁寧に添削してくださった担当様のおかげです。感謝。 ディスクを活用したデータのソーティング（External merge sortなど）に加え、2009年6月にEdgar F. Codd Innovation Aw

はてな界隈での騒動を眺めていると、彼は「大したことはしていない」という言説であったり、「がっかりだ」という趣旨の発言を非常に多く見かけます。 しかし、こと文章を書く力においては、そう批難する側の人たちの文章力は、彼の足もとにも及んでおらず、稚拙なものが目立つように思います。例えば、文章を印象付けるための工夫であったり、物事をわかりやすく伝える技術(指示語や議論の対象を明確にする配慮など）に欠けているため、厳しい言葉を投げかけるわりには、足元がしっかりしていないような印象を受けるのです。 そのような様子を見ていると、なんだかやるせない気持ちになります。はじめから「文体」を大事にしている人と、その機微には目もくれず、表面的な成果や発言の意味ばかりに気が向いてしまう人。そのように、メッセージの媒介である文体そのものを無視してしまうと、彼が世の中に示した一番大事な功績を見逃してしまうように思います

NHK高校講座 世界史 ライブラリーパレスチナの紛争を生み出した元凶など、いまさら聞けないと思っている方にもお薦めです。（パレスチナ問題に関しては、The Economist誌なども歴史を振り返る記事を書いていましたね。「The Arabs and Israel - The hundred years' war」）過去を知らずして、今を理解することは到底できません。NHKのように映像のアーカイブを残す試みは素晴らしいと思います。 映像があるのとないのでは興味の持続の仕方が全然違います。山川の詳説世界史研究などの内容と比べるとテレビで扱われている分量は少ないのですが（資料映像など、本よりも充実している面もありますが）、やはり、これだけの分量の歴史解説を何の刺激もなく読むというのは大変なもので、より詳しく知る前のappetizer(食欲をそそるもの)としてNHK高校講座は十分活用できるのではな

真摯（しんし）であることと、正直（しょうじき）であること。この二つは似ているようで、与える印象はかなり違うものです。先日の草彅君の謝罪会見のおかげで、「正直」と「真摯」の違いに関する例をいくつか思い出すことができたので、ここに挙げてみます。 以下は、温暖化ガスによる環境問題で、ガソリンの代わりに、バイオ燃料と言われるエタノールを使うことのデメリットを紹介したThe Economistの記事：（一応リンクは張ってありますが、原文はThe Economistの購読者しか読めないようです。すみません) And when Henry Ford was experimenting with car engines a century ago, he tried ethanol out as a fuel. But he rejected it—and for good reason. The amo

研究が論文を書いて終わりでないなら、こんな心配をする必要はないはず。 自明なことを述べた論文は掲載されない（中略）「原理が複雑であまり便利でないシステム」の方が論文として 発表されやすくなってしまう 論文査読のシステムでは、確かに、査読者のめぐりあわせ次第で、重要な技術でも適切に評価されないことがある。けれど、もし本当に便利でないのならば、将来的に引用されることもなく、実用化もされず、論文の海の中に埋没するだけではないだろうか。 本当に便利なものだけを学会・論文誌に載せたい心情は理解できるが、実際、技術の本当の便利さがわかるのは、研究の結果が世に出てからのこと。つまり、便利さや将来的な世の中へのインパクトというのは、未来に起こる話であって、研究成果を発表する時点でそれを実証せよというはなんとも酷なように感じる。 （査読で便利なシステムを取り上げられない）問題を解決するのは簡単で、 論文の発

今回、縁があってこの本の出版のお手伝いをさせていただきました。内容はやや難し目のパズル問題集。すべての問題に目を通して、紙と鉛筆で解けるものもあれば、実際に手を動かしてプログラムを書いてみたり。前半は、プログラマでない人でも取り組めるようになっていますが、お勧めは実際にプログラムを使って解く後半。 プログラミングコンテストに挑んだことのある人には、もうおなじみの考え方だと思います。普通の人間ならやらないけれど、コンピュータというお供がいると、すべての可能性を調べ上げるような愚直な方法でも着実に実行してくれる。その様子を見て、人間がより良いアルゴリズムを思いつく、というサイクルが問題を通して学べます。

（最初に）長文です。そして、このエントリ、特に後半部分は、むしろ今「親」になっていない人、あるいは、子供に手がかからなくなってきた人に読んで欲しいと思っています。 「研究している間、子どもはどこにいるの？」研究に限らず、夫婦共働きなどでも気になるこの話。ボストンに留学中のtsugo-tsugoさんに、アメリカでの様子を教えてもらいました。（アメリカは州によってぜんぜん法律が違うことは念頭に置いて読んでください。） マサチューセッツ州の場合、14才以下の子供だけを家においておくのは幼児虐待とみなされ、それに気づいた周囲の人には通報義務があります。ということで、周囲の話を聞いてる限りでは、子供の保育園、学校がない時間帯はベビーシッターを雇うか、常に家に両親どちらかがいるはずです。ベビーシッターは、教会や大学、近所のコミュニティ等で近所の学生等を紹介してもらう無認可のサービスが多いです。 法律の

Yahoo! Researchの"Generating Example Data for Dataflow Programs"は恐らくPig Latinのデバッグ用のサンプルデータ生成の話。Hadoopなどの上で、複雑なデータ構造を動的に組み立てていくプログラム書きながら、横に実行結果の例を「適切に」示したサンプルが表示されると、わかりやすいよね、という話。”Towards a simpler XML Schema: effortless handling of nondeterministic regular expressions”はついに来たか、という感じ。Relational styleの考えが入っていて、スキーマ(relation)から考えられるいろいろな木構造をNFAを使って同時に検証する、という流れだったら嬉しい。"DDE: From Dewey to a Fully Dyn

Perl, Rubyなど手軽に使えるプログラミング言語に慣れてくると、あらゆるテキストデータの処理に正規表現(regular expression)を使ってしまいがちです。 けれど実は、正規表現の処理能力を超えるフォーマットというのが存在します。その典型的な例が、XMLやJSONのように、入れ子になったデータフォーマットです。

ごめんなさい。タイトルは釣りです。TOEICは受けたことすらないので、990点がいったいどんなレベルなのか想像もつきません。ただ、「英語を使う」のが目的なら、そんな点数を上げるための努力はしなくていいだろうなとは思ったので、英語を使う、特に「話す」ための要点をまとめてみます。 僕自身、国際学会などで海外に行く機会は年に何回かありますが、そこでのトークを聞くと、中国系の人、インド系の人、東南アジア系の人、ヨーロッパ系の人とで、それぞれ発音の仕方が全然違うことがわかります。中でもインド系の人の発音はあまりブレス音を使わないせいか、慣れないうちは本当に英語を話しているのか？と耳を疑うほどです。日本語の方言をイメージすると、この状況がわかりやすいと思います。東北弁などは、聞き慣れない人にとってはまるで外国語のように聞こえますよね。 発音は違えど、皆、英語という共通語を通して、コミュニケーションをと