スペクトラルクラスタリングの基本的な解説、および高速化手法のざっくりとした説明 - The beautiful mind
久しぶりにブログを更新してみる。 以前スペクトラルクラスタリングについて記事を書いたが、そのときはだいぶ勉強不足で、少し見当違いのことを書いていた気がする。 スペクトラルクラスタリングは、本質的にはラプラシアン固有マップ法と同じことをしている。ラプラシアン固有マップ法は次元削減の手法で、もともとの高次元空間におけるデータ間の類似度が、低次元に写像した後にも反映されるように設計されている。それが結果的に類似度行列から定義されるグラフ・ラプラシアンの固有値問題に帰着されるのだ。具体的には、グラフ・ラプラシアンLの固有値を大きいほう（定式化によっては小さいほう）からk番目までをλ1, λ2, …,λk, それに対応する固有ベクトルをv1, v2, …, vk とすると、その固有ベクトルを列として並べた行列 V = (v1 v2 … vk)の各行が、各データ点の低次元空間における座標とする。このと
適切なクラスタ数を推定するX-means法 - kaisehのブログ
K-means法によるクラスタリングでは、あらかじめクラスタ数Kを固定する必要があります。HatenarMapsでもK-means法を使っているのですが、クラスタ数は（特に根拠もなく）200個に決め打ちになっていました。 これに対して、X-means法というK-means法の拡張が提案されていることを知りました。X-means法を使うと、データに応じて最適なクラスタ数を推定できます。 K-means and X-means implementations http://www-2.cs.cmu.edu/~dpelleg/download/xmeans.pdf X-means法の考え方は、K=2で再帰的にK-means法を実行していくというもので、クラスタの分割前と分割後でBIC（ベイズ情報量規準）を比較し、値が改善しなくなるまで分割を続けます。 調べたところ、Javaのデータマイニングツー
Nonnegative matrix factorization(NMF)でconsensus clustering
NMFを追っかけてたらMetagenes and molecular pattern discovery using matrix factorizationという論文を見つけたので、週末はこの論文を読みながら色々やってみた。NMFの便利なところは元の特徴(この論文の場合は遺伝子発現量)からより少ない任意の特徴量(論文中ではmetagene)に変換できるところであり、さらにそのままクラスターの分割に利用できる。 たとえば2つのmetageneで表現した場合、より発現量の大きいmetageneで分割すれば2つのクラスに分けられる。(QSARだったらdescriptorからmeta discriptorが導かれてそれに基づいてクラス分類ができるでしょう) 続いて、重要なのがクラスの安定性である。要するに最適なクラスタの数はいくつなのかということである。これに対して、この論文ではConsensu
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