A Quick Guide to Teaching R Programming to Computational Biology Students
Citation: Eglen SJ (2009) A Quick Guide to Teaching R Programming to Computational Biology Students. PLoS Comput Biol 5(8): e1000482. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000482 Editor: Fran Lewitter, Whitehead Institute, United States of America Published: August 28, 2009 Copyright: © 2009 Eglen. This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution Licen
「Rを教えるにあたってのクイック・ガイド」 - 勝虫日記
Rイメージングのデータをよりによって，エクセルでカット・アンド・ペーストを徹夜してやっている4年生を見て，こりゃいかんと思い，Rのスクリプトを書いて，「ほら，こんなに作業が簡単になるでしょ?」と，Rをオススメするはずだった． ところが，反応はイマイチ．こんな難しいことやってられません，と言いたげな顔になってしまったので，いきなり負荷をかけすぎたかと反省．やはり，教えるのってムズかしい． ヤマほどR関連のドキュメントがインターネットで自由に手にはいるようになってきたが，それでも，直面している問題にすぐ答えてくれるわけでもなく，じっくり学んでいく必要があるのがほとんどだ．情報が多すぎて，すぐに自分の問題の解決に役立つようには到底思えないことが多い． ちょっとプログラムが書けると生産性がぐんと上がることは多々ある．生物学科では，データ解析は必須であるから，統計解析環境のRはもってこいだ．しかし，
Three Biomedical Funders to Launch Open Access Journal - ScienceInsider
Three heavyweight, nongovernmental funders of science announced today that they are launching a free online biology journal aimed at publishing the very best papers within a few weeks of submission. But few confirmed details are available about the journal, which doesn't yet have a name, editor, publisher, or business model. Two biomedical research charities, the Wellcome Trust in the United Kingd
The ImageJ User Guide
This is the HTML version of the ImageJ User Guide [A] [A] Note that Internet Explorer by Microsoft does not offer mature support for XHTML and may not render these pages properly. also available as a downloadable ZIP archive. The PDF version (that may contain extra sections) is available here. If you prefer browsing in a single frame please open this starting page on a new window.
最強のPCR用のポリメラーゼはどれだ？
RikaM @RK_Maruyama [バイオクラスタの方へ質問] お勧めのTaqを教えてください。長いのも良く増えて、しかも変異が入る確率が低いものはどれでしょう？ 2011-06-22 06:10:34
「研究上のライブラリーはいかにして生き延びられるか？」 - leeswijzer: een nieuwe leeszaal van dagboek
大学・研究機関で購入している学術雑誌の「査定」が年々厳しくなっている．もちろん，寡占している出版数社が年々購読料を上げていることと，大学・研究機関の図書予算が減っていることの相乗作用が原因．ここでもまた典型的研究分野のジャーナルは安泰だが，非典型的研究分野は風前の灯．農環研の場合，次年度の公費購入雑誌を選定する際の基準は「購入費」・「利用者数」・「他機関所蔵状況」．とくに，利用されないジャーナルは無慈悲なほど切り捨てられる．非典型的分野の場合，もともと利用者数が少ないので，「数の勝負」に出られるとけっして勝ち目はない． ワタクシの表看板の「統計学」のジャーナルは農環研ではちゃんと購入されてきた（かつての農技研・物理統計部の伝統）．しかし，最近では購入の可否を決める図書利用アンケートにちゃんと答えないと（うっかり忘れると），購入中止になるケースが出てきた．少数派の悲哀．ジャーナルによって年間
論文の査読はtwitterで - 蝉コロン
科学昨日のエントリに関連して、以前こういうNature News記事があったの思い出した*1。 Peer review: Trial by Twitter : Nature News 学術誌でtwitterの小鳥を見るといやあ時代ですなあと思うね。 去年の100歳遺伝子とかヒ素生物とか、話題性があったけど残念なことになってしまった論文について、雑誌のpeer reviewよりブログやtwitterの方がよっぽど機能していたよねという話。ほぼ確実にアウトな100歳遺伝子と、まだ挽回の余地が多少は残ってるヒ素生物を並べるのも申し訳ありませんが。 僕も100歳遺伝子については、なんか批判されてるらしいよというエントリを以前に書きました。こんなに蜂の巣にされることが分かっていればもっと強気で書いたのにな＼（卑怯者）／ twitter時代になっていろんな分野の専門家が実名匿名でネット上にゴロゴロして
NatureがPLoS ONEみたいなオープンアクセス誌を創刊してた - 蝉コロン
科学, ぼやぼやその名もScientific Reports サイエンティフィック・レポーツ！ もしかして: サイエンティフィック・レポート いいえ、レポーツです。レポーツ！ なんかそういうものがあるらしいことはうっすらどこかで見聞きしていたんですけど（PLoS ONEを批判していたのにお前もやるのかよ的な）、それってNature Communicationsのことかと思って、かばかりかと心得て帰りにけり。そんでここんとこアンテナを低くしていたのでレポーツが創刊してたことを昨日初めて知ってびっくりしました。 Scientific Reportsとは、Natureの発行元であるネイチャー・パブリッシング・グループからこのたび創刊されるScientific Reportsは、一次研究論文を扱う、オープンアクセスの電子ジャーナルです。本誌は、自然科学（生物学、化学、物理学、地球科学）のあらゆる領
悪用できない技術は偽物である - 武蔵野日記
午後から活動しようと思っていたら謎の頭痛が……。結局文字を見ると頭が痛いので、ずっと寝ているしかないのだが、寝ていてもよくならないし。いつも決まって週末の午後から夕方にかけて頭が痛くなるのである。 週末に限ってよく頭痛になるのだが、なんでか調べてみたら アルコールを飲む 仕事から解放されてリラックスする いつもより遅い時間に起きる 昼寝をする 風呂に入る、あるいはシャワーを浴びる などして頭の血行がよくなると、痛むことがあるらしい。リラックスしたらだめなんて、そんな殺生な。(ちなみに今回は上記のうち4つに当てはまった) 対処法としては コーヒーを飲む (血管が収縮して血行が悪くなる→頭痛が止まる) 起きる時間は週末でも平日と同じ時間に。たくさん寝たいなら前日早く寝る 昼寝をしない。するなら30分以内 (血管が膨張しない) 深呼吸をして酸素をたくさん吸う (酸素を大量に取り込むと血管が収縮す
20110131 PIとポスドク
藤川 哲兵 @t_2P ボスは放置主義で別にボスに拘束されているわけじゃないのに、なぜかボスがいなくなると思うとわくわくする自分...。まだまだ子供だ...。PIになったらこのわくわくはなくなるんだろうか...ある意味残念。
平成23年度戦略目標の決定について（科学技術振興機構 戦略的創造研究推進事業）：文部科学省
平成23年5月20日 戦略的創造研究推進事業は、社会的・経済的ニーズを踏まえ、国が定めた方針の下、組織の枠を超えた時限的な研究体制（バーチャルインスティテュート）を構築し、我が国の重要課題の達成に貢献する新技術の創出に向けた研究を推進する制度です。この度、文部科学省において、平成23年度の戦略目標として、5つの目標を選定しましたので、お知らせいたします。 ○エネルギー利用の飛躍的な高効率化実現のための相界面現象の解明や高機能界面創成等の基盤技術の創出 ○二酸化炭素の効率的資源化の実現のための植物光合成機能やバイオマスの利活用技術等の基盤技術の創出 ○海洋資源等の持続可能な利用に必要な海洋生物多様性の保全・再生のための高効率な海洋生態系の把握やモデルを用いた海洋生物の変動予測等に向けた基盤技術の創出 ○疾患の予防・診断・治療や再生医療の実現等に向けたエピゲノム比較による疾患解析や幹細胞の分化
生命現象の統合的理解や安全で有効性の高い治療の実現等に向けたin silico／in vitroでの細胞動態の再現化による細胞と細胞集団を自在に操る技術体系の創出：文部科学省
会見・報道・お知らせ 政策・審議会 白書・統計・出版物 申請・手続き 文部科学省の紹介 教育 科学技術・学術 スポーツ 文化 現在位置 トップ > 会見・報道・お知らせ > 報道発表 > 生命現象の統合的理解や安全で有効性の高い治療の実現等に向けたin silico／in vitroでの細胞動態の再現化による細胞と細胞集団を自在に操る技術体系の創出 生命現象の統合的理解や安全で有効性の高い治療の実現等に向けたin silico／in vitroでの細胞動態の再現化による細胞と細胞集団を自在に操る技術体系の創出 1．戦略目標名 生命現象の統合的理解や安全で有効性の高い治療の実現等に向けたin silico／in vitroでの細胞動態の再現化による細胞と細胞集団を自在に操る技術体系の創出 2．達成目標 ○生命機能（細胞機能及び細胞集団機能）を理解するための、細胞内で生じる多様な生命現象の可視
ガクセイさん。: ◎脳研究のタマゴ◎
この世界に入ってみて驚いたことの一つに、「かなり地位の高い人でも、自分のようなまだ実績も何も無い学生の話を、きちんと聞いてくれる」ということがある。 もちろん人によりけりで、一概には言えないけど、少なくとも学部時代に接した医者の世界の人たちと比べると、圧倒的にきちんと話を聞いてくれる頻度が高いように感じる。 基礎に進む学生自体が少ないので、丁重に扱うということなどもあるかもしれない。しかし、そのような事情とは別に、意見を聞く側の要因として、少なくとも二つの理由が挙げられると思う。 一つ目は、その人の強い好奇心、どんな意見からでも何かを学び取ろうという貪欲さである。 学部時代、病院実習などで何か意見を求められるときは、たいてい、「ガクセイさん、どう思う？」と、含み笑いで上から目線で質問されたものだ。それで何か答えると、鬼の首をとったように、自分の知識をひけらかし、自分は偉いんだぞ、とアピール
７７連敗でも伝えられること | 今日も脳天気
え？ まさか？？ な、なんと？？？ あのポリが帰ってきた？！ という訳で、重大なお知らせがあります。 今までずっと黙っていましたが、実はもう日本に帰ってきているのであります！ びっくりした？ ねーねー、驚いた？ アメリカでの３年間のジョブハンティングを経て、この４月より縁あって日本で独立することと相成りました。今後ともよろしくお願い申し上げます m(_ _)m ----------------------------------------------- 今日び、海外に研究留学する人はたくさんいる。その中で、 ・最初から日本に帰るつもりの人 ・海外で独立を目指してジョブハンティングした結果、最終的に（多少時間がかかっても）海外でポジションをゲットした人 はよく聞くが、 ・海外で独立を目指してジョブハンティングしたが、やっぱり日本で独立した人 というのはあまり聞かない。なので、稀有なケースの
学会発表の基本とか - Ryohei’s neuroscience notes
今、上海の近くにあるSuzhouというところにある、コールドスプリングハーバー、アジアという学会にきている。本家のロングアイランドの学会と違って、ホテルも学会室も豪華でなかなかよろしい。 さてさて、Vikingさんのところに英語発表の基本について書かれていたので、それにInspireされて、少し学会発表について書いてみようか。Dukeで大学院生たちに「学会発表のしかた」を議論するクラスを受け持っているわけだし（教えているとはさすがにいえないが）。 まず、学会発表のさいに、絶対に忘れていはいけないんだけど、おもわず忘れてしまうのは、 「相手は私の研究の内容に関して、素人である」 「相手は私の研究に興味を持っているわけではない」 という事実。発表のさいに、当然、自分の研究について一番自分が知っているし、自分が一番面白いと思っている。ということで、イントロでは「なんでその研究が重要なの？」という
院二病 - アンサイクロペディア
院二病（いんにびょう）とは、大学院修士課程・博士前期課程2年生が罹患しやすい疾病である。そもそも大学院生は入院生活を送っているはずであるが、院内でも重篤な精神疾患を患ってしまう患者の免疫力のなさは、中二病、高二病、大二病よりも深刻である。 罹患まで[編集] 院二病患者のうち大多数は中二病、高二病、大二病のうち2つ以上に罹患経験がある。自己の英雄視、アンチヒーロー化やマイナー志向、中二病再帰やサブカル深化などを経て、徐々に厭世感が生じることにより発病する。大二病の症状をそのまま悪化させる場合もある一方で、独特の症状を発症する場合もある。 症状[編集] 入院慣れ[編集] 大学院と呼ばれる病院へ適応しすぎてそのまま入院生活を続けることを望むタイプである。入院生活に慣れて医師（元入院患者の場合あり）との交流が活発になると発病しやすい。それまでの不安定な精神状態が、病院という場で安定することから生じ
北海道大学、随意行動を準備する脳内神経活動をザリガニで発見 - 日経プレスリリース
日経新聞電子版のプレスリリースページ。各企業・団体の新製品、新サービスのプレスリリース（報道機関向け発表資料）など最新情報をまとめて掲載します。個別の企業名や業種での検索も可能で、原則、発表当日に掲載。
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